Из-за большого расхода боезапаса и топлива немецкое соединение прекратило выполнение задачи и пошло в Либаву. Во время перехода группа радиоразведки на "Эмдене" перехватила вражескую радиограмму, отправителем которой могла быть подводная лодка. В 14 ч 27 мин, когда немецкое соединение находилось в 20 милях западнее Виндавы, сигнальщики немецких кораблей увидели следы торпед. Они приближались, с правого борта и "Эмден", и "Лейпциг" выполнили резкий поворот влево, уклоняясь от торпед. Охранявший крейсера "Т-7" начал преследовать подводную лодку, вскоре к охоте присоединились еще два миноносца. Но результатов поиска не было, а вернувшиеся из походов советские лодки об атаке крейсеров не доложили. Скорее всего, в атаку выходила "Щ-319" (командир капитан-лейтенант Н.С. Агашин).
Она вышла в море 20 сентября из Кронштадта на позицию № 2 у Либавы. Лодка считалась пропавшей без вести. В ранее секретных трудах считалось, что "Щ -319" погибла при форсировании Финского залива. Но, скорее всего, лодка благополучно форсировала залив. В районе ее позиции немцы зафиксировали две атаки 27-го на крейсера, 29-го на тральщик. Вероятно Щ-319 погибла на позиции или во время возвращения в базу.
Вечером 27-го сентября немецкое соединение прибыло в Либаву, 29 в Киль, где крейсер поставили к стенке завода "Дойче Верфь". Работы завершили 20 октября, после чего "Лейпциг" возвращается в Гатенгафен (Гдыню). Корабль начал выполнять обязанности учебного корабля: в ноябре прошло совместное учение с тяжелым крейсером "Адмирал Хиппер", после их завершения учебные походы по Данцигскому заливу, 18 октября "Лейпциг" был кораблем-целью во время стрельб миноносцев и эсминцев.
"Лейпциг" в 1940 г
1942 год прошел для корабля в повседневной службе. В жизни крейсера произошло два примечательных события — это испытание нового образца противоминной обмотки (MES-Anlage) и прохождение текущего ремонта в Либаве. После "Новогоднего боя" [* "Новогодний бой"— нападение тяжелого крейсера "Адмирал Хиппер" и броненосного корабля "Лютцов" с эсминцами на союзный конвой. Атака не имела успеха, "Адмирал Хиппер" был поврежден, но А. Гитлеру об этом доложено не было, что затем вызвало его неудовольствие действиями всего ВМФ.] А.
Гитлер приказал отправить на слом все большие надводные корабли*. Но новому главкому К. Деницу удалось отстоять большую их часть. Но не "Лейпциг", боевая ценность которого была уже незначительной. В феврале экипаж корабля сократили и 4 марта 1943 года "Лейпциг" исключили из списков флота. Военно-морской флаг на корабле спустили, а корабль ушел в Либаву на отстой с небольшим экипажем во главе с исполняющим обязанности командира капитана 2 ранга Асмусом.
В июле 1943 г. вновь приняли решение вернуть крейсер в состав флота. "Лейпциг" должен был служить учебным кораблем для рулевых и штурманов. 1 августа он вошел в состав флота. Но крейсер по-прежнему продолжали преследовать неудачи. 10 августа произошел пожар в котельном отделении № 3. После короткого ремонта новые испытания и курс зенитных стрельб, с сентября по декабрь учебные походы по центральной части Балтийского моря, совместные учения с "Нюрнбергом".
С 5 по 31 января 1944 г. "Лейпциг" прошел текущий ремонт на Готенгафском филиале "Дойче Верфь", где провели замену лейнеров 150-мм орудий. С 28 февраля по 2 марта прошло совместное учение с крейсером "Принц Ойген", 16 марта боевые учения в Гданьском заливе.
Тем временем обстановка на фронте ухудшалась. Фронт приближался к районам боевой подготовки немецкого флота. Старые товарищи "Лейпцига" уже вступили в войну, обстреливая наступавшие вдоль побережья Советские войска.
Но "Лейпциг" в военных действиях не участвовал. В начале сентября он провел совместные учения с тяжелым крейсером "Адмирал Шеер", 21 сентября учение у острова Борнхольм, 26 сентября "Лейпциг" охраняет войсковой конвой из Свинемгонде в Готенгафен, а затем участвует в совместных учениях с тяжелым крейсером "Адмирал Хиппер", легким крейсером "Кельн", учебным кораблем — бывшим линкором "Шлезиен".
С 8 по 14 октября "Лейпциг" прошел докование на верфи "Шихау" в Данциге. После выхода из дока крейсер получает настоящее боевое задание: постановку минного заграждения у входа в пролив Скагеррак. Но ближайшие милые арсеналы находились в Свинемюнде, и "Лейпциг" вышел туда из Готенгафена. В 19 ч 50 мин крейсер прошел оконечность мыса Хели. По условиям военного времени, корабль шел без огней. Скорее всего, радионавигационные и гидроакустические вахты не неслись, хотя боевая тревога была пробита. Около 20 ч 00 мин "Лейпциг" остановился для отключения турбин и дальнейшего перехода под дизелями. Стоял сильный туман, из которого в буквальном смысле выскочил тяжелый крейсер "Принц Ойген", шедший в Готенгафен для пополнения боезапаса. Удар был настолько сильным, что офицер, находившийся в центральном посту "Лейпцига", записал в журнале "20.04. Попадание торпеды" (Pertek J. Na Baltyke w Arctyce i na Morze Czamym-Posnan; 1989. c. 149). Так же в первые минуты считали и многие моряки "Лейпцига". Удар пришелся в тот же район, в который угодила торпеда в декабре 1939 года. После удара погасло освещение, но зажглись тусклые плафоны аварийного освещения.