Храм в его честь на Николоямской улице был построен в стиле ампир в 1818 году на средства статского советника Г. П. Смольянского, пожертвовавшего на строительство почти всё своё состояние. Позднее храм реконструировали, достроив трёхъярусную колокольню. Его интерьеры были богато расписаны и украшены: после революции большевики вывезли из храма более пяти пудов серебряной утвари. При храме пел замечательный хор слепых, один из лучших в Москве.
Храм был закрыт в 1938 году. Большая часть икон и церковное убранство были уничтожены, всё это рубили топорами во дворе и сжигали. В костёр были отправлены церковные книги и бесценные ноты для слепых.
Рядом на пересечении улицы Станиславского и Николоямской — храм святителя Алексия Московского и бывшее здание богадельни: здесь было две слободы, и у каждой — свой храм. Вот и вышло, что две церкви стояли напротив друг друга, практически через улицу.
Митрополит Алексий, единомышленник Сергия Радонежского, тоже лицо вполне реальное. Был он сыном боярина Фёдора Бяконта, а вот мирское его имя назвать с уверенностью нельзя: в некоторых записях это Елевферий, в других — Симеон. Возможно, путаница обусловлена тем, что он ушёл в монастырь очень рано — не достигнув и двадцати лет.
Но, несмотря на монашество, жизнь Алексия была весьма бурной: он участвовал в переговорах, в дипломатических интригах, противостоял литовцам и ордынцам, даже однажды был взять литовцами в плен и бежал. Несколько раз он посещал Орду — с риском для жизни, но каждый раз ему удавалось выторговать лучшие условия для Москвы и обойти другие удельные княжества.
После смерти Ивана Красного именно Алексий стал опекуном и воспитателем его малолетнего сына Дмитрия, будущего Дмитрия Донского. Он сделал всё, чтобы Дмитрию Ивановичу достался ярлык на великое княжение, до конца жизни поддерживал князя московского, а до Куликовской битвы не дожил всего два года.
Тогдашний митрополит Феогност считал Алексия своим преемником и даже направил об этом письмо в Константинополь. И вот тут завертелась интрига, приведшая в конце концов к строительству Спасо-Андроникова монастыря. Тверские князья прочили на митрополичий престол другого кандидата — Романа, сына тверского боярина. Они также отправили письмо в Константинополь и сделали это чуть раньше. И так случилось, что утверждены были обе кандидатуры, то ли из-за бюрократической ошибки, то ли намеренно, чтобы вызвать междоусобицу. Желая отстоять свою власть, в 1353 году Алексий отправился в Константинополь, где провёл около года. Но одной поездки оказалось мало: ведь и Роман тоже съездил в Константинополь, и тоже получил утверждение. Поэтому в 1355 или 1356 году Алексий снова едет в Константинополь для решения спора. В результате русская митрополия оказалась разделённой надвое: Алексий остался митрополитом «всея Руси», а Роману достались литовские и волынские епархии с центром в Киеве.
На обратном пути из Константинополя корабль Алексия попал в жестокую бурю на Чёрном море. Алексий усердно молился и дал обет: если он спасётся, то построит в Москве церковь в честь того святого, в день поминовения которого он достигнет бухты Золотой Рог. День пришёлся на празднование Спаса Нерукотворного.
В 1360 году митрополит Алексий исполнил обет: на берегу реки Яузы он основал храм и монастырь в честь Спаса Нерукотворного. В строительстве ему помогал ученик Сергия Радонежского Андроник, ставший первым игуменом монастыря и тоже причисленный к лику святых, потому монастырь называется Спасо-Андрониковым. Один из притоков Яузы прозвали Золотым Рожком в память о черноморской бухте, а позднее одна из близлежащих московских улиц стала называться Золоторожским валом. Ну а церковь св. Алексея, по преданию, была построена на том месте, где стояла палатка митрополита, наблюдавшего за строительством. Правда, возвели её намного позже, в XVII веке, деревянную, а существующий ныне храм — при императрице Елизавете Петровне (архитектор Ухтомский).
Всего в Москве Алексий основал четыре новых монастыря: Чудов, Андроников, Алексеевский и Симонов. В Чудовом монастыре его и похоронили, а в 1448 году он был канонизирован. Ныне мощи святителя Алексия хранятся в Свято-Богоявленском Елоховском соборе в Москве.