В конце 90-х годов Макаров поднимает новое дело, мечтает открыть Северный полюс, и результатом его энергии является ледокол «Ермак», на котором Макаров 2 раза ходил в Северный Ледовитый океан.
В декабре 1899 г. Макаров занимает свой последний пост перед войной – главного командирa Кронштадского порта, и на этом месте проявляет ту же «осмысленность», которой проникнута вся его служба; все силы его направлены на улучшение положения, как материального, так и духовного, вверенных его управлению людей: для матросов устраиваются казармы, бани, прачечные, открываются школы; улучшается положение рабочих, им устраиваются отпуски, возбуждается вопрос о пенсиях; для офицеров организуются в Собрании сообщения, после которых устраиваются прения под председательством самого Макарова.
Не забывает в то же время Макаров и литературной работы: отстаивая свою мысль о безбронных судах, он предлагает прежде всего «всякое военное судно строить для войны и боя». В начатой работе «Без парусов», с тем же эпиграфом «помни войну», изложены последние заветы адмирала. «Нужно больше держать корабли в море, – пишет он, – на судне все чины – строевые, нестроевых нет; надо приохотить к морю, поощрив ученые работы, съемки, промеры и морской спорт; нужно беречь уголь, в военное время уголь – это жизнь; в море – значит дома».
Посреди своих обширных трудов Макаров все время помнил о надвигавшейся грозе и всеми силами стремился на Дальний Восток. «Меня не пошлют, – писал он осенью 1903 г. своему другу, барону Ф. Ф. Врангелю, – пока не случится там несчастья; а наше положение там крайне невыгодно». И на этот раз Макаров оказался прав: его не послали.
Наступил 1904 г. 24 января последовал разрыв дипломатических отношений, 25-го об этом было опубликовано в газетах, а на другой день Степан Осипович не выдержал и написал управляющему морским министерством адмиралу Авелану письмо, в котором предсказал катастрофу с эскадрой Тихого океана. Вот что писал Макаров: «Милостивый государь, Федор Карлович! Из разговоров с людьми, вернувшимися недавно с Дальнего Востока, я понял, что флот предполагают держать не во внутреннем бассейне Порт-Артура, а на наружном рейде. Пребывание судов на открытом рейде даст неприятелю возможность производить ночные атаки. Никакая бдительность не может воспрепятствовать энергичному неприятелю и в ночное время обрушиться на флот с большим числом миноносцев и даже паровых катеров. Результат такой атаки будет для нас очень тяжел, ибо сетевое заграждение не прикрывает всего борта, и, кроме того, у многих, наших судов совсем нет сетей… Японцы не пропустят такого бесподобного случая нанести нам вред. Я даже думаю, что надежда ослабить наш флот ночными атаками была одной из причин объявления войны. Будь у нас в Порт-Артуре большой внутренний рейд, из которого эскадра может выходить во всякую минуту, японцы не так легко решились бы на объявление войны… По-видимому, существуют 3 причины, по которым не хотят держать наш флот во внутреннем бассейне: 1) теснота самого бассейна; 2) невозможность выйти целой эскадрой сразу; 3) возможность, потопив судно, преградить выход. Как бы ни было тесно в Порт-Артуре, все же корабли можно швартовить и затем, путем практических упражнений, приучиться к скорому выходу. Полагаю, что при навыке, когда погода благоприятная, большие корабли будут выходить не позже, чем 20 минут один после другого, и не вижу опасности выходить по отдельности. Говорят, что неприятельский флот может подойти к выходу и будет уничтожать корабли по мере выхода их. Этого я себе представить никак не могу, ибо неприятель в это время будет находиться под огнем береговых батарей. Каждый новый корабль, выходя, усилит огонь этих последних. Что касается возможности заградить выход нашему флоту, потопив при выходе какой-нибудь пароход, наподобие тому, как сделали американцы в Сант-Яго, то такая операция не столь легко исполнима, и, кроме того, Порт-Артур богат землечерпательными приспособлениями; следовательно, если не удастся в скором времени поднять или разорвать утопленный корабль, то можно прокопать проход вдоль него. Вполне понимаю, что пребывание флота на внутреннем рейде Порт-Артура есть зло, но еще большее зло – стоянка на большом рейде, с огромным расходом угля, с крайним утомлением команд и возможностью больших потерь от минных атак неприятеля… Из двух зол надо выбирать меньшее, а потому я бы считал, что благоразумие требует держать не занятые операциями суда флота во внутреннем бассейне Порт-Артура, уменьшив расход угля до минимума прекращением электрического освещения и другими мерами… Если мы не поставим теперь же во внутренний бассейн флот, то мы принуждены будем это сделать после первой ночной атаки, заплатив дорого за ошибку». В действительности в Порт-Артуре все сбылось так, как предполагал Макаров, и ему пришлось своей кровью искупить те ошибки, которые он тщетно пытался предотвратить из Кронштадта.