Доступ к секретной информации строго регламентировался: направленный царем секретный документ мог прочитать только тот, кому он предназначался. Прочитав бумагу, адресат запечатывал ее особым способом и возвращал подьячему Приказа тайных дел в соответствии с царским указанием: «Прочетчи, пришли назад с тем же, запечатав сей лист».
О выполнении распоряжения сотрудники приказа немедленно докладывали государю, причем писать о сути распоряжения категорически запрещалось. Применялась стандартная форма письменного доклада: «Что по твоему, великого государя, указу задано мне, холопу твоему, учинить, и то, государь, учинено ж».
С февраля 1665 года царь приказал Разрядному приказу ежедневно направлять в Приказ тайных дел сведения о положении дел в полках.
Приказом тайных дел в разное время руководили Ф. М. Ртищев и четыре дьяка незнатного происхождения: Томила Перфильев, Дементий Башмаков, Федор Михайлов и Данила Полянский. Все они состояли «в государевом имени» — имели право принимать самостоятельные решения и подписывать царские указы за государя.
Подьячие Приказа тайных дел нередко имели указание выдавать себя за сотрудников других приказов. Это способствовало поддержанию принципов конспиративности при выполнении конфиденциальных дел. Так, в декабре 1665 года для встречи патриархов были посланы на Терек подьячие И. Ветошкин и Е. Полянский. Им было указано «ехати <…> с Москвы на Саратов, на Царицын, на Черной Яр, на Астрахань и на Терек, а едучи дорогою, проведывати всякими людьми тайно про Паисея папу, и патриарха Александрейского, и про Макария, патриарха Антиохийского, где они ныне и которыми месты к Москве едут, а дорогою едучи, сказыватца им дворцовыми подьячими, что посланы они из дворца для садового заводу, чтоб было не прилично».
Первые подьячие в Тайный приказ набирались из других приказов: Большого дворца, Стрелецкого, Разрядного и Посольского. Количество служащих постоянно увеличивалось. Вначале было шесть человек, в 1659 году — девять, в 1669-м — двенадцать, в 1673-м — пятнадцать. Отбор кандидатов скрытно производился из наиболее способных, проверенных и грамотных людей. Будучи призванными к несению новой службы, они проходили обучение в закрытой школе, созданной при Заиконоспасском монастыре в 1665 году.
Каждый из дьяков и подьячих Тайного приказа ведал только теми делами, которые были поручены государем лично ему, полагалось также докладывать наверх о деятельности сотоварищей из других приказов.
К исполнению некоторых поручений по линии Тайного приказа привлекались стольники из числа состоящих при государе (например, Иван Дашков и Алексей Салтыков), стрелецкие командиры — головы и полуголовы (например, Артамон Матвеев), а также особо доверенные стрельцы Стремянного полка.
Таким образом, существовало четкое разделение направлений легальной и особенно нелегальной деятельности руководителей приказов. Функцию высшего контролера исполнял сам государь. Здесь четко вырисовывается старый как мир принцип «разделяй и властвуй». Доверяя важнейшие секреты государства особо приближенным лицам, правитель старался обезопасить себя от малейшей возможности измены.
Разведкой занимались и иностранцы, находившиеся на государевой службе, — как правило, они вели разведывательную деятельность за рубежом в пользу русского царя. Им было намного легче легализоваться на местах, не вызывая излишних подозрений, нелегально проникать в те или иные социальные и политические круги, организуя вокруг себя более или менее разветвленные агентурные сети. Контрразведывательный надзор за иностранными офицерами, служившими в русском войске, осуществляли сотрудники Иноземского и Рейтарского приказов.
Стратегические задачи разведки при Алексее Михайловиче разрешались в основном по линии Посольского приказа. Легальными резидентами (по современной терминологии) являлись русские послы, которые опирались на ряд подьячих посольства и завербованных иностранных подданных. Основное направление разведки той поры — оценка внутриполитической ситуации, военной мощи и намерений государств, которые рассматривались как потенциальные или явные противники или возможные союзники.
В ряде случаев в состав русских посольств включались подьячие Приказа тайных дел или особо доверенные лица из ближайшего окружения государя, выполнявшие свои нелегальные задания независимо от представителей Посольского приказа. Посольства того времени носили временный характер и фактически являлись дипломатическими миссиями, направляемыми государем с конкретными поручениями. Поэтому нелегальным представителям Приказа тайных дел необходимо было в сжатые сроки создать, укрепить и расширить нелегальные резидентуры, оставив за рубежом надежных сотрудников и агентов, а от уже включенных в «секретную государеву игру» людей получить ценную информацию.