В 1870 году Шлиссельбургская политическая тюрьма была упразднена. Узников переправили в другие тюрьмы, а крепость превратили в казармы военно-исправительной роты, переведенной сюда из Выборга. Несколько позже в крепости разместился дисциплинарный батальон, в который попадали низшие чины за нарушение воинской дисциплины.
Движение народников 70-х - 80-х годов XIX века вызвало массовые репрессии со стороны царского правительства. Казематы Петропавловской крепости в Петербурге уже не могли вместить всех политических заключенных. Было решено возобновить Шлиссельбургскую политическую тюрьму, «как наиболее соответствующую по своему положению таковому назначению». Вблизи крепостной стены, выходящей к Ладожскому озеру, построили новое тюремное здание, в котором разместили народовольцев, осужденных к длительным срокам заключения. Старая же тюрьма до 1892 года служила карцером для «непокорных» узников. С 1884 по 1906 год в Новой тюрьме находились в заточении 67 революционеров. Из них 15 человек были казнены, 4 покончили самоубийством, 14 умерли, 8 человек сошли с ума и лишь немногим удалось живыми покинуть ее камеры.
В числе народовольцев, томившихся в страшных казематах крепости, были В. Н. Фигнер, Н. А. Морозов, М. Ю. Ашенбреннер, Г. П. Исаев, Г. А. Лопатин. За участие в подготовке покушения на Александра III были приговорены к смертной казни пять членов «Народной воли»: А. И. Ульянов, П. Я. Шевырев, В. Д. Генералов, В. С. Осипанов и П. И. Андреюшкин. Их перевели сюда из Петропавловской крепости и разместили в одиночках Старой тюрьмы. 8 мая 1887 года на крепостном дворе у стен Старой тюрьмы смертный приговор был приведен в исполнение.
В начале революции 1905 - 1907 годов царское правительство оказалось вынужденным объявить амнистию некоторым политическим заключенным. Из стен «Государевой тюрьмы» были выпущены оставшиеся в живых народовольцы. Но в годы жестокой реакции после подавления революции Шлиссельбургскую крепость превратили в каторжную тюрьму. В ней содержалось около 2 тысяч узников. Среди них - участники севастопольского восстания на крейсере «Очаков», большевики Горловки. В канун Великой Октябрьской революции узниками Шлиссельбургской крепости были многие видные деятели большевистской партии. Три года провел здесь в одиночном заключении Серго Орджоникидзе. Революция 1917 года освободила узников Шлиссельбурга.
В память о погибших здесь революционерах у крепостной стены на мысу, выступающем в Ладожское озеро, там, где хоронили казненных узников, 23 января 1919 года был воздвигнут обелиск с выбитой на нем надписью: «Героям-революционерам, сложившим свои головы в борьбе против царского самодержавия». Золотыми буквами на нем увековечены имена погибших в крепости с 1884 по 1906 год. На месте казни участников покушения на Александра III установлена мемориальная доска с именем А. И. Ульянова.
Древние стены Орешка стали историческим памятником боевой славы русских воинов и стойкого мужества революционеров, боровшихся против царизма.
В годы Великой Отечественной войны старинная крепость превратилась в неприступную твердыню, под ее прикрытием шли колонны машин по Дороге жизни. Героическая оборона крепости продолжалась 500 дней - с 9 сентября 1941 года по 18 января 1943 года. За это время фашисты выпустили по крепости десятки тысяч снарядов, свыше 50 тысяч мин разного калибра. Орешек выдержал около 2 тысяч огневых налетов врага. Защита Орешка - один из самых ярких эпизодов Великой Отечественной войны. В честь советских воинов, погибших в боях, в городском сквере города Петрокрепости установлен памятник.
На левом берегу Невы, за узкой протокой, отделяющей остров Ореховый от коренного берега, одновременно с крепостью возник посад, с которого и начинается история города Шлиссельбурга, ныне Петрокрепости. Уже в середине XVIII века посад заметно разросся и в 1755 году был возведен в ранг уездного города. Его росту способствовала прокладка Ладожского канала от истока Невы до устья реки Волхова, то есть от Шлиссельбурга до Новой Ладоги. Навигация по каналу началась в 1730 году. Сразу же в Шлиссельбурге были созданы судоремонтные мастерские.
Дальнейшее развитие города определялось его положением на оживленной водной трассе из Ладожского озера в Балтику. Он стал торговым и ремесленным центром юго-западного Приладожья. Основным занятием жителей была перевозка товаров на судах в Петербург и Новую Ладогу. Через шлюз Ладожского канала здесь проходило в год до 15 тысяч судов и 10 тысяч плотов. По берегам канала, у самого шлюза, и сложился торговый центр города.