Тем не менее любовь к суровой Северной Азии и ее «диким детям» настолько овладела ученым, что он признавался другу: «Не будь у меня тоски по родине... я был бы готов провести весь свой век на Востоке».
Стоит только восхищаться упорством, несгибаемым характером и работоспособностью одинокого больного ученого, в течение многих лет общавшегося с иноплеменниками, зачастую враждебно настроенными, для которых он всегда был чужаком, человеком из другого мира. Что же двигало Кастреном, что заставляло его преодолевать все тяготы путешествий, собственные недуги?
У Матиаса Алексантери была Цель, достижению которой он посвятил все свои силы. Он с юности мечтал найти прародину финнов, разыскать родственные им народы, вышедшие из общей «колыбели». Вместе с ближайшими друзьями и единомышленниками, среди которых были знаменитые впоследствии финские ученые, общественные деятели и литераторы (достаточно назвать поэта Рунеберга автора текста финского гимна, Снельмана — родоначальника финского национального движения, Лёнрота — собирателя карело-финского эпоса), Кастрен входил в Восточноботническое землячество. На одном из заседаний «субботнего кружка» землячества около 30 студентов, в том числе и М. А. Кастрен, подписали обязательство изучать финский язык и посвятить свои жизни духовному возрождению финского народа. Молодому Кастрену навсегда запомнились слова известного датского лингвиста Расмуса Раска о том, что «финский язык — один из наиболее самобытных, правильных, отделанных и благозвучных говоров на земле... сохранит на века свое значение для мыслителя, свою незаменимость для языковеда, служа ключом к пониманию говоров неславянских племен России и в Северной Азии...». Стоит напомнить, что во времена Кастрена финский язык считался на его родине языком «низким», простонародным. Официальным «высоким» языком считался шведский. Научные и литературные труды даже в начале XX века финны писали на шведском и немецком языках. Национальное самосознание в «эпоху Кастрена» только начало пробуждаться.
Юношескую клятву Кастрен сдержал. Он изучил языки ближайших родственников финнов — зырян, марийцев, саамов, остяков (ханты) и более отдаленных самодийских народов. Не ограничившись сбором фактического материала, Кастрен попытался создать стройную, научно обоснованную схему языкового родства этих народов, высказывал догадки, строил гипотезы о древнейшем состоянии языкового единства; его критический анализ схемы немецкого лингвиста Клапрота производился не в кабинетной тиши, а в непосредственном общении с носителями языков — аборигенами Сибири и Европейского Северо-Востока. Ему удалось распутать основные узлы сложнейшей проблемы происхождения финно-угорских и самодийских народов.
Гипотеза Кастрена о саяно-алтайской прародине финно-угров и самодийцев спустя десятилетия уступила место гипотезе об уральской прародине, но для своего времени она была значительным шагом вперед, своеобразным прорывом в тихом «болоте» умозрительного пережевывания учеными мужами лингвистических материалов сомнительного качества. Достаточно сказать, что до Кастрена его ученые соплеменники усиленно пытались разыскать свою прародину на земле Эллады. Позднее венгерский ученый Сома безуспешно искал прародину финно-угров в Тибете.
Кроме того, Кастрен мечтал найти в языковых материалах связующее звено между «монгольской и кавказской расами», т.е. между монголоидами и европеоидами. Современные антропологи определяют финно-угров и самодийцев как представителей оригинального, т.н. уральского, расового типа, характеризующегося своеобразным сочетанием монголоидных и европеоидных черт. Правда, до сих пор идут споры о том, является уральский тип самостоятельно сформировавшимся, или он возник в результате смешения двух основных расовых типов Евразии в пограничной зоне.
В то же время сам Кастрен и его научный руководитель Шегрен убедительно доказали самостоятельный характер, оригинальный строй финно-угорских и самодийских языков, отличающийся коренным образом от грамматической структуры индоевропейских языков. Стремясь увидеть в монгольских и тюркских языках ближайших родственников финно-угорских и самодийских, Кастрен, как стало ясно позднее, заблуждался. Думается, что если бы он успел изучить и эти языки, то ему пришлось бы отказаться от этой идеи. Бесспорно, прав финский лингвист К. Тиандер, сказавший, что в Кастрене «скрывался и мифолог, и археолог» и «если б не смерть, мир стал бы для него тесен»