Fece anco in palazzo quasi ne' medesimi tempi, due anni alla fila per carnovale, due scene e prospettive per comedie, che furono tenute bellissime. Fece un quadro di singolare bellezza, che fu mandato in Francia al re Francesco, dentro al quale era una Venere ignuda con Cupido che la baciava, et il Piacere da un lato et il Giuoco con altri amori, e dall'altro la Fraude, la Gelosia et altre passioni d'amore.
Avendo fatto il signor Duca cominciare dal Puntormo i cartoni de' panni d'arazzo di seta e d'oro per la sala del Consiglio de' Dugento, e fattone fare due delle storie di Ioseffo ebreo dal detto et uno al Salviati, diede ordine che il Bronzino facessi il resto. Onde ne condusse quattordici pezzi di quella perfezzione e bontà che sa chiunque gli ha veduti. Ma perché questa era soverchia fatica al Bronzino, che vi perdeva troppo tempo, si servì nella maggior parte di questi cartoni, facendo esso i disegni, di Raffaello dal Colle, pittore dal Borgo a San Sepolcro, che si portò ottimamente.
Avendo poi fatto Giovanni Zanchini dirimpetto alla cappella de' Dini in Santa Croce di Firenze, cioè nella facciata dinanzi entrando in chiesa per la porta del mezzo a man manca, una cappella molto ricca di conci, con sue sepolture di marmo, allogò la tavola al Bronzino, acciò vi facesse dentro un Cristo disceso al Limbo per trarne i Santi Padri. Messovi dunque mano condusse Agnolo quell'opera con tutta quella possibile estrema diligenza che può mettere chi desidera acquistar gloria in simigliante fatica. Onde vi sono ignudi bellissimi, maschi, femine, putti, vecchi e giovani, con diverse fattezze et attitudini d'uomini che vi sono ritratti molto naturali, fra' quali è Iacopo Puntormo, Giovanbatista Gello, assai famoso accademico fiorentino, et il Bacchiacca dipintore, del quale si è favellato di sopra. E fra le donne vi ritrasse due nobili e veramente bellissime giovani fiorentine, degne per la incredibile bellezza et onestà loro d'eterna lode e di memoria: madonna Gostanza da Somaia, moglie di Giovanbatista Doni, che ancor vive, e madonna Camilla Tedaldi del Corno, oggi passata a miglior vita. Non molto dopo fece in un'altra tavola grande e bellissima la Ressurezzione di Gesù Cristo, che fu posta intorno al coro della chiesa de' Servi, cioè nella Nunziata, alla cappella di Iacopo e Filippo Guadagni. Et in questo medesimo tempo fece la tavola che in palazzo fu messa nella cappella, onde era stata levata quella che fu mandata a Gran Vela, che certo è pittura bellissima e degna di quel luogo. Fece poi Bronzino al signor Alamanno Salviati una Venere con un satiro appresso, tanto bella che par Venere veramente dea della bellezza.
Andato poi a Pisa, dove fu chiamato dal Duca, fece per sua eccellenzia alcuni ritratti, et a Luca Martini suo amicissimo, anzi non pure di lui solo, ma di tutti i virtuosi affezionatissimo veramente, un quadro di Nostra Donna molto bello, nel quale ritrasse detto Luca con una cesta di frutte, per essere stato colui ministro e proveditore per lo detto signor Duca nella diseccazione de' paduli et altre acque, che tenevano infermo il paese d'intorno a Pisa, e conseguentemente per averlo renduto fertile e copioso di frutti. E non partì di Pisa il Bronzino, che gli fu allogata per mezzo del Martini da Raffaello del Setaiuolo, Operaio del Duomo, la tavola d'una delle cappelle del detto Duomo; nella quale fece Cristo ignudo con la croce et intorno a lui molti Santi, fra i quali è un San Bartolomeo scorticato, che pare una vera notomia et un uomo scorticato da dovero, così è naturale et imitato da una notomia con diligenza; la quale tavola, che è bella in tutte le parti, fu posta da una capella, come ho detto, donde ne levarono un'altra di mano di Benedetto da Pescia, discepolo di Giulio Romano. Ritrasse poi Bronzino al duca Cosimo Morgante nano ignudo tutto intero, et in due modi, cioè da un lato del quadro il dinanzi e dall'altro il di dietro, con