Короли Сицилии и Египта пожелали свою отдельную экспедицию — с десантами и пустыней. Совместно с Генуей они заявили, что поход братских иберийских монархов поддерживают, но зайдут к маврам с тыла. Атаковав Тунис с Сицилии и прибрежные города Киренаики из Египта. Официальный мотив — сковать силы сарацин Африки и не позволить переброску подкреплений в Испанию.
Историки зачастую считают Африканский и Испанский походы совершенно независимыми, и вполне справедливо. Область Ифрикия со столицей в Тунисе от Альмохадов откололась лет десять назад и правила здесь династия сепаратистов — Хафсиды. Никакой помощи бывшая метрополия от них ожидать не могла… впрочем, в тонкостях мавританской политики, в Европе мало кто разбирался. Зато захват Туниса и береговой полосы от него до Египта, открывал кораблям из Европы путь в Александрию и Левант через Сицилию, альтернативный плаванию через Адриатику и вдоль берегов Византии, Киликии и Сирии. Обходя венецианцев и греков — в интересах Сицилии и Генуи, а заодно и порты Кипра и Сирии, что усиливало и египтян. Несмотря на очевидные узкие и корыстные причины, папа поддержал и эту группу крестоносцев. Успех в любом случае укреплял христианский мир, приближая Средиземное море к статусу «Моря Креста». Негативно проект восприняли в Венеции, Константинополе, Киликии и Сирии, но кроме венецианцев, у всех нашлись свои проблемы.
Византия разбиралась с монгольской угрозой. В Сирии, сменивший умершего в 1233 году отца король Боэмунд V вступил в традиционный для Антиохии конфликт с местным патриархом, поддержанным Римом. Примирившись через пару лет с Церковью и закрепив итог браком с родственницей папы Лючией де Сеньи, Боэмунд V в 1237 году провел не менее традиционную войну с Киликией, кончившуюся без особых результатов, но от мировой политики стороны отвлекшую. Венеция помешать экспедиции конкурентов не могла, но и участия в очередном крестоносном проекте не принимала. Позже дожей обвиняли в том, что они слили эмиру Ифрикии Абу Закарию Яхью Хафсиду информацию о подготовке похода, но подтверждений тому не нашлось.
В 1239 году, крестоносцы начали наступление. В Испании момент оказался удачным. После IV крестового похода держава Альмохадов так и не оправилась. Халиф Мухаммад умер в 1214 году, наследники удержать власть не смогли и после череды дворцовых переворотов, гражданских войн и парада суверенитетов, халифат рассыпался. В Африке за династией осталось лишь Марокко, западнее возникли суверенные эмираты Тлимсена и Ифрикии, восточнее отхватывали земли Мариниды. В Испании эмираты возникали, воевали меж собой, поглощались победителями и вновь делились, а к началу вторжения христиан имелось три относительно крупных (Бежа, Севилья и Гранада) владения, и с десяток мелких.
Король Португалии Саншу II Благочестивый, усилив дружины контингентом английских крестоносцев, начал наступление первым, атаковав эмират Бежу. Разгромив противника, португальцы нанесли удар на Севилью и взяв после недолгой осады город, вышли к Кадису. Приморская крепость, недавно укрепленная, держалась почти год, пав в 1242 году последней из мусульманских владений в Испании.
Войска Арагона, во главе с Хайме I Завоевателем, поддержанные пилигримами из Франции и флотом, двинулись на Альмерию, а после ее падения продолжили наступление в район Гранады. Бои в горной местности шли ожесточенные, христиане понесли огромные потери, но подкреплений маврам ждать не приходилось и к лету 1241 года крестоносцы взяли Гранаду, а осенью Малагу.
Фернандо III Кастильский и Леонский, с примкнувшими наваррцами Тибо I и французскими добровольцами наступал на юг, понес меньше всего потерь, получил меньше всех приобретений и добычи, зато в 1241 году внезапным броском захватил Гибралтар.
В 1242 году, V крестовый поход триумфально закончился «полным изгнанием магометова племени», как отмечали хронисты. На самом деле, мусульмане в Испании, безусловно, остались — но уже в качестве подданных новых правителей. Границы Португалии распространились до линии Бадахос-Севилья-Кадис, Арагона — Аларкон-Гранада-Малага, между ними расположились новые земли Кастилии.
Африканская компания, успеха не принесла. Предупредили эмира Абу Закарию венецианцы или нет, в любом случае, основатель династии Хафсидов и суверенной Ифрикии полководцем был грамотным, правителем толковым, а армию имел большую и опытную. За время независимости он успел захватить Триполитанию и Алжир, а перед нападением франков подчинил (или заключил союз, как обычно, стороны оценивали это по разному) окрестные племена берберов. Потому высадившиеся у стен Туниса дружины Вильгельма III Сицилийского столкнулись с укрепленной крепостью, защищаемой прекрасно обученным гарнизоном. Заняв небольшой форт Карфаген, расположенный неподалеку от Туниса, сицилийцы получили базу с источником воды и перешли к осаде. Флот пиратствовал вдоль вражеского побережья и обеспечивал снабжение с родины, но у осажденных хватало запасов, а с суши христиан постоянно атаковали мавританцы и берберы, не позволяя франкам отходить от лагеря даже небольшими отрядами. Через пару месяцев в лагере крестоносцев начались болезни. Летописцы называют чуму, дизентерию и лихорадку, с учетом тогдашних медицинских познаний вообще и у хронистов в частности, определить, что имелось в виду невозможно, но экспедицию выкосило существенно и быстро. Осенью того же года, заболели король и его старший сын, тоже Вильгельм, и проект свернули. Оставшихся в живых, флот перевез обратно на Сицилию. Вильгельм III и его наследник скончались в Палермо, трон получил младший сын, ставший в начале 1240 года королем Танкредом II.