Несмотря на службу у герцога, ученый продолжал выполнять и другие поручения, не требовавшие его постоянного физического присутствия. В 1691 году он получил должность в библиотеке в Вольфенбюттеле (Нижняя Саксония) и занимал ее до самой смерти. Хотя Лейбниц должен был заниматься долгосрочным планированием, от него не требовалось каждодневной работы. В 1693 году он опубликовал сочинение "Кодекс международного дипломатического права", в котором собрал документы с XII по XIV века, в большинстве своем неизданные.
В 1696 году Лейбниц был назначен тайным советником юстиции, то есть получил должность чуть ниже вице-канцлера. В это время он осуществил проект установки фонтанов в саду Герренгаузена, в Ганновере.
В начале 1680-х годов ученый попытался достать экземпляр изобретенной Дени Папеном (1647-1712) скороварки с предохранительным клапаном, которая позволяла размягчать кости и делать их съедобными. Папен был французским физиком и изобретателем, вынужденно эмигрировавшим в Англию, а затем в Германию из-за религиозных убеждений и связанных с ними проблем. Кроме чугунка, или варочного котла, как он называл скороварку, Папен изобрел подводную лодку, паровую повозку и машину для подъема воды, применяемую для мельниц и фонтанов. Изобретение скороварки вдохновило Лейбница на написание сатирического произведения, где собаки защищали свои права на кости, которые хотели приготовить с помощью упомянутого прибора.
В 1696 и 1697 годах главной дипломатической задачей Лейбница стало получение для герцога в постоянное владение епископства Оснабрюк. Характерным для данного епископства было то, что после Вестфальского мира им поочередно правили католический епископ и протестантский граф.
Лейбниц получал в своей жизни много важных поручений. В основном он был советником влиятельных людей. Но от некоторых должностей он отказался, чтобы не предавать свою веру. Например, ему предложили должность в Ватиканской библиотеке, но с условием принятия католичества, на что ученый не согласился. То же самое произошло в 1698 году, когда Лейбницу предложили стать библиотекарем в Париже. Через своего друга ландграфа Эрнста он также получил предложение стать канцлером епархии Хильдесхайма в Нижней Саксонии, но отказался из-за своих обязанностей и религии.
Многие люди, с которыми Лейбниц общался, пытались обратить его в католицизм, особенно ландграф Эрнст из Гессен- Рейнфельса, но у них ничего не получилось. Лейбниц считал, что авторитет Церкви неоспорим в вопросах веры, при этом множество научных и философских идей, которые не противоречат ни Священному Писанию, ни какому-либо Вселенскому собору, незаслуженно отвергаются Церковью даже после того, как было доказано, что они истинны. Ученый говорил, что если бы он вырос в Католической церкви, то не оставил бы ее; но поскольку он рос в лютеранстве, то не мог согласиться с этими противоречиями.
Тем не менее Лейбниц всю свою жизнь продолжал выступать за объединение обеих конфессий. Он искал поддержку где только мог, понимая, что если не удастся привлечь папу, императора или какого-нибудь правящего принца, то не будет ни малейшей возможности добиться объединения. За свою жизнь ученый написал много работ в защиту этой идеи: например, в "Теологической системе" объединение церквей обосновывалось с католической точки зрения (опубликована только в 1845 году).
Во время пребывания в Вене Лейбниц навестил своего друга, епископа Христофа-Рохаса Спинолу, с которым он несколько раз встречался в Ганновере. Епископ посещал город для решения различных вопросов, иногда связанных с императором или с объединением протестантских теологов. Он следовал тому же курсу, что и Лейбниц, то есть выступал за объединение конфессий, и показал ему свою переписку с папой и некоторыми епископами на данную тему. Через Спинолу Лейбниц вступил в контакт с различными чиновниками императорского двора, которые помогли ему добиться аудиенции у императора.
Закончив свои исследования в Италии, Лейбниц намеревался вернуться в Ганновер после почти трех лет путешествий. Но герцог Эрнст Август дал ему ряд поручений в Вене. Ученый снова встретился со Спинолой, и они решили поддержать совместную дипломатическую встречу курфюрстов Брауншвейг-Люнебурга и Саксонии с императором, который отказался помогать проекту религиозного объединения.
Научная работа Лейбница в эти годы была безустанной. Он продолжал переписываться с учеными из многих стран и посылать статьи почти во все серьезные журналы того времени. В письме своему другу он горько жаловался на то, что в Ганновере ему не с кем общаться на научные темы. В 1689 году, проездом оказавшись в Риме, ученый был избран членом физико-математической Академии.