quella stravaganza di membra mostruose che ha quel nano, la qual pittura in quel genere è bella e maravigliosa. A ser Carlo Gherardi da Pistoia, che in fin da giovinetto fu amico del Bronzino, fece in più tempi, oltre al ritratto di esso ser Carlo, una bellissima Iudit, che mette la testa di Oloferne in una sporta; nel coperchio che chiude questo quadro a uso di spera, fece una Prudenza che si specchia. Al medesimo fece un quadro di Nostra Donna, che è delle belle cose che abbia mai fatto, perché ha disegno e rilievo straordinario. Il medesimo fece il ritratto del Duca, pervenuto che fu sua eccellenzia all'età di quaranta anni, e così la signora Duchessa, che l'uno e l'altro somigliano quanto è possibile. Avendo Giovambatista Cavalcanti fatto fare di bellissimi mischi, venuti d'oltra mare con grandissima spesa, una cappella in Santo Spirito di Firenze e quivi riposte l'ossa di Tommaso suo padre, fece fare la testa col busto di esso suo padre a fra' Giovan Agnolo Montorsoli, e la tavola dipinse Bronzino, facendovi Cristo che in forma d'ortolano appare a Maria Madalena e più lontane due altre Marie, tutte figure fatte con incredibile diligenza.
Avendo alla sua morte lasciata Iacopo Puntormo imperfetta la cappella di San Lorenzo, et avendo ordinato il signor Duca che Bronzino la finisse, egli vi finì dalla parte del Diluvio molti ignudi, che mancavano a basso, e diede perfezzione a quella parte e dall'altra, dove a' piè della Ressurrezione de' morti mancavano nello spazio d'un braccio incirca per altezza, nel largo di tutta la facciata, molte figure, le fece tutte bellissime e della maniera che si veggiono; et a basso fra le finestre in uno spazio che vi restava non dipinto, finì un San Lorenzo ignudo sopra una grata, con certi putti intorno. Nella quale tutt'opera fece conoscere che aveva con molto miglior giudizio condotte in quel luogo le cose sue, che non aveva fatto il Puntormo suo maestro le sue pitture di quell'opera. Il ritratto del qual Puntormo fece di sua mano il Bronzino in un canto della detta cappella a man ritta del San Lorenzo. Dopo diede ordine il Duca a Bronzino che facesse due tavole grandi, una per mandare a Porto Feraio nell'isola dell'Elba alla città di Cosmopoli, nel convento de' frati Zoccolanti, edificato da sua eccellenzia, dentrovi una Deposizione di Cristo di croce con buon numero di figure, et un'altra per la nuova chiesa de' Cavalieri di Santo Stefano, che poi si è edificata in Pisa insieme col palazzo e spedale loro con ordine e disegno di Giorgio Vasari, nella qual tavola dipinse Bronzino dentrovi la Natività di Nostro Signore Gesù Cristo. Le quali amendue tavole sono state finite con tanta arte, diligenzia, disegno, invenzione e somma vaghezza di colorito, che non si può far più. E certo non si doveva meno in una chiesa edificata da un tanto principe, che ha fondata e dotata la detta Religione de' Cavalieri.
In alcuni quadretti piccoli, fatti di piastra di stagno e tutti d'una grandezza medesima, ha dipinto il medesimo tutti gl'uomini grandi di casa Medici, cominciando da Giovanni di Bicci e Cosimo Vecchio insino alla Reina di Francia, per quella linea, e nell'altra da Lorenzo fratello di Cosimo Vecchio insino al duca Cosimo e suoi figliuoli, i quali tutti ritratti sono, per ordine, dietro la porta d'uno studiolo che il Vasari ha fatto fare nell'appartamento delle stanze nuove nel palazzo ducale, dove è gran numero di statue antiche di marmi e bronzi e moderne pitture piccole, minii rarissimi et una infinità di medaglie d'oro, d'argento e di bronzo, accomodate con bellissimo ordine. Questi ritratti dunque degl'uomini illustri di casa Medici sono tutti naturali, vivaci e somigliantissimi al vero, ma è gran cosa che dove sogliono molti negl'ultimi anni far manco bene che non hanno fatto per l'addietro, costui fa così bene e meglio ora, che quando era nel meglio della virilità, come ne dimostrano l'opere che fa giornalmente.