Уже говорилось, что природные условия в различных частях Ладожского озера отличны друг от друга. Это накладывает свой отпечаток и на состав фитопланктона. Видовое разнообразие фитопланктона позволяет выделить в озере 4 флористических района: северный, охватывающий шхерную часть примерно до острова Валаам; центральный, занимающий всю центральную часть озера и примыкающий к западному берегу; восточный, идущий вдоль восточного побережья, и южный, в который входят Свирская, Волховская губы и губа Петрокрепость. Однако планктон характеризуется не только пространственной неоднородностью - не остаются постоянными планктонные комплексы (сочетания различных видов водорослей) и в течение года. В зависимости от сезона в планктоне Ладоги преобладают то те, то другие виды водорослей.
Одним из самых жизненно важных факторов, от которого зависит распределение планктона, является свет. Зимой, когда в скованную ледяным панцирем воду Ладоги почти не проникает свет, растительный мир озера находится в покоящемся состоянии. Но вот наступает весна. Растения пробуждаются к жизни. Толчком к началу вегетации водорослей после периода зимнего покоя служит увеличение подводной освещенности и длины дня в весеннее время. Солнечная энергия интенсивно проникает в толщу воды через лед. В мелководных прибрежных участках озера пробуждаются водоросли, покоившиеся в иле или в придонном слое воды. Клетки их всплывают и начинают быстро размножаться в поверхностном слое воды. Однако апрельское развитие фитопланктона охватывает районы и со значительными глубинами - до 30 - 40 метров. В глубоководной зоне озера солнечная энергия до дна проникнуть не может, и всплывание водорослей в данном случае объясняется другими причинами.
Работами Ладоясской экспедиции установлено, что в конце подледного периода в прибрежных районах озера существуют плотностные течения, возникающие вследствие того, что вода при различной температуре имеет разную плотность, а следовательно, и вес, способствующие перемешиванию водной массы. Эти течения уносят водоросли из прибрежных мелководий в более глубоководные части озера. Они же перемещают покоящиеся клетки из придонных слоев воды в освещенные подледные. Однако водоросли из прибрежных районов не могут разноситься течениями по всей акватории озера. Такому распространению препятствует термобар. Поэтому начало вегетации, а затем и массового развития фитопланктона в различных частях озера наступает в разные сроки.
В южном районе с обширной мелководной зоной, а также в заливах северного района развитие фитопланктона приходится на апрель. В глубоководных же центральном и восточном районах массовое развитие водорослей в поверхностном слое начинается в первых числах мая, а в озерной части северного района - в зоне наибольших глубин - только' в середине мая.
Численность фитопланктона весной в различных районах озера неоднородна и зависит от содержания в воде растворенных питательных солей (особенно соединений фосфора), недостаток которых постоянно ощущается на Ладоге. Поэтому любое повышение содержания фосфора резко сказывается на размножении водорослей.
В весенний период, когда южная часть Ладоги занята теплоактивной областью, за пределы которой не могут распространяться воды реки Волхова - основного поставщика фосфора в озеро, количество клеток в южном районе превышает 1 миллион в литре воды. В северных заливах при тех же примерно условиях освещенности, температуры и глубин число клеток едва достигает 400 тысяч. Огромную вспышку в своем развитии - до 1,8 миллиона клеток на литр - дает фитопланктон в восточном районе, когда здесь устанавливается режим теплоактивной области и богатые фосфором воды Волхова устремляются вдоль восточного берега Ладоги.