В течение долгого времени ладожская крепость была основным оборонным пунктом для защиты западных новгородских границ. Крепость много раз обновлялась и укреплялась. В 1446 году в Новгородской летописи отмечено, что архиепископ Евфимий, управлявший Новгородом, «в городе Ладоге стену каменную понови». В XVI веке была расширена линия обороны. Для этого на месте древнего Земляного городища был создан деревянный город. Земляной вал увеличили, на его вершине из срубов, заполненных землей, построили деревянную стену высотой около 5 метров. По углам крепости соорудили земляные бастионы для, обстрела флангов. Жилые постройки с территории городища были убраны. Длина деревянных укреплений достигла 463 метров, а вместе с каменной крепостью линия обороны составляла более 800 метров.
В начале XVII века ладожская каменная крепость впервые попала в руки врага. Шведы обманом захватили Ладогу и Корелу, изменив союзу, заключенному с Москвой. Ладога была освобождена в 1617 году после подписания Столбовского мира. Шведы сильно разрушили и опустошили город: взорвали сооружения каменной крепости, уничтожили 3 каменные церкви, построенные в XII веке.
После освобождения Ладоги от шведов в крепости начались ремонтные работы. Был восстановлен земляной город, надстроены деревянные укрепления, каменную крепость перестроили применительно к новому огнестрельному оружию. В башнях сделали амбразуры для пушек и приспособили их для лобового и флангового обстрелов, а стены обложили валунами и облицевали известняковой плитой.
Несмотря на постоянные распри между Россией и Швецией торговые связи со скандинавскими странами в XII - XVII веках были очень оживленными. Через Ладогу новгородские купцы везли в Стокгольм (они называли его Стекольной) меха, кожу, лес, еоск. Из Швеции привозили сукно, пряности, металлические изделия. В Ладоге была переправа через Волхов, и здесь же все суда проходили тщательный таможенный досмотр: из России запрещалось вывозить порох, свинец, хлеб, мясо и строго запрещалось привозить табак.
Петр I, готовясь к Северной войне, вновь перестроил стены каменной крепости. Он соорудил в них пороховые погреба и устроил склады оружия. На месте деревянного города появился земляной бастион со стенами высотой 10 - 12 метров.
После окончания Северной войны, когда берега Невы и Ладожского озера были возвращены России, древняя ладожская крепость потеряла свое оборонительное значение. Политическим и административным центром приладожских земель стала Новая Ладога, основанная Петром I в 1704 году в устье реки Волхова. Туда же по приказу Петра переехали и все «именитые» люди. С этих пор древний крепостной город стал называться Старой Ладогой. За ним сохранилась роль крупного религиозного центра.
По писцовым книгам 1500 и 1555 годов в Ладоге и ее окрестностях было 6 монастырей. В отличие от церквей монастыри имели право владеть землей и крепостными крестьянами, поэтому приходские церкви усиленно добивались монастырских прав. Только внутри каменной крепости находились два монастырских центра. Они назывались Георгиевский и Дмитриевский застенные монастыри.
Георгиевская церковь в каменной крепости - один из лучших образцов древнерусского церковного зодчества XII века. На протяжении семи столетий церковь не раз ремонтировалась, перестраивалась, и к концу XIX века она имела вид, очень мало напоминавший первоначальную постройку.
Церковь Георгия создана по типу древних русских церквей. Это небольшая, почти кубическая постройка с одним куполом, имеющим характерную для новгородских церквей шлемовидную форму. Купол поддерживается четырьмя столбами, разделяющими внутреннее помещение на 3 пролета. От столбов к стенам переброшены низкие арки. Фасады церкви оформлены тремя лопатками в соответствии с внутренним делением здания. Строгая простота внешней отделки подчеркивается решетчатыми узкими окнами.
Внутренние стены Георгиевской церкви были покрыты фресковой живописью, исполненной неизвестными мастерами. Впоследствии древняя роспись оказалась скрытой более поздними наслоениями штукатурки и была обнаружена лишь в 1780 году. Поверх росписи были найдены надписи без даты, по стилю и правописанию соответствующие XII - XIII Бекам. Зто и позволило датировать роспись концом XII века.
Фрески писались клеевыми красками по сырой штукатурке. Штукатурка делалась из белой извести с небольшой примесью мелкого просеянного песка. В эту смесь добавляли расщипанную и измельченную пеньку и волос. Такая штукатурка была гладкая и прочная, долго удерживала влагу. Даже отстав от кладки стен, она много лет могла держаться большими пластами, не рассыпаясь.