Содержание веры Кирилла нередко усматривают, однако, в исповедании им не православия, а монофизитства. В монофизитстве обвиняли его в свое время несториане, но как на своего учителя ссылались на него и сами монофизиты ввиду употребления им формулы μία φύσις Θεοϋ Λόγου σεσαρκωμένη. Несторианствующие протестантские богословы Нового времени также находят, что «своими формулами Кирилл прикрывал для себя и для других лежащее в основе монофизитство и докетизм» (Schubert). На деле нужно различать у Кирилла его учение и его терминологию μία φύσις, не соответствующую учению и происходившую от Аполлинария, но приписанную Афанасию и потому отстаиваемую Кириллом, несмотря на ее крайнее неудобство, а именно на прямое вербальное противоречие с вполне закономерным и по сознанию Кирилла выражением δύο φύσεις. Положение Кирилла как богослова в данном случае, когда он считал себя обязанным принимать и защищать термин, который должен бы отвергнуть как несогласный с собственными же убеждениями, можно назвать трагическим. Но свидетельствует лишь о высокой его богословской компетентности тот факт, что подложная терминология не привела его к односторонности, в какую впали менее проницательные последователи этой терминологии. С этой точки зрения нужно рассматривать и примирение его с догматическими противниками — антиохийцами в 433 г. Оно нисколько не умаляет его чести и как богослова, и как деятеля, как утверждают те ученые, которые хотели бы видеть в Кирилле монофизита и которые «компромисс» его с восточными объясняют нежеланием «потерять власть и влияние» и дипломатическими расчетами (Harnack. II, 346). Кирилл не изменял своим убеждениям, принимая формулу антиохийцев, хотя считал последнюю не во всем точной. Он лишь поступал в этом случае по примеру Афанасия, который дал некогда руку общения омиусианам, несмотря на несходство их терминологии с никейской, как только убедился в православном образе их мыслей.
Литературная деятельность св. Кирилла была весьма обширной и помимо произведений, вызванных христологическим спором с Несторием. От него остался целый ряд экзегетических трудов мистикоаллегорического характера, с обращением, впрочем, более или менее внимания и на исторический смысл (в комментариях на Новый Завет, написанных после 428 г.). Выступал он и в качестве ученого апологета христианства с опровержением сочинений Юлиана Отступника. Из прежних ересей он полемизировал с арианством в обширном труде «Книга сокровищ о святой и единосущной Троице». Не сохранившаяся книга против аполлинаристов (синусиастов) имела, вероятно, отношение уже к несторианскому спору.
Вызванные этим спором сочинения могут быть вообще распределены по трем фазисам истории самого спора.
1) Первые писания Кирилла до 431 г. имеют агрессивный характер против ереси Нестория. Сюда относятся: пасхальное послание 429 г. (Homilia 17), послания к монахам (429 г., ер. 1), затем послания к самому Несторию (именно 430 г., ер. 4 «Καταφλυαροϋσι μεν» и ер. 17 «Του Σωτηρος») и к папе Целестину (430 г., ер. 11) и книги «о правой вере», адресованные императору и императрицам (Liber de recta fide ad Theodosium imperatorem и Libri duo ad regnas). До Ефесского собора, вероятно, написано и подробное «Опровержение богохульств Нестория» в пяти книгах (Κατά των Νεστορίου δυσφημιών). Наиболее важным по своему значению из всех этих произведений является послание к Несторию «Του Σωτηρος» с приложением 12–ти анафематизмов, в которых резюмируется содержание послания.
2) Анафематизмы Кирилла вызвали резкие нападения на него самого со стороны богословов антиохийского направления; Несторий издал свои антианафематизмы, Андрей Самосатский и Феодорит Киррский также писали против Кирилла опровержения. Кириллу теперь самому пришлось оправдывать себя от обвинений противников, и он в трех сочинениях защищал и разъяснял свои анафематизмы: в «Разъяснении» (Έπίλυσις τών δώδεκα κεφαλαίων), составленном по желанию Ефесского собора, в «Апологетике» (Απολογητικός) против восточных (Андрея Самосатского) и в «Послании Евоптию против выражений Феодорита» (Επιστολή προς Εύόπτιον). Дело закончилось принятием Кириллом, в качестве «апологии» восточных, их вероизложения в письме Кирилла Иоанну Антиохийскому (433 г., ер. 39: «Εύφραινέσθωσαν οί ουρανοί» — «Да возрадуются небеса»). Это письмо представляет не менее важный документ, нежели указанное выше послание к Несторию.