В первую блокадную зиму совершенно неожиданно подверглась репрессиям сестра бабушки, Людмила. Ее вызвали в «большой дом» и предложили подписать заведомо ложные показания против ее подруги Конопатской. Получив отказ, следователь сказал, что тогда вышлют из города ее саму. Так и случилось: Людмила Владимировна отправилась в ссылку из блокадного города. Очень скоро, в мае 1942 года, из Тюмени прислали серую бумажку с надписью: «Троицкая умерла». Она была тихим, кротким человеком, за всю жизнь не причинившим никому зла; писала стихи, играла на фортепиано. Между тем даже в 60-70-е годы бабушке было отказано в ее реабилитации.
Одновременно с высылкой Людмилы пришло распоряжение покинуть Ленинград и Софии Николаевне. Она должна была отправиться на вольное поселение в Красноярский край. Тогда Ирина Владимировна пошла в Смольный и сказала: «В 1905 году Николай Андреевич Римский-Корсаков заступился за революционных студентов Консерватории, его даже уволили тогда за это с работы, а теперь за это вы хотите выслать его дочь?» Такого аргумента, видимо, не ожидали, София Николаевна осталась дома, ей было в эту пору уже 65 лет.
У семьи не было вопроса об эвакуации. София Николаевна, например, не мыслила себе, что можно оставить родной дом, где она хранила часть вещей и обстановки своего отца, где была его бывшая квартира, из которой по ее убеждению нужно было сделать музей. Создание музея-квартиры на Загородном проспекте было ее заветной мечтой. Уехать и оставить все на произвол судьбы не представлялось возможным. Естественно, что и дочери придерживались подобных взглядов, тем более, что они не согласились бы расстаться друг с другом, особенно перед лицом грозной опасности. Пережив большую часть блокады, София Николаевна умерла от голода 23 июля 1943 года.
Поликлиника, в которой работала Ирина Владимировна, в дни блокады превратилась в военный госпиталь, куда направляли раненых в область глаз защитников города. После высылки сестры Людмилы бабушка оказалась здесь единственным рентген-техником. Это обстоятельство с одной стороны делало ее незаменимой, а с другой – чрезвычайно востребованной. Большую часть суток она проводила на службе и с замиранием сердца шла домой, не зная, живы ли ее пятилетний сын и мать. Иногда, невзирая на бомбежку, она бежала по пустым улицам домой. Один раз ее догнал милиционер, приказывая: «Гражданка – в бомбоубежище!» Она объяснила: «У меня там маленький сын и старая мать!» – и он не стал ее больше задерживать.
Первое время при объявлении воздушной тревоги семья спускалась в убежище, потом предпочитали оставаться дома, на верхнем этаже. Если погибнуть, то уж всем вместе и с домом. Некоторые не понимали этого стремления во что бы то ни стало быть всем вместе. Бабушку уговаривали отдать сына в детский сад, где бы его стали лучше кормить и он был бы в большей безопасности, уговаривали отправить его в эвакуацию. Все это было бесполезно. Разлука ассоциировалась с концом. Когда Ирина Владимировна заболела желтухой, и ее хотели госпитализировать, она вырвалась и убежала домой, зная, что без нее семья погибнет. Ей пошли навстречу и разрешили болеть дома.
Чтобы выжить при таком страшном голоде, бабушка время от времени рисковала и носила что-нибудь из вещей на «черный рынок», где продавали еду. Два раза при этом она попадала в облаву: ловили всех, и кто продавал, и кто покупал хлеб. Один раз она выскочила из оцепления под брюхом лошади, другой раз впряглась в упряжку с мусором, которую тащили по улице девушки-дворники, которые укрыли ее, выдав за свою.
Как-то раз в здание госпиталя попала бомба. Пробив два этажа, она остановилась в операционной, где убила хирурга и двух медсестер и осталась лежать, тикая часовым механизмом. Весь персонал, сохраняя хладнокровие, переносил и переводил раненых в находящееся рядом здание театрального училища. Бомбу удалось обезвредить, а госпиталь вернулся на свое место. Бабушка с гордостью вспоминала, что в годы блокады не видала в городе паники.
16 июня 1942 года в Московской области, в районе станции Шаховской, погиб Капитон Васильевич. Как говорилось выше, летом 1943 года умерла от голода София Николаевна. Семья из пяти человек потеряла троих. В семьях родственников также было много потерь. Радость победы смешалась с горечью утрат. Впоследствии бабушка не хотела видеть фильмы о войне, не могла слышать звуки сирены, не могла разделить мгновения праздника Победы. В этот день ей хотелось больше тишины, чем поздравительных речей и грохота салюта.