В течение нескольких месяцев после его отъезда положение стало катастрофическим: Ярослав Владимирович, недавно отпущенный из своего суздальского заточения, прибыл к немцам. Он начал сноситься со своими сторонниками в Пскове и убедил рыцарей предпринять поход на Псков. Немцы собрали значительное войско и осенью 1240 г. подошли к Пскову и взяли Изборск. Псков поспешно собрал ополчение во главе с поставленным князем Александром Ярославичем воеводой Гаврилой Гориславичем («противу рыцарей выиде весь град»), которое двинулось на Изборск. «Рифмованная хроника» так описывает это:
Но попытка отбить Изборск окончилась провалом. Вместе с воеводой в бою погибли более восьмисот псковичей, видимо, в основном из антинемецкой партии. Во всяком случае, позиции противников союза с немцами и отделения от Новгорода оказались сильно ослаблены. В течение недели Ярослав Владимирович с соединёнными силами Тевтонского ордена, датского короля, дерптского (юрьевского) епископа осаждал Псков «и зажгоша посад весь, и много зла бысть, и погореша церкы… много сёл попустиша около Пльскова. Истояше под городом неделю, но города не взяша, но дети поимаше у добрых муж в тали, и отъидоша проче». То есть, взяли много заложников и отступили от города. Новгород не прислал воинских сил на помощь псковичам. Это привело к тому, что в Пскове взяли верх противники Новгорода. Псковичи понимали, что без помощи извне им не удастся выиграть затяжную войну с Новгородом. В таких условиях вече решило заручиться поддержкой ордена. Потерпев поражение, вожди антинемецкой партии с семьями бежали в Новгород, к Александру, но тот вскоре удалился в Переяславль. Отряды рыцарей с Ярославом Владимировичем во главе вновь подошли к Пскову. И 16 сентября 1240 г. город капитулировал. Посадник Твердило Иванкович и бояре пустили в Псков отряд, состоявший из немцев и чуди, вставший в городе гарнизоном. Твердило Иванкович же «сам поча владети Пльсковомь с немцами». Псковские отряды стали разорять новгородские сёла.
Изображения Свв. воинов на полях иконы Св. Николы Липенского. Икона Алексы Петрова, 1294 г. Новгород. (Новгородский гос. историко-архитектурный музей-заповедник)
Однако в этот момент Александр Невский покидает Новгород. Мог ли он не видеть угрозы? Разумеется, не мог. Думается, причины его отъезда связаны именно с подготовкой к войне: чтобы её вести, нужна была единоличная власть, а обычным путём сломить новгородское боярство было бы задачей непосильной. Было очевидно, что положение вскоре станет катастрофическим и вече заставит боярство отправиться на поклон к князю.
С отпадением Пскова власть Новгорода над близлежащими землями заколебалась. В отличие от ижорян чудь и водь не послали в Новгород гонцов, когда на их землю вступили орденские отряды. Новгородский летописец прямо называл «чудцу» и «вожан» «переветниками», или изменниками. Ливонские рыцари смогли подчинить племена чуди на западном берегу Чудского озера. Теперь они попытались объединить под своей властью всю чудь. Псковские «переветники» призвали немцев в Псков, чудские – в Копорскую землю. Рыцарские войска и отряды чуди, не встретив сопротивления, перешли Нарову и построили замок Копорье. Вслед за тем они продвинулись вниз по реке Луге и вышли к Тесову в окрестностях Новгорода. Шелонская пятина подверглась грабежу со стороны псковичей, немцев и чуди. Как записал местный летописец, враги «поимаша по Луге вси кони и скот нелзе бяше орати по селом и нечим». Новгороду грозило военное поражение и голод.
При таких обстоятельствах к Ярославу Всеволодовичу было направлено посольство, и он отправил княжить в Новгород другого сына – Андрея. Это был ловкий ход: вече стало требовать именно Александра. Сам архиепископ Новгорода Спиридон «со многи бояры» спешно выехал к князю Ярославу во Владимир и упросил его отпустить в Новгород на княжение Александра, а Александра – «забыти вины Новагорода». И «ради быша новгородци» приезду своего князя.
В 1241 г. Александр прибыл в Новгород, собрал ополчение из новгородцев и ладожан, присоединил к ним корелу и ижорян, сохранивших верность Новгороду, и изгнал немцев из новгородских пределов. Копорье немцы не успели серьёзно укрепить, и крепость быстро пала. Взятых в плен «переветников» – водь и «чуду» – князь приказал повесить. Судя по всему, князь стремился избежать большой войны с орденом. Копорье могло стать яблоком раздора, поэтому Александр приказал разрушить копорские укрепления. Часть рыцарей, взятых в плен в Копорье, были отпущены на волю, «изверже град из основание, а самих немец изби, а иных с собою приведе в Новгород, а иных пожалова отпусти, бе бо милостив паче меры, а вожан и чюдцу переветников извеша…» «Вольская пятина» была освобождена.