После возвращения Курицына в Москву секта еретиков начинает стремительно разрастаться. В нее вошли брат Федора Курицына Волк, «угрянин» Мартын, дьяки великого князя Истома и Сверчок, купец Семен Кленов, книжный переписчик Ивашка Черный. Под воздействием своего духовника Ивана Максимова примкнула к секте невестка великого князя Елена Волошанка. И, наконец, сам великий князь Иван Васильевич, по его собственному признанию, не только знал о ереси, но и относился к ней вполне благосклонно. За государем потянулись многочисленные придворные, и постепенно еретические воззрения стали охватывать все более широкий круг влиятельных людей столицы.
После отъезда в Москву наиболее образованных еретиков новгородская секта заметно разложилась. Вместо чтения богословских книг еретики увлеклись попойками, которые сопровождались грубым поруганием христианских символов. Во время одной из таких попоек собутыльники поссорились между собой. Наутро, боясь разоблачения, один из них, некий поп Наум, пришел с повинной к архиепископу Геннадию и принес «Псалтирь жидовствующих», главную богослужебную книгу, переиначенную на иудейский лад.
Ошеломленный Геннадий провел немедленный розыск. Допросив главных фигурантов — священников Григория, Герасима и дьяка Самсона, он отправил великому князю и митрополиту Геронтию донесение о ереси. Однако влиятельные московские еретики представили донесение Геннадия как вздорные измышления чрезмерно ретивого владыки.
А вскоре случилось событие, вознесшее ересь на вершину церковной иерархии. После смерти митрополита Геронтия Русскую православную церковь, по желанию великого князя, возглавил Зосима. Новый владыка был близок к Курицыну и другим еретикам и, скорее всего, стал митрополитом с их прямого содействия. Все обращения Геннадия по поводу ереси новый митрополит клал под сукно.
Не получив ответа на свои донесения, архиепископ Геннадий не успокоился. Он разослал письма самым влиятельным русским епископам с требованием созыва Собора. Собор обвинил новгородского протопопа Гавриила, священников: Дениса, Максима, Василия, дьякона Макара, зятя Денисова Васюка, чернеца Захара и дьяков Гридю и Самсона в том, что они «не поклонялись иконам, ругались над ними, называя их делами рук человеческих, признавали тело и кровь Христову простым хлебом и вином с водою».
Еретики упорно отпирались от обвинений, а в том, в чем нельзя было отпереться, каялись и просили прощения. Собор лишил их духовного сана, предал проклятию и осудил на заточение. Некоторых из них отправили к Геннадию в Новгород. Архиепископ приказал встретить их за 40 верст от города, надеть на них вывороченную одежду, посадить на вьючных лошадей лицом к хвосту. На головы еретиков водрузили берестяные шлемы с мочальными кистями и с надписью: «се есть сатанино воинство». Владыка велел народу плевать на них, ругаться над ними и кричать: «Вот враги Божий, хулители христианские!» В завершение на головах еретиков зажгли берестовые шлемы. Не перенеся пытки, Денис умер, перед смертью лишившись рассудка.
Геннадий понимал, что с ересью нельзя бороться только мерами устрашения. Владыку удручали тьма и невежество, окутавшие некогда просвещенный Новгород. Массовые выселения наиболее образованной части населения бывшей республики привели к острой нехватке сколько-нибудь образованных священнослужителей.
В своем послании к новому митрополиту Геннадий жаловался: «Силы моей больше нет неучей ставить на церковные должности. Вот, приведут ко мне мужика на посвящение: я ему дам читать апостол, а он и ступить не умеет; я ему дам псалтырь, он и тут едва бредет. Я его прогоню, а на меня за это жалуются. Земля, говорят, такова; не можем достать человека, который бы грамоте умел: всю землю, видишь ты, излаял, нет человека на земле, кого бы избрать на поповство. Попечалуйся, господин отец, перед государями нашими великими князьями, чтоб велели училища устроить».
Борьба с ересью подвигла новгородского архиепископа и к другому подвигу. К этому времени только часть книг Ветхого Завета существовала в славянском переводе. Владыка решил осуществить полный перевод Библии, чтобы сделать ее доступным русским людям. На своем подворье Геннадий собрал группу ученых-переводчиков, среди которых выделялись новгородец Дмитрий Герасимов и принявший православие монах-доминиканец Вениамин.
