Юноша пользовался большим авторитетом у одноклассников. И не только у них. Администрация элитного морского учебного заведения неоднократно отмечала его в числе лучших учеников и заслуженно доверила быть фельдфебелем младшей роты. Управляющий морским министерством будущего Верховного правителя М. И. Смирнов так вспоминал о том времени: «Я впервые с ним познакомился, будучи воспитанником младшей роты. Колчак, молодой человек невысокого роста, с сосредоточенным взглядом живых и выразительных глаз, глубоким грудным голосом, образностью прекрасной русской речи, серьезностью мыслей и поступков, внушал нам, мальчикам, глубокое к себе уважение. Мы чувствовали в нем моральную силу, которой невозможно не повиноваться, чувствовали, что это тот человек, за которым надо беспрекословно следовать. Ни один офицер-воспитатель, ни один преподаватель корпуса не внушал нам такого чувства превосходства, как гардемарин Колчак».
Весной 1894 года Александра, как отличника, пригласили на обсуждение результатов выпуска. Ему прочили многообещающее первое место. Но он наотрез отказался от этого, считая более достойным своего товарища по учебе. Из корпуса Колчак был выпущен вторым по списку с денежной премией русского мореплавателя Петра Ивановича Рикорда (1776–1855), члена-корреспондента Петербургской академии наук, а осенью того же года произведен в мичманы.
Радостное событие омрачила безвременная смерть матери. Ольгу Ильиничну похоронили недалеко от дома, на Успенском кладбище в деревне Мурзинка.
Еще в ученические годы будущий адмирал с головой окунулся в точные науки. Часто посещая Обуховский завод, он хорошо узнал артиллерийское и минное дело. Отец познакомил его с британским заводчиком-миллиардером Армстронгом, нажившимся на производстве пушек и удостоившимся впоследствии звания лорда. Он предложил ему продолжить обучение на английских заводах. Но у юноши возобладало желание служить на флоте.
В 1895 году, после нескольких месяцев совершенствования в штурманском деле, Колчак назначается помощником вахтенного начальника на броненосный крейсер 1 ранга «Рюрик». В первом же своем выходе в море, не оставляя замыслов сказать свое слово в науке, он по собственной инициативе производит океанографические работы по специально разработанной программе. Затем был Владивосток, та же должность на крейсере 2 ранга «Крейсер» и необъятные просторы Тихого океана. «Это было первое мое большое плавание. Главная задача была чисто строевая, но, кроме того, я специально работал по океанографии и гидрологии. С этого времени я начал заниматься научными работами. Готовился к южнополярной экспедиции, но занимался этим в свободное время, писал записки, изучал южнополярные страны. Итогом того плавания стали опубликованные «Наблюдения над поверхностными температурами и удельными весами морской воды, произведенные с мая 1897 года по март 1898 года». В них уточнялись методы наблюдений, выверялась правильность карт холодных течений у берегов Кореи.
Тогда же он увлекся восточной философией, особенно учением секты Дзен, проповедующей аскетизм и пренебрежение к быту, пытался самостоятельно освоить китайский язык. Интерес ко всему восточному у Александра Васильевича остался надолго. Позднее Колчак пристрастился к коллекционированию японского холодного оружия. Спустя годы во время посещения Токио он часто бродил по лавкам отдаленных кварталов, надеясь найти знаменитый нож Майошин (чаще всего им самураи совершали харакири). И только в 1918 году удача улыбнулась Александру Васильевичу – японский полковник преподнес долгожданный подарок работы одного из учеников мастера. Для адмирала он стал своеобразным талисманом: «Когда мне становится очень тяжело, я достаю этот клинок, сажусь к камину, включаю освещение и при свете горящего угля смотрю на него. Какие-то тени появляются, исчезают на поверхности клинка, который точно оживает какой-то внутренней в нем скрытой силой – быть может, действительно частью живой души воина».
Много и других незаурядных качеств Александра отмечали современники. В частности, адмирал Г. Ф. Цывинский – тогда командир крейсера и его начальник – писал: «Было прислано с эскадры сто человек лучших, здоровых и грамотных матросов для подготовки в унтер-офицеры. Они были разделены на четыре вахты, и в каждую вахту назначен офицер, он же учитель своей вахты. Одним из вахтенных учителей был мичман А. В. Колчак. Это был необычайно способный, знающий и талантливый офицер. Он обладал редкой памятью, владел прекрасно тремя европейскими языками, знал хорошо лоции всех морей, историю всех почти европейских флотов и морских сражений. Прослужил он на крейсере младшим штурманом до возвращения в Кронштадт в 1898 году».