Ещё в ранней юности ощутил Теофил противоречие между обитающим в райских кущах бесплотным образом Бога, «подобным майской заре в чистом небе», и всеми теми попами, патриархами и даже царями, которые его славословят, но являются почему-то людьми «нечестивыми и грязными». Отныне мысль Теофила начинает укрепляться в своем критическом отношении к окружающему его миру и мало-помалу вступает с ним в открытый конфликт. Вскоре явилось обобщение: люди, оказывается, делятся надвое: одни куют железо, копают землю, рисуют, таскают грузы — т. е. совершают работу, приятную или неприятную, другие же — особы важные, вельможи, военачальники, патриарх, царь «не делали никакой работы», и вот их-то молодой Теофил начинает отождествлять «с дьяволами в аду». Самые разнообразные противоречия земного бытия он воспринимает как извечный, неразрешимый конфликт добра и зла, Бога и Сатаны.
В таком направлении развивается мысль Теофила и соответственно вся линия его поведения. Он чувствует, что не может жить дальше, не решив вопросы, терзающие его.
Напряженно и страстно размышляет он о том, как соотносятся между собой в мире, в деяниях людей Бог и Дьявол, праведное начало и греховное. После долгих и мучительных раздумий он приходит к выводу, что дьявол-то оказывается сильнее бога и что он «ловко укрывается». Создав мир, бог, дескать, не сумел совладать с дьяволом, который остается невредимым и непобедимым. Так почему же «Лукавый преспокойно царствует»? Стало быть, и сам бог — не всесильный и не всеблагий, ежели он допустил, что Христос был распят?! И страшная догадка вдруг пронзает сознание и душу Теофила: «Напрасно, значит, распят был Христос, неразумная и невинная жертва, которую Саваоф сам принес Сатане. И могло ли быть истязаемым, поруганным и распятым совершенное существо это, не будь оно покинуто Богом?» Отсюда неотвратимое умозаключение героя — о несправедливости и жестокости бога.
Религиозная оболочка сюжета не должна помешать нам видеть реальный, глубоко философский смысл романа, ставящего большие и глубокие проблемы мироздания и исторического бытия.
Теофил с характерным для него мироощущением явно выламывается из своей среды и своего времени. Беспокойная мысль героя страстно ищет ответа на вопросы, с которыми каждодневно и неумолимо сталкивает его реальная действительность.
Жизнь Теофила между тем совершает неожиданные зигзаги. Долог и тернист путь человека к истине. Отказавшись от предложенной ему должности царского писаря, Теофил тайно бежит из отчего дома в монастырь. Благочестием и тяжким физическим трудом он пытается усмирить свою гордыню и обрести душевный покой. Но нет, не обретает он его и здесь. Монахи, известные своей страстной преданностью вере, при более близком знакомстве с ними оказываются людьми совсем другого склада: все они подвержены соблазнам «рогатого» и менее всего озабочены раздумьями о небесном. Каждое новое открытие подобного рода не проходит бесследно для молодого инока и ожесточает его сердце: «Я терпел, копил мысли, скорбной и страждущей была душа моя, и со злобой укрывал я её от чужих взоров…»
Именно здесь, в монастыре, впервые открылась Теофилу ещё одна поразительная странность «дьявольской этой земли» — непримиримая рознь между людьми, которые пребывают в услужении, и теми, кого называют господами. И на собственном горьком опыте он постигает другую грань этой истины: «слуга ближе к правде, чем его господин». Мысль героя всё шире объемлет окружающий его мир, и он исподволь приближается к окончательной переоценке ценностей.
Глава, в которой рассказано о сне Теофила, играет особую роль в композиционной структуре романа. Сомнения во всеблагости бога, а также в «сообразности мироустройства» целиком овладевают молодым иноком, и нить, связывавшая его до сих пор с богом, совершенно обрывается. Прежде он думал, что отцы церкви — великие подвижники и просветители, а теперь окончательно уверовал в то, что именно они — самые большие грешники. Цари и служители церкви помышляют «единственно о собственном благе». Убедившись в лживости церковных канонов, Теофил сбрасывает рясу, отрекается от монашеского обета и приходит к заключению, что истина — «в свободе мысли, для каждого различной», и радостях земного бытия.
Происходит резкий поворот в судьбе Теофила. Нет больше над ним власти божьей, и весь он проникается земными интересами. Воспрянули дух и плоть бывшего инока, и обозначилась новая веха в его жизни. Отчаявшись познать тайну мира с помощью бога, он пытается теперь постигнуть её, опираясь на Сатанаила.
Ум его вступает в новое единоборство с тайнами миробытия. Гонимый «голосом собственной совести», Теофил проходит через тернии зловерия. С другого конца пытается понять он теперь мир, «во зле лежащий». И снова постигает его крушение. Учение субботников и различные другие формы ереси тоже оказываются бессильными в познании сути бытия. Отвергая силы зла, но не видя путей его преодоления, он сам с ожесточением предается злу и стихии плотской жизни.