À la place du mot « Dieu », il emploie souvent le terme grec Àoyoç (logos). Cela signifie raison. Bien que nous autres hommes ne pensions pas la même chose ni n'ayons la même faculté de raisonner, il doit toutefois exister, selon Héraclite, une sorte de « raison universelle » qui gouverne tout ce qui se passe dans la nature. Cette « raison universelle » ou cette « loi universelle » est commune à tous et chacun doit s'y référer. Cependant, d'après Héraclite, chacun n'en fait qu'à sa tête. Comme tu vois, il ne tenait pas les autres hommes en très haute estime. « L'opinion de la plupart des gens peut se comparer à des jeux d'enfant », disait-il.
Derrière toutes ces transformations et oppositions dans la nature, Héraclite voyait donc une unité ou un tout. Ce « quelque chose » à l'origine de tout, il l'appelait « Dieu » ou « logos ».
Les quatre éléments primitifs