Вслед за этим деянием помещается в актах энциклика собора с перечислением уже отлученных сторонников Нестория и шесть правил, в которых угрожается низложением митрополитам (1–е пр.), епископам (2–е пр.) и клирикам (4–е пр.), которые окажутся сторонниками Нестория и Целестия; клирики, подвергнутые Несторием и его единомышленниками наказаниям, восстановляются в своих правах (3–е пр.), и наоборот, восстановление, провозглашаемое еретиками, признается недействительным (5–е пр.); несогласные вообще с постановлениями Ефесского собора подвергаются: клирики — низложению, миряне — лишению общения (6–е пр.). В некоторых сборниках присоединяется, как 7–е правило, постановление по делу Харисия и, как 8–е — по делу Регина. Решены были собором, неизвестно в каких заседаниях, и некоторые другие дела (об Евстафий Памфилийском, о мессалианах, о фракийских епископах).
Что касается епископов, бывших с Иоанном, то, отвечая на послание императора от 29 июня, они тоже находили произнесенное ими против Кирилла и Мемнона осуждение вполне правильным, но соглашались на пересмотр дела на соборе с тем, чтобы он состоял из митрополитов с двумя лишь епископами при каждом из них (об этом просил еще Несторий до 22 июня). В дальнейших письмах они просили при этом, чтобы собор был где — либо поближе ко двору, в самом Константинополе или в Никомидии. На Мемнона они жаловались за испытываемые от него в Ефесе стеснения, а именно — недопущение их в храмы. На их стороне, однако, были сановники, и противники их в свою очередь, жаловались на препятствия, какие встретили от последних в своих сношениях со столицей. Кирилл писал к некоторым близким к нему лицам в Константинополе, и между ними к известному авве Далматию, от 24–25 июня, и должен был отправить послание, чтобы оно дошло по назначению, с принявшим вид нищего монахом, который скрыл письмо в своем посохе. Письмо получено было в Константинополе лишь 15–20 июля, и результатом было обращение к императору в торжественной процессии константинопольских монахов, с Далматием во главе, в течение 48 лет до этого времени не выходившим из своего монастыря. Император позволил после этого представителям собора явиться к себе. У восточных посредником при сношениях с императором был комит Ириней, отправленный в Константинополь с письмом и здесь дававший в присутствии императора и сановников объяснения наряду с прибывшими за три дня до этого послами Кирилла; настроение при дворе стало заметно изменяться не в пользу уже Нестория, когда явился еще его враг и синкелл Кирилла Иоанн. Но и Кирилла с Мемноном здесь пока еще не считали правыми.
Для примирения спорных сторон в придворных кругах придумана была своеобразная мера: признав действительным отлучения как Нестория, так и Кирилла и Мемнона (хотя они исходили от противоположных партий) и удалив их от собора, предложить прочим епископам обсудить недоумения и достигнуть единодушия. С посланием императора такого содержания был командирован в Ефес в начале августа комит Иоанн. Иоанну удалось собрать у себя всех епископов и прочитать (Нестория и Кирилла при этом, после многих споров и шума, пришлось удалить, Мемнон не пришел, сославшись на болезнь) указ императора: названные лица были взяты затем под стражу. Само собой понятно, что подобная мера ни к чему не могла привести. Отцы собора поспешили разъяснить в своем послании ее непоследовательность и просили сами и через посредство константинопольского клира освободить Кирилла и Мемнона из заключения, так как они подверглись ему без всяких оснований. Антиохийцы со своей стороны хотя, по — видимому, не ходатайствовали за Нестория (он был поручен Кандидиану), но примириться с противниками не находили возможным, так как принятые последними анафематизмы Кирилла считали еретическими. По требованию императора они, впрочем, представили теперь исповедание, где говорилось о едином Христе, Господе и Сыне и Пресвятая Дева называлась Богородицей; но это исповедание принималось не всеми.