Дальнейший ход спора определяется участием в деле Римского епископа, епископов восточных и императора. К папе Целестину Несторий писал дважды или трижды еще в 429 г., прося у него разъяснений, за что осуждены искавшие на Востоке защиты пелагиане (Целестий, Юлиан и другие), и сообщая о своей борьбе с арианством и аполлинарианством. Папе этот запрос не мог понравиться. Кирилл, со своей стороны, весной 430 г. отправил Целестину в переводе на латинский язык составленные им к этому времени «Пять книг против богохульств Нестория» и, излагая историю обнаружения ереси, спрашивал мнения папы, не следует ли прервать общение с Несторием и известить о том, в случае такого решения Римского престола, епископов македонских и восточных. В ответ на это послание на Римском соборе в августе 430 г. постановлено было отлучить Нестория от церковного общения, если он не принесет раскаяния в течение 10 дней со времени получения им уведомления об этом. Письмо папы об этом решении самому Несторию и константинопольскому клиру, Иоанну Антиохийскому и Ювеналию Иерусалимскому должен был сообщить Кирилл (от 11 августа). Последний, получив ответ папы, созвал (в ноябре) собор в Александрии и от имени собора вместе с папским письмом отправил Несторию послание с 12 анафематизмами против ереси, от которой тот должен был отречься (του Σωτηρος, 30 ноября). Несторий получил его 7 декабря и в проповеди 13 числа заявил, что он не боится надвигающегося теперь и на него «египетского гонения», какому некогда подвергались Мелетий и Флавиан, Нектарий и Иоанн. На анафематизмы Кирилла он ответил своими антианафематизмами.
Убежденный сам в правоте своих воззрений, Несторий нашел поддержку в восточных епископах, принадлежавших к тому же антиохийскому направлению и видевших у него разве лишь преувеличения и неточности в терминологии, но не еретическое заблуждение. Иоанн Антиохийский, получив послание Кирилла и Целестина, убеждал Нестория от имени и других восточных епископов сделать уступку относительно слова «Θεοτόκος». Но когда сделались известны анафематизмы Кирилла, даже Иоанн не находил возможным согласиться с ними (послание Фирму о трех анафематизмах). Андрею Самосатскому поручено было восточными составить опровержение против них. Особое сочинение против них, в более резком тоне, писал также Феодорит Киррский.
Но Нестория ободряло не одно только сочувствие ему восточных. На его стороне стояла в то время и светская власть. Попытка Кирилла разъяснить неправомыслие Нестория в особых обширных трактатах, адресованных на имя императора, сестры его Пульхерии и супруги Евдокии, имело следствием на первых порах лишь выговор Кириллу за произведенное в Церквах «смятение» и за обращение ко двору: дело должно быть решено на соборе, куда и Кирилл должен прибыть с другими в то время, какое будет указано. Собора желал и сам Несторий. Указ о соборе был издан 19 ноября и разослан митрополитам. Митрополиты должны были явиться, каждый с немногими епископами своего округа, в Ефес ко дню Пятидесятницы следующего года (7 июня). Особое приглашение послано было блаж. Августину, но он, как оказалось, умер еще до издания указа (22 августа). Такое же приглашение получил Акакий Веррийский. Для наблюдения за внешним порядком на соборе назначен был комит Кандидиан. Другой сановник, Ириней, прибыл на собор с Несторием по собственной инициативе.
Ефесский собор 431 г.
Собор не мог открыться в назначенное время, 7 июня, потому что не все епископы явились в Ефес к этому сроку. Кирилл прибыл за 4–5 дней до срока, взяв с собой около 50–ти епископов (так как он, очевидно, не хотел ставить себя в один ряд с митрополитами, подчиненных же ему митрополитов в Египте не было), ставший на его сторону Мемнон Ефесский призвал до 40 асийских епископов и 12 епископов из Памфилии. После 7 числа явились Ювеналий Иерусалимский с палестинскими епископами и македонские епископы (Руфа Фессалоникийского заменял Флавиан Филиппийский). Из Африки Капреол Карфагенский смог прислать ввиду стесненных обстоятельств (вандалы) только диакона Весулу. Не прибыли даже и к 22 июня легаты папы Целестина. При открытии собора Кириллом, на первом заседании присутствовало всего 160 человек (с диаконом Весулой). Несторий явился со своими епископами (10–16) еще раньше Кирилла. Но сочувствовавшие ему епископы Восточного диоцеза, с Иоанном Антиохийским во главе, из Антиохии, по — видимому, выехали только 16 мая (по причине произошедших там волнений). Через 30 дней Иоанн в письме Кириллу, жалуясь на трудность пути, обещал прибыть через 5–6 дней. Явившиеся затем 20–21 июня в Ефес два подчиненные Иоанну митрополита (Александр Иерапольский и Александр Апамейский) заявили Кириллу, что в случае и дальнейшего промедления Иоанн предоставляет открыть собор, не ожидая его прибытия. Кирилл понял, по — видимому, опоздание Иоанна в смысле намеренного уклонения его от неприятной для него обязанности присутствовать на соборе при осуждении близкого к нему Нестория и решил немедленно же начать заседание. Что касается отсутствия римских легатов, то Кирилл считал себя более или менее уполномоченным действовать от лица папы. 68 находившихся в Ефесе епископов (в числе их — 21 митрополит, тогда как на стороне Кирилла было 16–19 митрополитов) признавали, однако, нужным дождаться восточных епископов и легатов папы и написали об этом заявление (21 июня). Когда Несторию послано было 21 числа приглашение через четырех епископов прийти на следующий день в заседание собора, он отвечал: «Посмотрю, и если нужно будет — приду», и так как Кандидиан убедил его не беспокоиться, не явился. Не явились и повторили 22 числа свой протест и другие несоглашавшиеся с Кириллом епископы, кроме двух, хотя 20 из них потом подписали соборное постановление.