По акватории Ладожского озера зоопланктон распределяется неравномерно. Прибрежная область славится богатством видов. Сильная изрезанность береговой линии в шхерном районе создает систему изолированных от основного плеса заливов и бухточек, в которых развиваются формы зоопланктона, свойственные малым водоемам. К их числу относятся многие известные виды дафний и циклопов.
Большую роль в видовом разнообразии ладожского зоопланктона играют мельчайшие организмы, приносимые в озеро с водой притоков. Ладожское озеро получает ежегодно около 68 кубических километров речкой воды, вместе с которой поступает много видов животных, не свойственных центральной части водоема. Естественно, что в большом количестве приносятся в озеро и мельчайшие формы зоопланктона, в частности коловратки. Общее число видов коловраток находится в прямой связи с величиной речного стока. Например, в период с 1956 по 1958 год речной приток был выше по сравнению с 1947 - 1949 годами. И видовой состав коловраток отличался значительно большим разнообразием по сравнению с периодом заниженного притока - 130 видов против 64.
Видовой состав зоопланктона во всей открытой части Ладожского озера более или менее одинаков. Частые ветры и сильные волнения, вызывающие перемешивание водной массы, сглаживают местные особенности планктофауны. Однако различные районы резко отличаются по количеству планктона. На первом месте стоят районы при устьях крупных рек, на последнем - северный глубоководный и холодно-водный район.
По числу организмов во всех районах озера преобладают веслоногие рачки, в особенности циклопы, составляя до 70 - 80 процентов планктонных животных. Из этого правила бывают и исключения - в более мелких и, следовательно, лучше прогреваемых участках Ладоги интенсивно развиваются ветвистоусые рачки, которые в отдельных случаях в Волховской и Свир-ской губах преобладают над веслоногими. Среди ветвистоусых повсеместно распространена и наиболее многочисленна босмина - малюсенькое животное с хоботком, немного напоминающее слоника.
Обилие и видовой состав зоопланктона сильно меняется в течение года. Наиболее бедным зоопланктон бывает в зимний период. В охлажденных водных массах сохраняется лишь несколько видов холодолюбивых или безразличных к температуре организмов, среди которых больше всего веслоногих рачков. Эти животные способны питаться взвешенными в воде органическими остатками, так называемым детритом.
Другие источники питания - бактерии и мельчайшие водоросли - из-за неблагоприятных для их развития условий практически отсутствуют.
С наступлением весны жизнь в толще воды пробуждается. Как и зимой, в весенний период преобладают веслоногие рачки, а коловраток и ветвистоусых рачков еще очень мало.
Когда же достаточно прогреются поверхностные слои, в развитии зоопланктона наступает резкий скачок. Обильно развиваются теплолюбивые виды, в особенности коловратки, которые начинают доминировать в зоопланктоне. Значительную примесь к ним составляют ветвистоусые рачки. Организмы эти очень неравномерно распределены по акватории и по глубине даже на одном и том же месте. Основная масса планктона сосредоточена в верхнем 25-метровом слое.
С началом осеннего охлаждения Ладожского озера связано обеднение зоопланктона. Завершают свой цикл развития теплолюбивые виды парящих в толще воды животных. Они откладывают яйца и погибают. Очень быстро выпадают коловратки, а за ними и ветвистоусые рачки. Осенний зоопланктон практически целиком состоит из веслоногих ракообразных - нескольких видов циклопов, лимнокалянуса, эудиаптомуса и некоторых других. Часть этих организмов живет зимой.
Большая группа водных беспозвоночных обитает на дне водоема и носит собирательное название - бентос. Фауна бентических животных объединяет в Ладоге 385 видов. Некоторые из этих организмов живут в иле, прорезая его каналами своих ходов, другие прикрепляются к камням и валунам, но особенно разнообразно население зарослей водных растений. 80 процентов общего количества видов донных организмов приурочено к мелководной, занимающей очень небольшую площадь зоне. В обширной же глубоководной и холодноводной зоне обитают всего 57 видов организмов, однако именно в их число входят реликтовые рачки - животные, проникшие в древнее, предшествовавшее Ладоге, озеро в период его соединения с Балтийским морем.