Ученики его в восхищении также заявляли: «Только отец наш Аполлинарий впервые уяснил и возвестил сокровенную от всех тайну».
Подтверждение своей теории Аполлинарий думает найти в Св. Писании. Евангелист Иоанн говорит, что «Слово сделалось плотью», не упоминая ни о душе, ни об уме человеческом. От арианского буквального понимания этого текста Аполлинарий, однако, потом сам уклонился, признав во Христе душу. Но что Христос не был действительным человеком, об этом свидетельствует, по нему, и ап. Павел, когда говорит, что Он сделался только «подобным человекам», стал по виду «как человек» (Флп. 2, 7: έν όμοιώματι ανθρώπων γενόμενος και σχήματι ευρεθείς ώς άνθρωπος). В другом месте an. Павел называет Его «вторым человеком с неба», «небесным», и противополагает первому — перстному человеку от земли (/ Кор. 15, 47–49: ό δεύτερος άνθρωπος έξ ουρανού… Επουράνιος). Это и указывает, по мнению Аполлинария, на то, что во Христе воплотился Божественный ум или «дух небесный» (νους επουράνιος, τό πνεύμα τό ούράναον).
Для Аполлинария непосредственный интерес представлял вопрос о Лице Христа, и учение о деле Христа, вообще сотериология, отступает у него на задний план. Но он думает, что только его теорией объясняется и спасение людей путем воплощения Бога. Человеческий ум во Христе, изменяемый по природе и зараженный грехом, не мог бы одержать победу над грехом. С другой стороны, смерть человека не могла бы упразднить господствующей в роде человеческом смерти. Но через замену человеческого ума самим Божеством, или умом небесным, появляется возможность для Христа полной победы над грехом, смерть Его делается смертью Самого Бога. Человечеству остается лишь подражать Христу в добродетели, получая через веру содействие обитающего в Нем Божества, воспринимая в себя «ум Христов». Неясно, какое положение в сотериологии Аполлинария занимают его хилиастические представления, стоят ли они в какой — либо связи с учением о непосредственном восприятии и спасении Христом только одушевленной плоти или являются лишь следствием буквального толкования Аполлинарием, в духе Антиохийской школы, апокалиптической «тысячи лет».
Полемика православных богословов (александрийского направления) против Аполлинария сводилась к разъяснению, что теснейшее личное единение Божества с человечеством во Христе может иметь значение с сотериологической точки зрения только под условием принятия Логосом цельной человеческой природы; две природы совместимы в едином Христе; как об истинном человеке ясно свидетельствует о Нем Св. Писание.