Важная роль в составе бентофауиы принадлежит личинкам насекомых. На их долю приходится больше половины всех донных животных - 202 вида. Второе место по обилию занимают черви - 66 видов. Далее идут водные клещи, или гидрокарины, затем моллюски, ракообразные и другие виды.
В шхерном районе Ладожского озера в глубоко врезанных заливах на шероховатой поверхности камней, на ветвях затонувших деревьев и стеблях цветковых водных растений (макрофитов) можно видеть ярко-зеленые наросты. Это пресноводные губки - бодяги. На Ладоге губки представлены всего тремя видами. Бодяги широко распространены в водоемах умеренного пояса земли. Их можно встретить в озерах и реках Карелии, в водоемах Соловецких островов, в маленьких озерах по байкальскому побережью. Живут губки и в Боденском озере в Швейцарских Альпах и в озере Гарда в Северной Италии. Они обычны и для озер Северной Америки. Непременное условие жизни бодяг - хорошо прогреваемая и прозрачная вода. Замутнения воды губки не переносят: взвешенные частицы засоряют их поры и приводят к гибели.
Не менее, чем губки, распространены в водоемах земного шара обитающие в Ладоге гидры. Здесь их два вида. Крупная розоватая длинностебельчатая гидра с длинными щупальцами - основной вид гидр в водоемах Карелии, ГДР и ФРГ, Балканского полуострова. Исследователи находили ее в разнотипных озерах Средней Азии, Монголии, Японии, Индии. Встречена длинностебельчатая гидра в Африке и Южной Америке. Эта гидра, обычная для равнинных озер, может жить и в горных водоемах - в Тибете она обнаружена в озерке на высоте 4500 метров. Известны случаи массового развития длинностебельчатой гидры. Так, в озере Зри в Северной Америке обрастанием из гидр были заклеены все ячеи рыболовных сетей. В Ладожском озере массового развития гидр не отмечалось, но их бывает довольно много на камнях и зарослях макрофитов - на тростнике, камыше и рдестах, в затишных и подверженных небольшому прибою местах, при температуре 14 - 17 градусов и высоком насыщении воды кислородом
Пиявки представлены широко распространенными видами, которые обитают в самых разнообразных водоемах, начиная от прудов и до таких огромных озер, как Ладога.
Важную роль среди донной фауны Ладожского озера играют малощетинковые черви (40 видов), которые преобладают в глубоководной части водоема и обычны в прибрежной зоне. Большинство малощетинковых червей нетребовательно к составу грунтов, кислородному режиму и колебаниям температуры. Такая пластичность позволила им широко расселиться е северных озерах Европы, Азии и Северной Америки. Малощетинковых червей охотно поедают рыбы.
Слабоминерализованная ладожская вода очень ограничивает видовое разнообразие моллюсков. Из-за недостатка кальция раковины ладожских моллюсков тонкие и хрупкие. Размеры их тоже невелики. Большая часть моллюсков обитает в литоральной, т. е. прибрежной, мелководной зоне озера, среди камней, на илистых грунтах и в зарослях макрофитов. В глубины озера спускается лишь моллюск, носящий название горошинка.
Очень интересен видовой состав донных ракообразных Ладожского озера. По местообитанию рачки вполне отчетливо делятся на две группы.
Основная масса рачков обитает в прибрежной зоне, предпочитая заросли водных растений. Здесь живут широко распространенные во многих озерах мира представители ветвистоусых, веслоногих и ракушковых рачков, а также водяной ослик, относящийся к равноногим рачкам. У кромки воды по камням предпочитает селиться бокоплав - любопытное маленькое животное. Тело его сплюснуто с боков и дуговидно изогнуто. Шесть пар брюшных и прыгательных ножек позволяют ему быстро передвигаться, лежа на боку.
Во вторую группу входят обитатели глубоководной зоны, представленные главным образом реликтовыми рачками. Они имеют довольно узкий ареал распространения и обнаружены в некоторых районах Карелии и Кольского полуострова, в крупных озерах Южной Швеции и в Великих озерах Северной Америки. Реликтовые рачки, особенно понтопорея, мизида, палласия, составляют основной рацион ладожских рыб.
Разнообразна фауна водных клещей, живущих, за небольшим исключением, в зарослях макрофитов.
Эти клещи широко распространены в водоемах, однако ни в одном из озер умеренных широт не обнаружено такого богатства их видов, как в Ладожском.
Читателям, вероятно, известно, что насекомые часть своей жизни проводят в личиночной стадии. Личинки многих насекомых обитают в водоемах. Не удивительно поэтому, что более половины донных организмов Ладоги - личинки насекомых: стрекоз, поденок, ручейников, некусачих комаров - звонцов (хирономид), которые известны среди аквариумистов и рыболовов под названием мотыль, и других. Очень разнообразен видовой состав личинок хирономид в мелководье, тогда как в глубоководной части их всего несколько видов. На Ладоге хорошо представлены обитатели илистых и песчаных грунтов и растительных зарослей: личинки звонцов и другие. Наличие этих организмов, обычно обитающих в реках и ручьях, связано с подвижностью водной массы Ладожского озера - прибоем, сгонно-нагонными колебаниями уровня воды и с течениями.