Тем временем в Москве события развивались с головокружительной быстротой. Власть захватила боярская группировка из семи человек, получившая название «Семибоярщина». Царь Василий был силой пострижен в монахи. В сентябре 1610 года в Москву вступили польские войска. Русская столица была фактически оккупирована иностранными интервентами.
Семибоярщина предложила избрать на русский престол сына польского короля королевича Владислава. Но королю Сигизмунду не нужна была суверенная Россия, даже управляемая его собственным сыном. Он хотел стать королем Великой Польши от Вислы до Урала.
В стране установилось междуцарствие. По призыву патриарха Гермогена в русских землях стало собираться ополчение, которым командовали Ляпунов, Трубецкой и казачий атаман Заруцкий. Был создан Земский совет, не признававший власть поляков и русских изменников-бояр. Новгород без колебаний поддержал земское движение. Горожане постановили: «Московскому государству на разорителей нашей православной христианской веры на польских и литовских людей помогать».
В Стокгольме тем временем с тревогой наблюдали за ситуацией в России. Сбывались худшие опасения короля Карла IX. Его заклятый враг польский король Сигизмунд III становился властелином громадной территории, вплотную примыкавшей к Швеции. Стремясь не допустить такого развития событий, король поручил Делагарди захватить пограничные русские земли. В марте 1611 года пятитысячное шведское войско захватило Корелу, Ям, Ивангород, Копорье и Гдов и вплотную приблизилось к Новгороду.
В Новгороде только что сменился воевода. Боярина Салтыкова, как и его предшественника Татищева, горожане заподозрили в польской измене и посадили на кол. Новым воеводой стал присланный Земским советом боярин Василий Бутурлин. Ему было велено немедленно вступить в переговоры с генералом Делагарди о совместных действиях против поляков. Чтобы заполучить Швецию в союзники, Совет всей земли 23 июня 1611 года принял решение об избрании русским царем одного из двух сыновей Карла IX. Снова, как во времена Рюрика, «безнарядная» Русская земля звала к себе «варяга из-за моря». Случись такое — и не только российская, но и вся европейская история могла пойти другим путем.
В качестве подарка будущему монарху Бутурлин соглашался на передачу Швеции уже занятых войсками Делагарди русских территорий. Переговоры, перемежаемые пирами, шли в Хутынском монастыре, где разместилась ставка шведского генерала. Дело шло к подписанию судьбоносного договора, как вдруг возникло препятствие в лице граждан Великого Новгорода, возмущенных тем, что за их спиной решается судьбы исконных новгородских земель. Потеря русского побережья Балтики лишала Новгород главного торгового преимущества — выхода к морю.
Поняв, что убедить горожан не удастся, Делагарди, с ведома Бутурлина, решил действовать силой. 16 июля шведы внезапно атаковали город. Их лазутчик открыл наступавшим Чудинцевы ворота. Не ожидавшие такого вероломства новгородцы оказались не готовы к отпору. Шведы убивали безоружных. Еще один удар в спину нанес воевода Бутурлин. Он не только ушел со своим отрядом из города, но и ограбил по пути Торговую сторону.
Горожане пытались организовать сопротивление. Стрелецкий голова Василий Гаютин, атаман Шаров, дьяки Голенищев и Орлов не пожелали сдаться и легли на месте. Шведы подожгли город. В пламени пожара геройски погиб протопоп Амос. Уцелевшие защитники заперлись в Детинце, но в крепости не было ни продовольствия, ни боеприпасов. Поняв, что сопротивление бесполезно, воевода Одоевский и митрополит Исидор запросили перемирия.
Теперь уже Делагарди мог диктовать свои условия.
25 июля 1611 года между Новгородом и шведским королем «с ведома бояр и народа московского» был подписан договор, согласно которому шведский король объявлялся покровителем России, а один из его сыновей становился московским царем и новгородским великим князем.
Однако королю Карлу IX было не суждено пожинать плоды этой нежданной удачи. В разгар событий король умер. На шведский трон воссел семнадцатилетний Густав II Адольф. Претендентом на русский престол и великим князем новгородским теперь становился его младший брат Карл Филипп.
Перед генералом Делагарди открылись заманчивые перспективы. Став военным диктатором огромной территории, он рассчитывал посадить на русский престол десятилетнего кронпринца, чтобы самому стать регентом при будущем русском царе. В письмах королю Делагарди просил как можно быстрее отправить Карла Филиппа в Новгород, чтобы отсюда в нужный момент быстро переместиться в Москву. Однако Густав Адольф упорно игнорировал обращения генерала. Молодой король вовсе не хотел, чтобы его брат стал русским царем. С ним был согласен шведский риксдаг, полагавший, что для Швеции выгоднее аннексировать русский Северо-Запад вместе с Новгородом, чем основывать московитскую династию. Как писал Карамзин: «Державе предпочли город».
Что касается отношений Новгородского государства с Москвой, то они были весьма запутанными по той причине, что самого Московского государства в это время фактически не существовало. Вместо него был клубок мятущихся провинций. Правительств было два. Первое сидело в блокированной Москве и контролировалось поляками. Земское правительство находилось в Ярославле, где под руководством князя Пожарского формировалось новое ополчение. Если с московским пропольским правительством Новгородское государство находилось в состоянии войны, то с Земским оно сразу установило дружественные отношения.
Осенью 1612 года объединенные силы двух ополчений освободили Москву от поляков. Зимой 1613 года в освобожденной столице собрался Земский собор для выборов нового царя. Одним из кандидатов на русский престол был назван шведский кронпринц Карл Филипп. За его кандидатуру ратовал Дмитрий Пожарский. Однако, несмотря на заслуги князя перед Россией, большинство Собора выступило против его кандидата. Народ, который только что с огромным трудом изгнал интервентов, хотел русского царя. К тому же шведы успели показать себя не с лучшей стороны, отторгнув у ослабевшей России Новгород.
После бурных споров Собор избрал на русский трон никому не известного шестнадцатилетнего Михаила Романова. В России возникла новая династия.
Решение Земского собора вызвало в Швеции запоздалую реакцию. Поняв, что русские могут своими силами преодолеть тяжелый кризис, Густав Адольф теперь готов был навязать Карла Филиппа в качестве претендента на московский престол. Летом 1613 года юного принца привезли в Выборг, где начались переговоры с новгородской делегацией во главе схутынским архимандритом Киприаном. На переговорах в Выборге шведы потребовали от новгородских послов, чтобы они просили Карла Филиппа стать русским царем. Когда новгородское посольство отказалось сделать это, шведы попытались заставить членов новгородского посольства присягнуть шведскому королю.
Это вызвало резкий отпор новгородской делегации. Один из послов, купец Степан Иголкин, заявил, что новгородцы не подчинятся шведской власти, как не подчинились польской, до тех пор, пока в живых останется хотя бы один ребенок. Горн, сменивший Делагарда, приказал схватить Иголкина и даже хотел казнить его, но затем отпустил купца, чтобы не обострять и без того острую ситуацию.
Переговоры закончились полным провалом. Зимой в Новгород были стянуты дополнительные шведские войска. Чтобы придать оккупации вид законности, власти решили организовать своего рода референдум. Через пятиконецких старост новгородцам было предложено ответить, кого они хотят в правители: короля или принца? В самом вопросе заключался подвох. Поддержав короля, новгородцы автоматически становились подданными Швеции, поддержав принца, выступали за государственную самостоятельность. Горожане отвечали, что не могут присягать королю, так как уже присягали принцу, но при этом желают быть в составе Российского государства, ибо «особно Новгородское государство от Российского царствования не бывало».