Піском забуття припало ім’я Дексіпа. Не було тоді ні Плутарха, щоб написати його життєпис, ні видатного скульптора, котрий переказав би нам його портрет. А прецінь той афінський оратор і письменник заслуговує на пам’ять еллінофілів. Коли в середині III століття готи здобули Аттику, і їм вдалося захопити мури Афін, Дексіп у ярах Пентелікону й Парнасу організував імпровізовану армію з громадян, яка вигнала готів. Остання, хоча й недовга перемога греків. У Луврі зберігається напис на честь Дексіпа. З нього ми довідуємося, наче він був архонтом і членом почесного комітету Великих Панафіней, що свідчить про живучість (принаймні номінальну) традиційних афінських інституцій.
Наприкінці IV століття Афіни переходять під владу Візантії. У Константинополі в 425 році постає «університет», контрольований і фінансований державою. Вільні школи афінських філософів тим разом отримують серйозного конкурента. Століттями Афіни витримували змагання з іншими осередками античної цивілізації, проте неоплатонічна доктрина, яка так бурхливо розвивалась у IV–V століттях, була засуджена як ворожа державній релігії — християнству, і це стало однією з головних причин вигнання з Афін філософів і риторів на підставі едикту Юстиніана в 529 році. Цей адміністративний акт був дошкульнішим, аніж будь-яка програна битва. Афіни звели до ролі невеликого гарнізонного містечка Східної Імперії.
Парфенон на межі VI і VII століть перебудували на церкву Премудрості Божої. То, властиво, була адаптація існуючої в незмінному стані грецької святині. Між колонами перистилю виріс мур. Із західного боку до храму був пробитий вхід, а старий вхід замурували, створивши апсиду, вкриту фресками. Під пласким плафоном добудували куполоподібне візантійське склепіння. Стіни вкрито фресками, єпископський трон «позичено» з театру Діоніса. Всі ці роботи, втім, не змінили конструкції Парфенону. Його зовнішній вигляд залишився непорушеним. Подібним чином Ерехтейон переробили на церкву Матері Божої.
Володарі Візантії рідко відвідували столицю давньої Еллади. Найміцніше в пам’яті людській запав візит Василія II на початку XI століття, який обрав Акрополь, щоб саме тут відсвяткувати свою перемогу на болгарами. То був уклін уже давно покійній традиції.
Про духовний стан мешканців Афін наприкінці XII століття дають уявлення збережені проповіді Михайла Акоміната, який упродовж тридцяти років був афінським архієпископом. Його резиденція містилася на Акрополі, службу Божу він правив у Парфеноні — отож, можна подумати, що він осягнув вершину мрій усіх гуманістів. У власних барвистих казаннях цей ерудит, християнин і шанувальник античності мішав міфологію зі Святим Письмом і екзальтував своє стадо, що воно є «золотим насінням», що воно мусить завдяки вірі морально перевищити Аякса, Діогена, Перикла й Фемістокла.
Бідні неписьменні овечки (до того ж, доволі складна етнічна суміш, яка говорила мовою, далекою від класичної грецької) слухали й нічого не тямили. Архієпископ Михайло не міг стримати розчарованого вигуку: «О Афіни — матере мудрості, як же низько ти сточилася в неуцтво! Коли я виголошую мої проповіді, такі прості, такі позбавлені штучності, мені здається, що я кажу речі незрозумілі, чужою мовою якихось персів чи скіфів».
Хвилі хрестових походів послабили Візантійську Імперію, й без того вже виснажену постійною боротьбою з турками і болгарами. Греція відпадає від Візантії безповоротно, її ділять на низку князівств. Афіни припали в уділ Оттонові де ля Рошеві, котрий прийняв титул Меґас Кир і виклопотав у короля Франції титул герцога. Так постає франконська династія, яка володіла Аттикою впродовж трьох поколінь, аж до смерті в 1308 році позбавленого нащадків останнього з аттичних де ля Рошів. У ті часи Акрополь був перетворений на середньовічну фортецю. Його оточили мури з бланками, а у південному крилі Пропілеїв спорудили велику чотирикутну вартову вежу, що проіснувала аж до останньої чверті XIX ст.
Поблизу місця, де Філіп Македонський розгромив греків, а Сулла здобув перемогу над експедиційним корпусом Мітрідата, франки зазнали поразки, завданої їх каталонцями. То були наймані вояки, яких візантійський цезар Андронік Палеолог завербував для боротьби проти турків. Проте невдовзі вони почали чинити завоювання на власний розсуд. Погром франконських рицарів був тотальний. До рук каталонців потрапили Афіни й Фіви, але їхнє панування тривало недовго і не зоставило жодних слідів у архітектурі святого пагорба.