Ученость Аполлинария и его верность никейской догме о едино — сущий давали основание для надежды видеть в нем одно из самых светлых явлений в истории Церкви IV в. Он выступил на защиту христианства в сочинении «За истину» (`Υπέρ αληθείας) против попытки Юлиана восстановить язычество и в «Книгах против Порфирия» во всеоружии своей учености и диалектики опровергал нападки на христианство этого языческого философа, бывшего для Юлиана авторитетом. Близкое знакомство с аристотелевской диалектикой давало ему возможность с успехом бороться с такими противниками никейского учения о Троице, как Аэтий и Евномий, на их собственной почве; Филосторгий поставляет его в ряду самых сильных защитников этого учения вместе с каппадокийцами. В то же время он постоянно занимался Св. Писанием и написал «бесчисленные», по Иерониму, книги толкований на него. В отличие от большинства экзегетов своего времени, он славился знанием и еврейского языка. Иероним слушал его уроки по толкованию Писания в 70–х гг. в Антиохии. О том, как легко владел Аполлинарий пером, свидетельствует факт, что когда Юлиан запретил христианам преподавание классической литературы, он попытался заменить классические образцы поэзии собственными произведениями на библейские темы: излагая библейскую историю по образцу гомеровских поэм, хотел сделать для христиан ненужными и комедии Менандра, и трагедии Еврипида, и лирику Пиндара. Ко всему этому присоединялась репутация его как человека высоконравственного, который «всегда был любезен» таким людям, как Афанасий и Епифаний. Афанасий не хотел даже верить при первых слухах о ереси Аполлинария, чтобы столь почтенный и разумный муж стал проповедовать ложное учение (Epiph. Рапаг. 77, 2: ό πρεσβύτης και σεμνοπρεπής, ό άει ήμΐν αγαπητός και τω μακαρίτη πάπα Άθανασίω και πάσιν όρθοδόξοις).
Когда впервые Аполлинарий стал высказывать свои неправославные мысли о воплощении — неизвестно. Но несомненным является то, что он первоначально развивал свою христологию в прямую противоположность не непосредственно церковному учению, а обнаружившейся уже тогда крайности антиохийского направления, представителями которого были антиохийские пресвитеры Диодор и Флавиан. В первый раз разногласие между антиохийцами и аполлинаристами по вопросу о воплощении было констатировано на Александрийском соборе 362 г., и оба крайние мнения — и то, что Логос вселился в святого человека, и то, что Спаситель имел лишь «бездушное, бесчувственное и неразумное тело», — были отвергнуты. На соборе были и посланные Аполлинарием монахи. Аполлинарий не считал себя затронутым соборным определением; он впоследствии буквально приводил его, только истолковывал в особом смысле. Он полемизировал пока лишь против антиохийцев, и вместе против своих последователей, перетолковывавших его мысли и учивших, что и плоть Христова принесена с неба, или что само Божество Христа превратилось в плоть. В исповедании, поданном в 363 г. Иовиану, признавая сам «единую воплощенную природу Бога Слова», он анафематствует и тех, которые учат о двух Сынах, и тех, которые неправильно учат о плоти. И когда Афанасий в 70–х гг. в послании к Эпиктету, епископу Коринфскому, высказался против этих же заблуждений, Аполлинарий заявил о своем согласии с ним. Желание самого Аполлинария не нарушать мира со староникейцами и казаться верным последователем Афанасия и отсюда осторожность его в выражении собственных мыслей были причиной того, почему он так долго не возбуждал в них особых подозрений относительно своего православия. Уже по смерти Афанасия, а именно в 376 г., произошел явный разрыв Аполлинария с Церковью. В этом году он рукоположил в Антиохию для своих единомышленников особого епископа Виталия. Последний принадлежал сначала к общине Мелетия. Но, увлекшись, вероятно, учением Аполлинария, стал искать общения с Павлином (так как и Аполлинарий, и Павлин были староникейцами), но должен был отправиться для удостоверения своего православия в 375 г. в Рим. Дамас сначала удовлетворился было исповеданием веры, поданным Виталием, и отпустил его с рекомендательным письмом к Павлину, но скоро узнал о действительном образе его мыслей и поспешил послать Павлину формулу, которую Виталий должен был подписать, вступая в общение. Виталий не согласился, и Аполлинарий рукоположил его самого во епископа. Епифаний Кипрский попытался примирить Павлина и Виталия, но не имел успеха; он убедился лишь, как опасно полагаться на аполлинарианскую терминологию без ближайших разъяснений. Виталий заявил, что Христа он признает совершенным человеком, но при этом подразумевает, что место ума в Нем занимает Божество. В том же 376 г., или в следующем, Аполлинарий рукоположил в Берите своего ученика Тимофея, вероятно, также и других лиц в другие города и выступил с обширным полемическим сочинением, направленным уже не против одних лишь антиохийцев (из числа мелетиан), но и вообще православных ('Απόδειξις). Аполлинаристы выделились теперь в особое еретическое общество со своей иерархией. Аполлинарий в своей секте пользовался высоким авторитетом; стихотворные переложения его употреблялись за богослужением и почитались как бы «третьим Заветом», по выражению св. Григория Богослова.