В середине августа 1939 г. началась мобилизация, а затем и развертывание Кригсмариие против Польши. Вторжение было запланировано на 26 августа. 23 августа (по другим данным, 24 августа) "Лейпциг" приступил к блокаде польского побережья.
Вид с фок-мачты на кормовую часть левого борта "Лейпцига" (вверху) Слева: "Лейпциг" в доке
1 сентября 1939 г — нападением Германии на Польшу началась вторая мировая война. 3 сентября Великобритания и Франция объявили войну Германии. Кригсмариие приступил к постановке системы оборонительных минных заграждений "Вествалл". Не остался в стороне и "Лейпциг": в ночь с 19 на 20 сентября он был флагманом минно-заградительного соединения, состоявшего из миноносцев "Зееадлер" и "Вольф", прикрытие осуществляли эсминцы "Леберехт Маас" и "Георг Тиле". Ими было выставлено заграждение "Марта-4". Операция прошла без происшествий.
В конце сентября "Лейпциг" возвращается в Балтийское море и в начале октября становится к стейке одного из заводов на двухнедельный ремонт энергетической установки. Во время ремонта произвели полный осмотр всех главных и вспомогательных механизмов, а также чистку котлов. После окончания работ выход на короткие испытания, артиллерийские и торпедные стрельбы.
21 октября в командование Разведывательными силами флота вступил контр-адмирал Г. Лютьенс. "Лейпциг" под его флагом прошел Кильским каналом.
Вскоре крейсер бросил якорь на рейде Брюнсбютелля и в последний день октября совершил обратный переход на Балтику и пришел 1 ноября в Свинемюнде. Позднее состоялись совместные учения с крейсерами "Кенигсберг", "Кельи" и "Нюрнберг". 7 ноября "Лейпциг" в Киле, у дока Холтенаус, в темную и дождливую ночь сталкивается с учебно-артиллерийским кораблем "Бремзе". К счастью, повреждение в кормовой части по правому борту было незначительным, и ремонт на "Дойче Верфе" в Киле занял неделю, после чего "Лейпциг" присоединился к Разведывательным силам флота, флагманом которых был "Нюрнберг". В это время немецкие эсминцы ставили активные минные заграждения у английского побережья. Для их прикрытия в Северном море развертывались легкие крейсера.
Легкий крейсер "Лейпциг". 1933 г. (Наружный вид)
Легкий крейсер "Лейпциг". 1940 г. (Наружный вид)
18 ноября в море вышел "Лейпциг" и флотилия миноносцев. Всю ночь они курсировали в назначенном районе. После встречи с эсминцами соединение пошло на базу, куда и прибыло 19 ноября. В этот же день на "Лейпциге" был поднят флаг командующего разведывательными силами. В это соединение также вошел крейсер "Кельи" и эсминцы "Карл Гальстер", "Берпд фон Арним" и "Эрих Гизе", а также 4 миноносца. 21 ноября немецкие корабли вышли в море, прикрывая уход идущих в крейсерство в Атлантику линкоров "Шарнхорст" и "Гнейзенау". 22 ноября крейсера расстались с линкорами и начали выполнение второй фазы операции: поиск вражеских и нейтральных судов с контрабандой, сначала в Северном море, а затем и в Балтийских проливах.
Соединение несколько раз реорганизовалось. 24-25 ноября в его состав был включен карманный линкор "Лютцов". После возвращения на базу контр-адмирал Лютьенс перенес свой флаг на "Нюрнберг".
В ночь с 12 на 13 декабря была запланирована очередная операция по постановке мин у английского побережья. Обычно крейсеры прикрывались миноносцами, по так получилось, что боеспособных кораблей не было, поэтому Лютьенсу пришлось выйти в море без прикрытия. В его распоряжении находились крейсера "Нюрнберг", "Лейпциг" и "Кельн".
Ночь прошла спокойно. Единственное событие — получение радиограммы из штаба, о том, что через их район проследует пассажирский лайнер "Бремен". Но сигнальщики с крейсеров его не обнаружили. Утром с "Лейпцига" и "Нюрнберга" взлетели самолеты-разведчики. В 10 ч 40 мин 13 декабря сигнальщики с крейсеров обнаружили датский пароход "Чаркоу", и Лютьенс приказал "Лейпцигу" остановить его и досмотреть. Приказ был выполнен: крейсер остановился и спустил катер и, когда выяснилось, что пароход не вез контрабанду, вернулся и был поднят на борт.
Вскоре корабль догнал соединение и немецкие крейсера пошли своеобразным треугольником: "Нюрнберг" и "Лейпциг" в строю фронта, за ними "Кельн". Затем над ними появились 2 гидросамолета Не-115, один из них начал передавать сигнальным фонарем букву "U". Но это предупреждение об угрозе из-под воды неправильно поняли, так как эта же буква была позывным на этот день.