440 рік — друга інтервенція на Самосі. Операція була широко закроєна не лише тому, що в ній брала участь більша кількість одиниць флоту, ніж у першому поході, а й тому — і це вже політичний момент, — що у військових діях на боці Афін взяли участь союзники. Характерна заувага Фукідіда, який каже, що Перикл послав на Хіос і Лесбос свої військові кораблі, щоб закликати ці держави до участі в війні. Отож заклик виглядав доволі категоричним.
Паралельно з військовими діями Перикл вів із притаманною йому спритністю дипломатичну акцію, покликану ізолювати Самос на міжнародній арені, якщо так можна сказати, щоб увесь конфлікт замкнувся у внутрішньогрецьких межах. Переказ перським сатрапам в обмін за нейтральність певних сум із союзної скарбниці (афінський лідер звітував перед Афінськими Зборами за подібні видатки простою формулою «вжито на необхідні цілі») ще можна якось акцептувати. Натомість передача персам грецьких земель на карському узбережжі виходить далеко поза межі сприйняття.
Друга самоська війна точилася з перемінним успіхом. Перикл вирушив проти острова на чолі 60 кораблів і провів переможну битву з флотом неприятеля поблизу острова Трагія. Втім противник не був переможений у військовому сенсі, і поразка не позбавила його духу опору, попри те, що афінські війська висадилися на Самосі й розпочали тривалу облогу міста та блокаду з боку моря. Флоту інтервентів прийшли на допомогу 40 кораблів із Афін і 25 із Хіоса та Лесбоса.
Довідавшись, що фінікійські кораблі пливуть на допомогу острову (то була неправда, позаяк упродовж усього конфлікту Самос залишався повністю ізольованим), Перикл виділив 60 кораблів із тих, що блокували місто, і поплив уздовж узбережжя Карії, щоб перетяти дорогу фінікійцям.
Тоді обложені негайно розпочали контратаку. Несподіваним випадом, який цілковито заскочив афінян, вони змогли знищити вартові кораблі та провели з ворогом переможний бій на суходолі, внаслідок якого захопили чимало полонених. Море знову було відкрите, і можна було запасатися харчами й матеріалами, потрібними для ведення війни. Небо над Самосом мало тоді колір надії. Це тривало цілих 14 днів.
Перикл, однак, повернувся зі своїм флотом і знову почалася нещадна блокада. З Афін, Хіоса й Лесбоса знову підтягнулася потужна підмога у кількості 90 кораблів.
На дев’ятий місяць облоги виснажений війною острів капітулював. Сталося це навесні 439 року до Р.Х.
Умови капітуляції були невимовно важкі. Самосці мусили зруйнувати оборонні мури, видати свій флот, переказати заручників, сплатити кошти війни, визначені у запаморочливу суму близько восьми з половиною мільйонів драхм. Також на острові було залишено афінський гарнізон, і Самос втратив свій статус міста-союзника.
Одним із афінських стратегів, які брали участь у виправі, був чоловік, котрий завдячував своєю славою не військовим талантам, а досягненням, які суперечать духові війни. У Греції незнана була професія фахового генерала. Це пояснює, чому Софокл удостоївся сумнівної честі бути стратегом у цій братовбивчій війні, та й то, властиво, за успіх, що здобула в театрі його Антігона. Точно не відомо, яким командувачем був поет. Античні пліткарі переказали анекдот, буцім у всій цій війні його найбільше захоплювала присутність значної кількості молодих чоловіків.
На другому боці фронту опинився філософ Меліс, син Ітагена. Меліс був прекрасним командиром. Його тактичні здібності, неочікувані напади, блискавичні випади здобули повагу й визнання навіть у таборі ворога. Меліс, як уже було сказано, за фахом був філософом — і що дуже дивно — прихильником доктрини Парменіда, за якою буття є єдиним, вічним, необмеженим, безконечним і нерухомим. Згідно з доктриною майстра, Меліс був переконаний, що кожна зміна, кожен вчинок, кожен рух є нічим іншим, як ілюзією. Попри це, він був командиром з плоті й крові, і його спосіб ведення бою аж ніяк не був грою ілюзій.
Так, ця війна не була діалогом між поетом і філософом. Вона сповнена справжніх смертей, справжніх ран, справжньої відваги й боягузтва. Античні баталії ми сприймаємо наче в опері, не надто серйозно, і до цього значною мірою доклалось історичне кіно. Ось полем біжать чоловіки, одягнуті в комічні убори, які тримають в руках анахронічні знаряддя вбивства. Тогочасна кров має для нас барву бляклої фрески.
Ми навіть приблизно не знаємо, скільки людей полягло, і може, коли б ми це знали, наша уява, яку годують великими числами, наша вразливість, притуплена після стількох убивчих боїв білих людей, залишилася б незворушною.