Действия аполлинаристов должны были вызвать соответствующие меры со стороны Церкви. Православие на Востоке в то время было стеснено Валентом. Василий Великий в последнем послании на Запад в 377 г. писал об Аполлинарии, что он «наполнил Вселенную своими посланиями (συντάγματα)» и своим учением о воплощении «произвел такое смятение среди братии, что немногие лишь из читавших его книги сохраняют прежнее благочестие» (Bas. Ер. 263, 4). На Римский собор, вызванный этим посланием, Аполлинарий отправил свою депутацию с Тимофеем Беритским во главе. Мнения аполлинаристов подверглись осуждению, но в ответном послании западных на Восток сами их представители не поименованы. Осуждение подтверждено было затем на соборах в Александрии (378 г.) и в Антиохии (379 г.), наконец, в Константинополе (381 г.). Аполлинаристы, однако, продолжали выдавать себя за находящихся в общении с Римом, и в 382 г. там опять было обсуждено их дело, и ересь их окончательно отвергнута.
Наряду с приговорами этих соборов ведена была против аполлинарианства полемика и частными лицами. Епифаний Кипрский еще в 374 г. поместил в своем «Анкорате» в список еретиков «димиритов» (διμοιρΐται) — признающих лишь две части в человеческой природе Христа — душу и тело, и отвергающих третью, νους (63,6), и второй член приложенного к этому сочинению Никейского символа сопроводил надлежащим разъяснением. В «Панарионе» (377 г.), когда он уже окончательно убедился, что ересь ведет начало от Аполлинария, он дает подробное опровержение ее, хотя ему не известны сочинения Аполлинария. Άπόδειξις подвергнут был обстоятельному разбору Григорием Нисским (Άντιρρτγακός προς τά Άπολιναρίου [377–380]). Высокую ценность в догматическом отношении представляют направленные против аполлинаристов письма св. Григория Назианзина к Клидонию, написанные, вероятно, около 382 г., и именно первое письмо. Когда и кем написаны две книги против аполлинаристов, известные под именем Афанасия Великого, еще не решенный вопрос. Нужно заметить, что полемисты в своих трудах часто направляют возражения против мнений не самого Аполлинария, а его последователей, с которыми он сам не соглашался.
Единственным сочинением Аполлинария, которое сохранилось в целом виде с его именем, является его метафраз, или переложение псалмов. Из его экзегетических трудов немало отрывков имеется в катенах. Произведения с догматическим характером дошли до нас частью также только в отрывках. Так, о содержании главного христологического сочинения Аполлинария, где он открыто излагает свои воззрения, можно судить по многочисленным буквальным выпискам у Григория Нисского. Другие отрывки этого рода встречаются у полемистов против монофизитства VI в. Но сверх всего этого, ряд произведений Аполлинария небольшого объема, относящихся преимущественно к тому времени, когда он еще не выступал открыто против Церкви, уцелел, как замечено, благодаря подлогу некоторых его последователей, которые надписали их именами православных лиц: Григория Чудотворца, Афанасия Великого и пап: Юлия и Феликса. Григорию приписано было упомянутое выше «Подробное изложение веры» (Κατά μέρος πίστις). Афанасию, между прочим, — исповедание, поданное в 363 г. Иовиану; больше всего, по — видимому, Юлию (до семи — послания к Дионисию и др.). Возможность подлога и доверие, какое он встретил сначала и среди православных, объясняются именно тем, что во всех этих произведениях содержится лишь протест Аполлинария частью против крайностей антиохийской христологии, частью против крайностей его же собственных учеников; учение же вообще о неполной человеческой природе Христа, тем более о замене ума Божеством, здесь прямо не выражается. При таких условиях не возбуждало на первых порах сомнений и неоднократно повторяемое в них утверждение о единой природе Христа.