б) Единство субъекта во Христе не устраняет de facto двойства природ в Нем. Божественная природа Логоса соединилась с полной человеческой природой, а не с одной лишь плотью, как учил Аполлинарий. Уже в посланиях, относящихся к самому началу спора, Кирилл говорит о различных природах, из которых состоит единый Христос, причем различие их не уничтожается и в соединении (Hom. 17, 777: θεότης… άναπλεχθεΐσα σαρκι ήγουν τη καθ' ήμας φύσει, τελείως έχούση, κατά τον ϊδιον λόγον; 785Β: ενωσιν [προς τον Λόγον] τή ανθρωπεία φυλάττομεν φύσει. Ερ. 4,45: διάφοροι μέν αι… φύσεις, εις δέ έξ αμφοτέρων Χριστός και Υιός, ούχ ώς της τών φύσεων διαφοράς άνηρημένης διά τήν ενωσιν). Когда после издания им анафематизмов восточные ставили ему в упрек слияние природ по поводу учения его об ένωσις φυσική, которое притом привносит в тайну домостроительства понятие необходимости и может вести к мнениям Аполлинария о повторении домостроительства и тысячелетнем царстве, и указывали на противоречие с самим собой, так как раньше он учил будто бы о двух ипостасях (на самом деле только о двух природах), Кирилл отверг это обвинение. «Иное есть по собственной природе (κατά φύσιν ιδίαν) плоть в сравнении с рожденным от Бога Отца Словом, и иной есть опять по своей природе Единородный. Но признавать это (είδέναι = знать) не значит еще разделять природы (τάς φύσεις) по соединении». Ένωσις φυσική, по объяснению Кирилла, означает у него «истинное единение» (τήν αληθή φαμέν), так как и в Писании выражение φύσει употребляется как равнозначащее выражению κατά άλήθειαν (Еф. 2, 3: και ήμεν τέκνα φύσει όργης). «Поэтому мы не сливаем природы (τάς φύσεις) и не смешиваем одну с другой, когда называем единение естественным, как утверждают противники, но всюду утверждаем, что из двух несходных реальностей (έκ δύο άνομοίων πραγμάτων) Божества и человечества составился единый Христос, и Сын, и Господь. С учением же Аполлинария нет у нас совсем ничего общего; известно, что от тех, которые однажды подверглись осуждению, как извращающие истину, нужно отвращаться» (Apol. с. orient. Ill, 329–332). В ответ на возражение по поводу четвертого анафематизма, что нужно разделять изречения (διαιρεΐν φωνάς) о Христе соответственно природам, он замечает, что и сам он вполне признает одни изречения свойственные Божеству (θεοπρεπεΐς), другие же более относящиеся к домостроительству по плоти, но и те и другие должно усвоять единому воплотившемуся Логосу (IV, 337).
Очевидно, Кириллу вовсе не приходилось изменять по существу свое воззрение, когда он в послании к Иоанну Антиохийскому (Εύφραινέσθωσαν) в 433 г. заявил о принятии присланного ему последним исповедания восточных о двух природах во Христе. Хотя это исповедание обнаруживает в целом совершенстве иные тенденции в сравнении с учением самого Кирилла, Кирилл всюду имеет в виду единство воплотившегося Логоса. Исповедание начинается: (а) утверждением двух сторон в Богочеловеке, затем уже переходит (б) к утверждению единства Христа, но в конце опять говорит (в) об отличии речений, относящихся к единому Лицу, от тех, которые распространяются по природам. Исповедание это было подаваемо императору еще в 431 г. без прибавления о речениях; автор его неизвестен (вероятно, не Феодорит, указывающий первоисточники для него в несохранившемся тексте Амвросия Медиоланского; по В. В. Болотову, может быть, Павел Эмесский).
«Исповедуем Господа нашего Иисуса Христа, Сына Божия Единородного: (а) Бога совершенного и человека совершенного из души разумной и тела, прежде век от Отца рожденного по Божеству, в последние же дни того же самого ради нас и нашего ради спасения (рожденного) от Марии Девы по человечеству, единосущного нам по человечеству. Ибо двух природ было единение (δύο γαρ φύσεων ενωσις γέγονε), (б) посему и единого Христа, единого Сына, единого Господа исповедуем. Имея в виду это неслитное единение, исповедуем Святую Деву Богородицей, так как Бог Слово воплотился и вочеловечился и от момента самого зачатия соединил с Собой воспринятый от Нее храм, (в) Из евангельских же и апостольских речений о Христе, как мы знаем, одни употребляются богословами в общем смысле, как прилагаемые к одному Лицу (ώς έφ' ενός προσώπου), другие же разделяются соответственно двум природам (ώς έπί δύο φύσεων), и приличные Божеству (θεοπρεπεΐς) употребляются в отношении к Божеству Христа, низшие же (ταπεινός) — в отношении к человечеству Его».