Так появилась знаменитая «Геннадиевская библия», в которую вошли ранее не переводившиеся на славянский две книги Паралипоменон, три книги Ездры, Неемии, Товита, Иудифь, Соломонова Премудрость, Притчи, Маккавейские книги; четыре книги Царств и книга Есфири. И хотя перевод носил на себе отпечаток влияния латинского текста, это был настоящий прорыв, сделавший Библию доступной грамотным русским людям.
В связи с истечением в 1492 году отмеренного Святыми Отцами срока конца света среди верующих усилились толки и размышления о вере. Этими настроениями воспользовались еретики, открыто подвергая сомнению основные догматы христианства. В развернувшейся острейшей полемике энергичный, но неподкованный в вопросах теологии владыка Геннадий уже не мог противостоять европейски образованным еретикам. Более того, секта нанесла ему ответный удар. По обвинению в мздоимстве Геннадий был отставлен с новгородской кафедры и лишен архиепископства.
Роль духовного вождя традиционного православия взял на себя настоятель Волоколамского монастыря Иосиф Волоцкий. Его возражения «жидовствующим» легли в основу знаменитого «Просветителя», надолго ставшего настольной книгой русского священства.
Известный строгим благочестием, блестящий оратор и искушенный политик Волоцкий нанес удар по человеку, которого считал главной опорой ереси — митрополиту Зосиме, который был подвержен многим порокам, в их числе пьянству и содомии. Под давлением архиепископов во главе с Волоцким Зосима был вынужден сложить с себя сан.
Тем временем в Москве ересь сплелась с интригой вокруг престолонаследия, расколовшей двор великого князя и само его семейство. Ситуация усугубилась после внезапной смерти наследника престола Ивана Молодого, сына великого князя от первого брака с Марией Тверской. Заболевшего наследника взялся лечить еврейский врач Леон, который самонадеянно гарантировал успех лечения своей собственной жизнью. Однако Иван Молодой умер, и разгневанный великий князь публично казнил незадачливого врача.
При дворе образовались две партии, из которых одна, состоявшая из наиболее знатных бояр, отстаивала права на престол сына Елены Волошанки Дмитрия, а другая — по преимуществу незнатные дети боярские и дьяки — стояла за сына Софьи Василия. По-разному относились партии и к ереси жидовствующих. Мать Дмитрия, невестка великого князя Елена Волошанка, тяготела к ереси, а великая княгиня Софья, напротив, стояла за преследование еретиков.
Сначала победа клонилась на сторону Дмитрия и бояр. В декабре 1497 года был открыт заговор приверженцев Василия на жизнь Дмитрия; Иван Васильевич арестовал сына, казнил заговорщиков и стал остерегаться жены, уличенной в ворожбе против мужа. 4 февраля 1498 года Дмитрий был венчан на царство. Но уже в следующем году Иван охладел к невестке и внуку, примирился с Софьей и с Василием; Елена Волошанка с сыном были посажены в темницу; Василий объявлен государем всея Руси.
Незадолго до своей кончины великий князь дал согласие на физическую расправу с еретиками. В декабре 1504 года церковный собор предал их проклятию и препоручил их светской власти для свершения казни. Дьяк Волк Курицын, Димитрий Коноплев и Иван Максимов были сожжены в клетках 28 декабря в Москве. Некрасу Рукавому отрезали язык и отправили в Новгород; там сожгли архимандрита Касьяна, его брата и с ними многих других еретиков. Менее виновных отправили в заточение в тюрьмы и монастыри. Судьба фаворита Федора Курицына неизвестна, вероятно, он успел бежать за границу.
Так трагически завершилась история ереси, начавшейся в Новгороде осенью 1470 года и просуществовавшей свыше тридцати лет. Но и после разгрома секты последствия ее деятельности ощущались еще довольно долго, что привело к ухудшению отношения Русской православной церкви к иудаизму. В стране на бытовом уровне возникло подозрительное отношение к евреям. Позже, при Иване Грозном, въезд иудеев в Россию был вовсе запрещен.