Что — либо существенно нового в установившуюся ранее догматику Антиохийской школы Несторий не привнес; он воспроизводил лишь учения Диодора и Феодора. Ведя полемику с кафедры против ариан и особенно аполлинаристов, он сосредоточивает главное внимание на человеческой природе Христа, стремясь изобразить Христа истинным человеком, вовсе, однако, не желая через то отвергать Его божественное достоинство. Так как термины «φύσις» и «ύπόστασις» для него совпадают, то человеческую природу он мыслит ипостасной; двойство субъектов во Христе является для него поэтому неизбежным выводом. Правда, он в то же время не менее, чем Феодор, настаивает на единстве «Лица» (πρόσωπον) Богочеловека, отстраняя обвинение в признании «двух Сынов». «Не иной был Бог Слово и иной человек, в котором Он находился (γέγονεν); ибо у обоих было единое лицо по достоинству и чести (αξία και τιμή), поклоняемое от всей твари, ни в каком отношении, ни по времени (μηδενΐ τρόπω ή χρόνω), не разделяемое различием хотения и воли». И это он делает с такой энергией, что английский автор упомянутого выше новейшего сочинения о нем и его учении Bethune — Baker находит возможным вполне оправдывать его от ереси (не обвиняя, однако, в то же время в ереси и Кирилла), поставляя это главной задачей своей книги (которую он посвящает самому Несторию и несторианской Церкви). Но на деле, как это видно и из приведенного места, единство относится лишь к единому или общему достоинству и чести двух, хотя бы и нераздельно соединенных, субъектов (ακρα συνάφεια), и только в этом смысле, как предмет единого поклонения, а не реально, Христос и именуется единым Лицом. Бог Слово был, конечно, Сыном и до восприятия «зрака раба»; но по восприятии Он уже не мог именоваться Сыном отдельно от воспринятого человека, дабы не пришлось признать двух Сынов (ϊνα μή δύο υιούς δογματίσωμεν): и воспринятый человек не отделяется уже от Него по дарованному и ему достоинству Сына (κατά τό αξίωμα της υίότητος). «Ради сокровенного (во Христе Бога) поклоняюсь видимому: Бог неразлучен (αχώριστος) от видимого, посему не разлучаю и чести того, что неразлучно; отделяю природы, но объединяю поклонение (χωρίζω τάς φύσεις, άλλ' ένώ την προσκύνησιν)».
Задачей для себя Несторий поставил проведение соответствовавшей антиохийской теории о двух субъектах во Христе догматической терминологии. Из усвояемых Богочеловеку наименований а) одни относятся и к Божеству Его, и к человечеству, взятым отдельно или вместе; таковы имена: «Христос», «Сын», «Господь», б) Другие означают только Божество: «Бог», «Слово», в) Некоторые, наконец, — только человечество: «человек», «младенец». С первыми соединимо все, что говорится о Христе как Боге и человеке. Но означающие только Божество или человечество Его допускают в качестве предикатов к обозначаемым через них субъектам только факты и определения какой — либо одной категории, выражающие или божественные Его свойства и деятельность, или человеческие. Можно, таким образом, говорить: «Христос, Сын, Господь вечен», «Христос, Сын, Господь родился от Девы, умер». Но нельзя сказать: «Трехмесячный Бог (Слово) питался млеком», «Бог умер», или: «предвечный младенец». Такое разграничение терминов можно находить в самом Св. Писании. Нигде Св. Писание не говорит, что «Бог» родился от Христородицы Девы, но «Иисус Христос, Сын, Господь». — «Восстав, возьми младенца и Матерь Его» (Мф. 2,13): вот глас ангелов (а вероятно, архангелы знали о рождении больше тебя), не сказано: «Восстав, возьми Бога и Матерь Его». Можно было бы, очевидно, сказать еще: «Возьми Христа (Господа) и Матерь Его». Это же разграничение в смысле различных терминов имели в виду, по Несторию, и составившие Никейский символ отцы, излагая учение о Христе. «Верую в Господа нашего Иисуса Христа, Сына Его единородного», — здесь полагаются сначала имена общие для Божества и человечества; потом излагается учение о божественном достоинстве Христа и перечисляются факты домостроительства по плоти.