Несколько позже полученные Корниловым материалы легли в основу русских военных приготовлений на границах Туркестана, а разведка крепости Дейдади, как вспоминал генерал И. Романовский, «разбиралась в войсках как пример тщательно спланированной операции, и прибывших на службу в Туркестан офицеров специально знакомили с этой чрезвычайно опасной экспедицией».
Несмотря на то что экспедиция Корнилова завершилась успешно, Лавр Георгиевич был обвинен в том, что предварительно не нашел нужным доложить о своих намерениях начальнику. Также он был обвинен в том, что, отправляясь в разведку, оформил фиктивный отпуск на три дня. Поэтому предпринятая Корниловом разведка в глазах высокого начальства отдавала «авантюрой» в духе романов Майн Рида. На основании этого руководство Главного штаба не утвердило представление командующего округом о награждении «слишком молодого» капитана орденом Владимира 4-й степени, на том основании, что внеочередное награждение возможно только за «военные заслуги». Более того, «Корнилову было указано на недопустимость подобных действий впредь, а генералу Ионову объявили выговор за то, что рискует способными офицерами».
И все же заслуги Л. Г. Корнилова были отмечены переводом его в августе 1899 года на должность старшего адъютанта штаба Туркестанского округа. Однако штабная служба продолжалась недолго. Обстановка на границе с Афганистаном была весьма напряженной, и снова потребовались его способности разведчика. Поэтому летом 1899 года Корнилов работал над изучением района южнее Кушки – направления на Меймань и Герат. В этом деле ему помогали один казак и несколько туркмен, принятых на русскую военную службу. Также в то время по приказанию командующего Туркестанского военного округа Корнилов часто выезжал в малоизученный регион Патта-Гиссарь и Чубек для осмотра и уточнения пограничной полосы.
В октябре 1899 года Корнилов выехал сначала в Асхабад для участия в разработке оперативных мер на случай войны с Великобританией, а затем получил задание составить стратегический очерк Восточного Туркестана (Кашгарии), в отношении которого на топографических картах Генерального штаба имелось слишком много «белых» пятен.
Начало нового века Корнилов встретил в Кашгаре, у ворот Индии, в самом центре борьбы за сферы влияния между Великобританией и Россией. Несмотря на то что Лавр Георгиевич официально являлся частным лицом, начальство решило, что свои действия он должен согласовывать с российским консулом Н. Ф. Петровским.
Корнилов составил схему почтового сообщения между Ошем и Памиром, написал ряд рапортов, содержащих сведения о положении дел в Кашгарии. Не раз под видом купца Лавр Георгиевич проникал в самые отдаленные места. Итогом работы стала монография «Кашгария, или Восточный Туркестан. Опыт военно-стратегического описания», которая была издана в Ташкенте в 1903 году. Это исследование до сих пор считается одним из наиболее полных описаний данной территории.
В Кашгаре Корнилову впервые пришлось столкнуться с таким явлением, как народный бунт. Под влиянием слухов о «боксерском восстании» в Китае местное население собиралось разгромить иностранные консульства. Узнав об этом, Корнилов заявил в рапорте на имя окружного генерал-квартирмейстера о необходимости ввести русские войска и подавить малейшие беспорядки. Более того, он даже предложил конкретный план действий в виде отдельной войсковой операции. При этом он сослался на опыт подавления Наполеоном восстания роялистов в Париже в октябре 1795 года. Но представители российских властей не только отказались от его услуг, но и составили специальную докладную, назвав в ней Лавра Георгиевича «несостоятельным Буонапартом».
Здесь же произошел конфликт с консулом Н. Ф. Петровским, заявившим о нарушениях Корнилова в отчетности, а также о предоставлении им недостоверных сведений. Последнее звучало как упрек в непрофессионализме Лавра Георгиевича, что его особенно возмутило. Судить о том, кто был прав, весьма трудно. У консула был богатый опыт разведывательной работы, а Корнилов упрямо доказывал правильность собственных методов. Тем не менее из штаба округа в адрес последнего пришло указание «улучшить сбор и проверку сведений о Кашгарии и всеми сведениями политического характера обязательно делиться с консулом».
Но Корнилов упрямо стоял на своем. Обидевшись, он подал рапорт о невозможности совместной работы с Петровским. Это было вполне в его духе: принципиальный до мелочей, он не терпел попыток «учить» его там, где он сознавал себя профессионалом. Вполне понятно, что дальнейшая работа Кашгаре в таких условиях стала невозможной.