Христологическое учение Аполлинария можно вообще характеризовать как попытку обосновать тезис александрийского богословия на основе тех предположений и при помощи тех средств, которые свойственны были Антиохийской школе. Аполлинарий хотел утвердить единство Лица воплотившегося Спасителя, принимая положение Антиохийской школы о невозможности личного единения двух полных природ и пользуясь услугами аристотелевской философии. В этом случае аполлинарианство с формальной стороны по своему происхождению представляет известную аналогию с арианством. И арианство возникло из стремления провести оригеновское представление о подчиненном Отцу Логосе на основе монархианских воззрений антиохийца Павла Самосатского и при услугах все той же аристотелевской философии. Но аполлинарианство представляет ближайшее, непосредственное родство с арианством и по материальной стороне. Резко отличаясь от ариан признанием единосущия Сына Божия с Отцом, Аполлинарий, как было уже замечено, принимает на деле то самое решение главной занимавшей его проблемы о единстве Лица Спасителя, какое уже предложено было именно арианами. Александрийское (православное) воззрение признает как факт объединение двух совершенных природ в едином Лице Богочеловека. Антиохийцы, исходя из мысли о невозможности личного единения двух совершенных природ, останавливаются de facto на признании двух субъектов в Богочеловеке. Ариане, разделяя точку зрения антиохийцев относительно предполагаемой последними несоединимости совершенных природ, сами думают, однако, достичь требуемого единства, отрицая во Христе и совершенное Божество, и совершенное человечество. Аполлинарий находит достаточным для той же цели признать во Христе лишь несовершенное человечество, исповедуя Его истинным Богом.
Аполлинарий глубоко убежден в невозможности конструировать единое Лицо из двух совершенно разумных природ: скорее, по его выражению, можно пальцем пробуравить скалу, чем представить единого Христа при двух умах в Нем, Божественном и человеческом. «Если всякий ум самодержавен, будучи движим собственным хотением согласно со своей природой, то невозможно в одном и том же субъекте (ύποκειμένω) находиться вместе двум умам, имеющим различные… хотения, поскольку каждый из них по собственной инициативе ставит объект хотения. Божественный ум самодвижен (αυτοκίνητος) и всегда равен себе, как не изменяющийся; ум человеческий также самодвижен, но изменчив в своих движениях. Соединение того и другого в одном субъекте поэтому немыслимо». 'Ανθρωπόθεος из двух полных природ есть для Аполлинария нечто вроде мифического Минотавра. В лучшем случае, признающие во Христе две природы могут говорить об ένθεος άνθρωπος, человеке, в котором Бог обитал как в пророках. Но это является отрицанием самого воплощения. Две природы неизбежно ведут к признанию и двух лиц, следовательно, двух сынов, одного по природе, другого по благодати или усыновлению. В Троицу учением о принятии Логосом полной человеческой природы вводится новое лицо — и вместо Троицы получается Четверица.
Но все эти затруднения, по Аполлинарию, устраняются сами собой, если из человеческой природы воплотившегося Христа мы удалим человеческий ум и на место его поставим ум Божественный, т. е. Божество Логоса. Тайна воплощения при таком представлении становится ясной. Божественная природа не терпит при воплощении никакого изменения, она принимает лишь, соединяясь с низшей стороной человеческой души и телом, орудие для выполнения своих целей. Человеческая природа во Христе является, конечно, несовершенной сама по себе, как не имеющая ума. Но мы и не должны рассматривать ее отдельно от Божества, и Божественный ум есть более чем достаточный эквивалент недостающего человеческого: Сам Христос в целом является совершенным «совершенством Божественным, а не человеческим» (τέλειος θεία τελειότητι και ούκ ανθρωπινή). В результате получается совершенно особое, единственное в своем роде существо — и не цельный человек в обычном смысле слова, но и не просто Бог, а нечто среднее, образовавшееся из Бога и элементов человеческой природа (μεσάτης ούτε άνθρωπος όλος ούτε Θεός, αλλά Θεού και άνθρωπου μίξις). Не будучи человеком, это существо подобно человеку, только высшая духовная сторона в нем заменяется Божеством. Основная идея Аполлинария та, что воплощение Бога нужно представлять «по подобию человека», как он и выразил это в самом заглавии своего важнейшего сочинения (Άπόδειξις περι της θείας σαρκώσεως της καθ' όμοίωσιν άνθρωπου). И как о высшей духовной и низшей материальной сторонах человека, взятых вместе, несмотря на все их различие, говорится как об одной человеческой природе, так точно и к этому существу приложимо наименование его «единой природой» (ώσπερ άνθρωπος μία φύσις, ούτω και έν όμοιώματι ανθρώπων γενόμενος Χριστός). Такой смысл имеет выражение Аполлинария μία φύσις Θεοΰ Λόγου σεσαρκωμένη. Оно не исключает резкого разграничения составных частей этой единой, но сложной (σύνθετος, σύγκρατος) природы и по соединении их, и сам Аполлинарий постоянно протестует против мнений о превращении Божества в плоть или обратно; для него имеет значение в этом случае единственно аналогия «человековидного сложения» единого Христа (ή σύνθεσις ή ανθρωποειδής). Говорить при этом нужно о «единой природе» именно «Бога Слова», потому что Божество лишь во Христе является Само по Себе цельной природой, одушевленная же плоть человеческая не составляет цельной природы и есть не более как пассивное орудие Божества. Только Логос является субъектом личной жизни во Христе, но в органическом единстве с плотью. Получается при единой природе единое Лицо, единая Ипостась, единый Сын, «один и тот же Христос в единстве сложенной природы Божественной, но соединенной с плотью» (ό αυτός έν μονότητι συγκράτου φύσεως θεϊκής σεσαρκωμένης). — В восторге от этой конструкции Аполлинарий восклицает: «О, новая вера и Божественное смешение! Бог с плотью явился как единая природа (Θεός και σαρξ μίαν… φύσιν)».