В середине XVII века в пределы Кыргызстана вторглись войска ойротских (джунгарских) ханов, разорительные набеги которых продолжались до середины XVIII века.
Во второй половине XVIII в. Джунгарское ханство пало под ударами войск Циньского Китая. Однако попытки маньчжуро-цинских наместников подчинить кыргызов успеха не принесли, китайцы ограничились тем, что договорились с кыргызскими биями о ненападении и соблюдении границ, но борьба с китайскими завоевателями значительно ослабила кыргызов, которые стали объектом завоевания кокандских правителей. Вначале кокандцы подчинили южных кыргызов, а затем устремились и в северные районы. Чтобы избежать угрозы порабощения от Коканда и Китая, вождь одного из кыргызских племен Атаке-бий направил свое посольство в С.-Петербург и просил Екатерину II о покровительстве, но последняя ограничилась лишь общими обещаниями.
Этот период в истории кыргызов был, по-видимому, самым мрачным и чуть было не приведшим их к полной физической гибели. Джунгарское и Кокандское ханства представляли собой типичные образцы восточных деспотий с элементами рабства. Государство делилось на области-вилайеты, а они, в свою очередь, – на налоговые районы-серкерства. В небольших городах вся власть принадлежала бекам, а в селениях – аксакалам. На севере Кыргызстана родоплеменными подразделениями управляли манапы, родами – бии.
Кыргызское общество, чье положение усугублялось межплеменными распрями и братоубийственными войнами, оставалось разобщенным, вся власть находилась в руках манапов, каждый из которых был полноправным ханом в своем племени. Кыргызская родоплеменная верхушка склонялась к сотрудничеству с завоевателями, а простой народ оказался под бременем двойного гнета – джунгарских и кокандских властей и собственных феодалов. Под натиском врага большинство племен кыргызов вынуждено было оставить свои плодородные долины и спасаться в труднодоступных горных районах Тянь-Шаня, Памира, Алая – вплоть до Гиндукуша на юге и Кунь-Лая на юго-востоке. Позже отдельным родоплеменным объединениям кыргызов с соседними узбеками и казахами удалось освободиться от засилия ойротских захватчиков и вытеснить их за пределы Средней Азии.
В этот период часть кыргызов начала переселяться из горных районов в долины. Однако и там им суждено было пережить еще немало горя.
Население Кокандского ханства – земледельцы, ремесленники и торговцы – снова вытеснило кыргызов из нагорных долин Тянь-Шаня, Памира и Алая в труднодоступные горные районы.
Кокандский деспотизм, феодальный гнет возмущали свободолюбивых кочевников, неоднократно поднимавших народные восстания. Так, в 1842 г. иссык-кульские кыргызы разрушили крепости и изгнали ханские гарнизоны. Мощное восстание кыргызов и казахов против ханского ига произошло в Таласской и Чуйской долинах в 1856–1857 гг. В 1862 г. в Чуйской долине вспыхнуло новое восстание под руководством манапа Байтика. Восставшие кыргызы обратились за помощью к русской администрации в Верном (Алматы). Русские войска при помощи кыргызского ополчения взяли штурмом и разрушили крепость Пишпек. Неоднократно против гнета кокандских ханов восставали и южные кыргызы.
Но разбросанным и разобщенным в труднодоступных районах, страдавшим от притеснений колониальных властей и постоянных внутренних междоусобиц кыргызам трудно было выстоять в неравной борьбе. В этих трудных условиях виделся только один выход: найти более сильного покровителя, который защитил бы кыргызов. Взоры обратились к России, которая в результате экспансионистской политики вплотную подошла к кыргызским землям.
Присоединение кыргызов к России проходило в 3 этапа: в 1855 г. приняли российское подданство иссык-кульские кыргызы, в 1863–1868 гг – центрально-тянь-шанские, а в 1875–1876 гг. Россией были завоеваны фергано-алайские кыргызы[28].
С вхождением кыргызских земель в состав Российской империи вопрос о кыргызской государственности автоматически был снят с повестки дня. Кыргызстан стал одной из колоний Российской империи. Россия унифицировала территориально-административное деление и управление всего завоеванного Туркестана. Кыргызские земли были разделены между четырьмя областями Туркестанского генерал-губернаторства. Области состояли из уездов, уезды делились на волости. Только последние более-менее соответствовали этническому делению кыргызов. Волостные управления формировались из местных биев, а уездные и тем более областные – из русской колониальной администрации. Естественно, в центральный государственный аппарат кыргызы как представители коренной национальной общности не имели доступа.