Причина сурового нрава Ладоги кроется в особенностях формы ее котловины, расположении глубин, очертаниях берегов. Из-за резкого перелома дна озера на границе больших и малых глубин сильно меняется характер волн при переходе из северной половины озера в южную. Стоит волне оказаться в мелководном районе, как она принимает другой вид, становясь короткой и крутой, с опрокидывающимся гребнем. Возникает целая система конусообразных волн, которые словно толкутся на месте. Недаром это явление получило название толчеи. Толчея может возникнуть и при быстрой смене ветров, заставляющих волны резко менять свой курс, и при отражении их от скалистого приглубого берега. Похожее можно наблюдать и вблизи портовых сооружений. Качка на такой волне особенно опасна для небольших судов и лодок из-за сильных толчков, которые им приходится порой испытывать. Известен случай, когда на исследовательском судне, работавшем в южной части озера при волне меньше метра, от удара сорвало с петель дверцы стенного шкафа, а вылетевшая из него посуда разбилась вдребезги.
Есть еще одна особенность волнения на Ладоге. Если присмотреться с берега, можно заметить, что во время шторма после 4 - 5 высоких и длинных волн на смену им идет такая же группа более низких и коротких волн. Подобное волнение воспринимается судном как ухабистая дорога и вызывает сильную бортовую качку.
Когда изучили особенности волнения на Ладоге, оказалось, что условия плавания по ней и в самом деле близки к морским. Самая высокая волна, которую удалось измерить на Ладоге при ветре 18 метров в секунду, достигала 6 метров. По теоретическим расчетам волна может быть и выше. В открытом озеро яри ветрах 25 - 30 метров в секунду гребень волны может подняться на 7,5 метра, хотя вероятность такого случая очень мала.
Самое сильное волнение на Ладоге вызывают ветры южного и северного направлений, отличающиеся частой повторяемостью и большими скоростями. Во время шторма в центральном районе озера высота волны доходит до 3,5 метра, а вблизи Валаамского архипелага отдельные волны вздымаются на 4,5 метра. В юго-восточной части озера трехметровые волны бывают значительно реже, но здесь нет-нет да и набежит вал в 4,5 метра высотой. В этом районе озера сильное волнение вызывают северные и северо-западные ветры, особенно частые в весеннее время.
Штормовая погода на Ладоге обычно устанавливается ненадолго. Наиболее часты штормы продолжительностью 2, 6 и 48 часов, но известны случаи, когда шторм не прекращался по 5 - 8 суток. В это время над озером бушевали ветры со скоростью 18 - 24 метра в секунду.
При умеренных ветрах волнение значительно слабее. Обычно высота волн не превышает 1,5 метра. Наиболее спокойны южные губы. Здесь волна достигает 2,5 метра только при очень сильных ветрах. Обычно она не более 1,5 метра вблизи входа в губы и 1 метр вдоль его побережий. Сказывается мелководность губ, защищенность их от господствующих ветров, да к тому же мели и валуны на подступах к губе разбивают и гасят волну. Только в Волховской губе, открытой северным ветрам, волнение бывает сильнее.
Из-за большой протяженности Ладоги отдельные районы нередко оказываются в разных погодных условиях. Вот почему на озере могут быть одновременно и штиль, и зыбь, и довольно сильное волнение.
Тому, кто решится отправиться по воде из Петрокрепости в Приозерск, следует особенно опасаться юго-восточного ветра. Он, пожалуй, наиболее коварен. Дело в том, что при этом ветре, даже со скоростью 15 метров в секунду, высота волны около Петрокрепости может оказаться небольшой - там она будет около полуметра. Дальше по трассе она начнет быстро возрастать. У мыса Морьин Нос волна поднимется уже на 2,5 метра, а около Приозерска могут встретиться валы высотой до 4,5 метра.
Самый тихий месяц на Ладоге - июль. Большую часть времени над озером стоит штиль, а если и разыграется шторм, то не более чем на 18 - 20 часов. Штилевая погода часто бывает и в сентябре, хотя отдельные штормы могут быть довольно продолжительными.
Долгое время о течениях на Ладоге знали мало. Первыми, кто обратил на них внимание, были рыбаки, с давних пор промышлявшие в районе Волховской губы. Они заметили, что от впадения Волхова, Сяси и Свири возникают течения, которые распространяются на много километров от берега, постепенно теряясь в открытом озере. Умение ориентироваться среди этих течений помогало им в выборе лучших мест для рыбной ловли.
Почти 100 лет назад известный исследователь Ладоги А. П. Андреев обнаружил, что волховские, сясьские и свирские воды, выйдя из губ, направляются на север, к острову Мантсинсари. От него они поворачивают к западу, пройдя несколько южнее Валаамского архипелага, и теряются где-то на середине Ладоги, смешавшись с озерной водой. Продолжением этой циркуляции служит течение вдоль западного берега от впадения Вуоксы, воды которой устремляются к югу, к бухте Петрокрепость. Позже оказалось, что такое круговое стоковое течение возможно только при устойчивых сильных ветрах, что случается довольно редко.