Таким образом, характер и облик подполья в Эрец-Исраэль менялись с каждым днем. Оно все дальше и дальше отходило от первоначальной линии Эцеля и приобретало все более ярковыраженное сионистско-революционное, максималистское направление. В то же время пламенная поэзия Ури-Цви Гринберга зажгла в сердцах многих евреев Польши сионистский огонь, и они тысячами стали вливаться в ряды Ревизионистского движения, основанного В. Жаботинским. И на кораблях Эцеля, нелегально, без так называемых «сертификатов» — разрешений на въезд в страну — эти польские евреи репатриировались в Эрец-Исраэль. Все это давало новое поле деятельности для еврейского подполья в стране. Но в этот момент разразилась Вторая мировая война, мгновенно изменившая всю картину, и еврейский народ, — в том числе и его боевая сила в Эрец-Исраэль, — оказался на краю пропасти.
В эти роковые дни Бен-Гурион заявил, что ишув будет вести войну против Гитлера так, будто не существует «Белой книги», а войну против «Белой книги» — так, будто не существует Гитлера. Однако, даже самый усердный исследователь не мог бы различить ни малейших признаков борьбы руководства ишува с «Белой книгой» ни в 1939 году, ни в последующие шесть лет. Зато сотрудничество с англичанами было налицо: мобилизация в британскую армию без каких-либо предварительных условий и помощь английским властям в их борьбе с еврейским подпольем.
Деятели Ревизионистского движения в стране, поговаривавшие в начале войны о «еврейском легионе» и даже о «еврейской армии» в составе армий союзных держав, дальше выспренных речей не пошли и в конце концов тоже поддержали мобилизацию в британскую армию без каких бы то ни было политических уступок со стороны англичан. Иными словами, на деле оказалось, что позиция Ревизионистского движения ничем не отличалась от позиции «организованного ишува». Их вывод был: все силы сосредоточить на войне с Гитлером, прочие же проблемы могут подождать до конца войны.
И вот, спустя короткое время после ареста членов командования Эцеля и перевода их из иерусалимской тюрьмы в лагерь в Сарафанде (ныне Црифин), им стало известно о переговорах, проводимых с согласия командира Эцеля, об освобождении всех арестованных членов подполья взамен на временное прекращение Эцелем своей деятельности и на согласие сотрудничать с британскими властями во время войны. В отличие от Давида Разиэля командование Эцеля не было согласно на такую сделку. Разногласия усилились после освобождения всех арестованных, и летом 1940 года Разиэль заявил о своем уходе с поста командира Эцеля. Победила, таким образом, линия Аврагама Штерна, направленная на продолжение борьбы с британским правлением в стране несмотря на мировую войну.
Ревизионистское руководство, опасаясь возможных последствий такого поворота дел, всеми силами пыталось убедить Разиэля вернуться на пост командира Эцеля, а Жаботинского, главу движения, находившегося тогда в США, вмешаться и повлиять на развитие событий. Впоследствии многие утверждали, что Жаботинский был введен в заблуждение телеграммами, посылавшимися ему из Эрец-Исраэль и рисовавшими неверную картину и т. д… Как бы то ни было, всего через несколько дней после ухода в отставку Разиэль сообщает, что он возвращается на свой пост, поскольку пришла телеграмма от Жаботинского, в которой тот настаивает, чтобы Разиэль снова взял командование организацией в свои руки. Яир и другие члены командования отказались признать Разиэля командиром, и Эцель распался на две отдельные организации. Одна из них сохранила за собой прежнее название «Иргун Цваи Леуми бэ-Эрец-Исраэль» («Национальная Военная Организация в Эрец-Исраэль», сокращенно — «Эцель»), другая сначала называлась «Иргун Цваи Леуми бэ-Исраэль» («Национальная Военная Организация в Израиле»), а затем — «Лохамей Херут Исраэль» («Борцы за свободу Израиля», сокращенно — «ЛеХИ»).
Раскол сопровождался взаимными обвинениями, похищением оружия со складов, иногда доходило даже до драк, в частности в рабочих батальонах Бейтара, которые каждая из соперничающих организаций стремилась привлечь на свою сторону.
Группа, оставшаяся с Яиром, послала подробное объяснительное письмо Жаботинскому, но оно не дошло до адресата — Жаботинский скончался через месяц после раскола в Эцеле. Есть все основания предполагать, что причины раскола остались для Жаботинского неясными, и что его решение в пользу группы Разиэля было вызвано давлением, которое на него оказывали деятели Ревизионистского движения. Не исключено, что если бы деятельность Жаботинского продолжалась еще несколько лет, события развивались бы иначе.