Свое 25-летие Александр отметил в кругу семьи и близких ему людей. Было весело и шумно. Соня вызвала восхищение у собравшихся своей эрудицией, Катя – кулинарным мастерством. Шел задушевный разговор. Вспоминали детство, юношеские годы, забавные эпизоды прошедших лет. В основном же говорили о будущем. Одним оно казалось радостным и перспективным, другим – туманным. Точку зрения последних разделял и юбиляр. Пребывая в смятении, молодой флотский офицер с неподдельной радостью воспринял известие об англо-бурской войне: «Я думаю, что каждый мужчина, слыша и читая о таком деле, должен был испытывать хотя бы смутное и слабое желание в нем участвовать». Однако помыслам не суждено было свершиться.
«На Рождество, – вспоминал Колчак, – когда я сидел у себя в каюте и обдумывал вопрос о том, чтобы кончить службу и уйти в Южную Африку для занятий военным делом, мне принесли телеграмму, подписанную лейтенантом Матисеном, где мне предлагалось принять участие в Русской полярной экспедиции. Я немедленно ответил полным согласием на все условия и отправился к командиру капитану 1 ранга Греве поговорить о своем решении. Я прямо сказал, что решил выйти из военной службы, если она явится препятствием для поступления моего в состав экспедиции, и, конечно, Греве, вполне сочувствуя моим желаниям, посоветовал мне немедленно подать в запас, так как иначе списание мое с «Петропавловска», да еще ввиду моего перевода в Сибирский экипаж, затянется, а броненосец должен скоро уходить в Порт-Саид.
Адмирал Д.С. Арсеньев – начальник Морского кадетского корпуса.
Я телеграфировал лейтенанту Матисену, которого считал за командира судна, что я подаю в запас и еду, как могу скорее, в Петербург. Но выйти в запас мне не пришлось. Благодаря участию президента Академии наук великого князя Константина высшее морское начальство телеграммой потребовало моего списания с «Петропавловска» и возвращения в Петербург. Все устроилось лучше, чем я ожидал. На первом пароходе Русского общества, простившись с броненосцем честь честью, как говорится, я в первых числах января ушел из Пирея в Одессу и явился в Петербург около середины января. Встретившись с Матисеном, я узнал, что он поступал первым помощником на шхуну «Заря», командиром которой был лейтенант Коломейцев, бывший минным офицером на «Варяге», строившемся в Америке и только недавно прибывшем в Петербург. Лейтенанта Матисена я знал еще по плаванию на «Рюрике», о Коломейцеве же я много слышал, но знал его очень мало, во всяком случае, я знал его как отличного моряка, и это все, что было надо. Я поступил вторым помощником на судно экспедиции. На другой день по приезде я увиделся с бароном Толлем и согласился на все условия, которые, к слову сказать, не оставляли желать ничего лучшего в смысле положения, материального вознаграждения и проч. Я лично ни на что не рассчитывал, так как считал, что участие в такой экспедиции само по себе уже делает незначительным все остальные вопросы».
Эдуард Васильевич Толль предложил Колчаку взять на себя часть научных работ: гидрографических, гидрологических и магнитометрических наблюдений. Он рекомендовал заняться в Павловской магнитной обсерватории, чтобы подготовиться к магнитным наблюдениям для помощи астроному и магнитологу экспедиции Ф. Г. Зеебергу. Но прежде чем приступить к этим занятиям, он предложил съездить в Архангельск и оттуда в Мезень или Кемь для найма трех человек поморов из бывших на Шпицбергене или Новой Земле.
Русская полярная экспедиция Академии наук имела целью найти легендарную «Землю Санникова», которую, как уверял Толль, он видел с северо-западного мыса острова Котельный в августе 1866 года, когда участвовал в экспедиции А. А. Бунге. Другой важной задачей своей экспедиции Толль считал комплексное обследование Таймырского полуострова и других берегов, островов и акваторий Карского и Сибирского морей. В Норвегии Толлем была закуплена деревянная, требующая некоторого переоборудования парусно-паровая шхуна «Гаральд Харфагер», переименованная в «Зарю». В состав экспедиции, помимо начальника и команды, входили ученые А. А. Бялыницкий-Бируля, доктор медицины Г. Э. Вальтер и Ф. Г. Зееберг и три офицера, лейтенанты: Н. Н. Коломейцев – командир судна, Ф. А. Матисен – старший офицер и А. В. Колчак – 2-й помощник командира и гидрограф. Всего же команда «Зари» насчитывала 12 человек, в том числе боцман Н. Бегичев, механик Э. Огрин, машинист Э. Червинский, кочегар И. Клух, старший рулевой В. Железников, матросы Г. Пузырев, Т. Носов, Е. Евстафьев, С. Толстой, Н. Безбородов, А. Семяшкин, повар Ф. Яскевич.