Однако осенью 1940 г. военные заказчики потребовали от конструкторов существенно увеличить дальность полета И-301 (опытный «рояль» в исходном варианте мог пролететь всего 556 км), доведя ее до 1000 км. Дополнительные баки пришлось разместить в крыле между лонжеронами. По мере устранения дефектов и выполнения других требований представителей ВВС, в общем-то вполне справедливых (установка радиостанции, усиление бронирования), полетная масса машины стала быстро увеличиваться. Выполнив указание об увеличении дальности полета истребителя до 1000 км, конструкторы И-301 перешагнули некую черту, за которой другие летные качества самолета, и в первую очередь максимальная скорость и скороподъемность, резко ухудшились. Однако осенью 1940 г. понимание этого факта еще не пришло ни к заказчикам, ни к разработчикам машины.
В декабре 1940 г. приказом НКАП исходный вариант И-301 был переименован в ЛаГГ-1 (Лавочкин, Горбунов, Гудков — первый), а улучшенный вариант с повышенной дальностью — в ЛаГГ-3 (с этого времени в Советском Союзе всем истребителям стали присваивать нечетные номера, а самолетам всех других назначений — четные). Вскоре было принято решение о начале серийного производства ЛаГГ-3 (ЛаГГ-1 никогда не производился серийно) на пяти заводах: № 21 в Горьком (ныне Нижний Новгород), № 23 в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург), № 31 в Таганроге, № 153 в Новосибирске и № 463 в Таллине (начавшаяся война помешала последнему предприятию стать самолетостроительным). С.А. Лавочкин отправился главным конструктором в Горький, а В.П. Горбунов — в Таганрог. Третий соавтор И-301 М.И. Гудков остался на заводе № 301 и занялся проектированием нового самолета по типу американской «Аэрокобры» (его истребитель Гу-1 оказался неудачным и разбился в первом же полете).
После нападения Германии на Советский Союз 22 июня 1941 г. ВВС Красной Армии стали нести тяжелые потери, обусловленные ошибками руководства, неосвоенностью летчиками новой техники, слабой подготовкой экипажей и, в значительной степени, недостаточно высокими техническими характеристиками советских самолетов по сравнению с основным противником — германским истребителем Bf 109F. По мнению, сформировавшемуся у командования советских ВВС и руководства авиапромышленности, самолет ЛаГГ-3 серьезно уступал другому советскому истребителю, Як-1, по скорости, маневренности и простоте управления, поэтому было высказано предложение о целесообразности прекращения серийного производства ЛаГГ-3.
С.А. Лавочкин еще в конце 1941 г. начал поиск путей спасения своего детища. Первоначально его надежды были связаны с новейшим V-образным двигателем М-107 взлетной мощностью 1650 л.с., однако его разработка серьезно затянулась. Между тем на моторостроительном заводе № 19 в Перми скопилось более 400 новых моторов М-82 воздушного охлаждения мощностью 1700 л.с. конструкции Аркадия Дмитриевича Швецова, которые оказались не востребованными самолетостроителями. Этот двигатель был почти в полтора раза тяжелее установленного на ЛаГГ-3 мотора М-105П и имел гораздо больший «лоб» (миделевое сечение). Лавочкин считал, что без значительных переделок планера (которые привели бы к срыву серийного производства) установить М-82 на ЛаГГ-3 не удастся, но, уезжая в Москву по вызову наркома авиапромышленности, неохотно дал своему заместителю Семену Михайловичу Алексееву разрешение «покрутить эту идею» с двумя-тремя сотрудниками. Оказалось, что при минимальных переделках (новая моторама, капоты и легкая фанерная фальшобшивка по бортам фюзеляжа, все остальное заимствовали от ЛаГГ- 3) установить М-82 все же можно. Двухрядный звездообразный двигатель короче 12-цилиндрового V-образного, поэтому чрезмерного сдвига центровки вперед не произошло. Вернувшись в Горький, Лавочкин застал опытный экземпляр на этапе переделки. Он резко изменил свое отношение к идее ЛаГГ-3 с М-82 и стал форсировать эту работу.
В начале марта 1942 г. опытный самолет был готов к первому полету. Пилот Г.А. Мищенко с первых же минут обнаружил неприятный дефект: двигатель перегревался даже при отрицательной температуре наружного воздуха. Пришлось заменить маслорадиатор более производительным, вынести канал воздухозаборника нагнетателя в верхнюю часть капота, отказаться от установки четырех синхронных пушек ШВАК в пользу двух (над мотором) и тщательно отработать дефлекторы (поверхности, регулирующие поток охлаждающего воздуха) цилиндров мотора. В конце апреля 1942 г. наиболее серьезные проблемы удалось решить и передать самолет на государственные испытания, завершившиеся успехом. 19 мая 1942 г. вышло постановление Государственного Комитета Обороны, в котором содержалось указание о немедленном внедрении истребителя в серию.