Известно, что Годунов намеревался выписать из-за границы ученых, чтобы учредить в Москве школу с преподаванием иностранных языков. В частности, в 1600 году в Священную Римскую империю направили И. Крамера, в задачу которого входило «выписать из Германии, Англии, Испании, Франции, Италии и т. д. ученых, чтобы учредить преподавание разных языков». Но тогдашние представители Церкви воспротивились этому, говоря, что «если же иные языки, кроме родного, появятся среди русских, то в стране возникнут распри и раздоры, и внутренний мир не будет соблюдаться так, как сейчас».
В условиях разгоравшейся польско-шведской войны взор московского правителя обратился к Эстляндии, где в тот период активно работала русская разведка. Например, «в 1599 и 1600 годах ивангородские воеводы отправляли в Нарву и Ревель купца Тимофея Выходца и некоего Иванова, чтобы агитировать в пользу русского правительства». В марте 1600 года в Москву приезжал нарвский «палатник» Арман Скров вместе с двумя «немчинами» Анцом Крамером и Захаром Вилкелманом. Скров вел тайные переговоры с главой Посольского приказа В. Я. Щелкаловым о сдаче Ругодива (Нарвы) «под руку» Годунова. С аналогичной миссией примерно в то же время в Москву приехал из Колывани (Ревеля) «палатник» Херт Фриз, имевший «три грамоты о государевых делах».
Основными органами разведки (еще не разделявшейся на политическую, военную и экономическую) и контрразведки в царствование Михаила Романова являлись Посольский, Разрядный и Иноземский приказы.
Определенным недостатком русской разведки и контрразведки в XVII веке являлось отсутствие единого руководящего разведывательного центра в стране, который мог бы координировать действия многочисленных секретных государевых служб. Но, с другой стороны, государь имел возможность получать информацию от нескольких независимых параллельных структур.
Агентурная разведка велась по трем направлениям: север и северо-запад (Швеция и Прибалтика); запад (Речь Посполитая); юг (Крым, Турция и Балканы).
Сфера интересов русской разведки в основном ограничивалась территорией сопредельных стран, а разведка в отдаленных странах носила периодический характер.
Посольский приказ осуществлял стратегическую разведку под дипломатическим прикрытием. Разрядный приказ (именовался также Разрядом) через воевод координировал разведывательную работу в порубежных районах России. В Разрядном приказе руководство разведкой и контрразведкой велось главным образом через Московский стол, а к середине XVII века — через Приказный, Белгородский и Севский столы. Ответственными лицами на местах являлись воеводы приграничных городов, посылавшие в Разрядный приказ информационные сообщения (вестовые отписки).
Патриарх Филарет лично занимался делами Посольского приказа, в том числе стратегической разведкой. В 1633 году он составил «для своих государевых и посольских тайных дел» особый шифр («затейное письмо»), который должны были использовать доверенные лица государя. Из наказа русскому представителю в Швеции Д. А. Францбекову видно, что при составлении донесений царю полагалось использовать тайнопись:
«Да что он, Дмитрий, будучи в Свее, по сему тайному наказу о тех или иных о наших тайных делах и наших тайных вестях проведает, и ему о всем писати ко государю царю и великому князе Михаилу Федоровичу всея Руси к Москве по сему государеву тайному наказу закрытым письмом».
В 1621 году Онисим Михайлов составил первый в России «Устав ратных, пушечных и других дел, касающихся до воинской науки». В статье 29 «О вестовщиках и лазутчиках» описывалась организация агентурной разведки:
«Прежде всего подобает Государю или великому Воеводе воинству великое прилежание иметь, чтобы ему всякие прямые вести от мужеска полу и женска известны были и <…> только бы никто друг друга не ведал, и в тех вскоре можно узнать, которые из них будут лучшее и тайнее и прямее, и в таких мерах не доведется денег щадити.»
Также в этой статье отражена организация и войсковой полевой разведки:
«Да к тому же иметь в великих и малых полках добрых и прилежных смелых людей, смотря по делу, для посылки в подъезды для многих причин, а добро бы, чтобы послати по толику своих людей, чтобы добытися языки.»
Приведем несколько примеров нелегальной агентурной работы региональных структур русских секретных служб за 1625 год (правление Михаила Романова) из диссертации, защищенной в Краснознаменной высшей разведывательной школе Генерального штаба Вооруженных сил СССР в 1946 году (М. Беликов). Самый главный вывод для нас, что к разведывательной работе привлекались люди из всех социальных слоев.