Иоанн отправил в Александрию в конце 432 г. для личных объяснений с Кириллом Павла Эмесского. В своем письме к Кириллу он довольно ясно проводил мысль о необходимости полного устранения анафематизмов; устно Павел должен был передать о несогласии восточных с осуждением Нестория. Кирилл был весьма недоволен этими заявлениями. Но Павел, сверх того, представил от восточных их исповедание веры, составленное еще в 431 г. в Ефесе по требованию императора (может быть, самим же Павлом, а не Феодоритом) и теперь лишь несколько дополненное. В то же время Павел постарался насколько возможно смягчить смысл сделанных восточными заявлений и предлагал даже от их лица анафематствовать Нестория и его лжеучение. По желанию Кирилла он, однако, лишь от своего лица дал письменный документ с признанием Максимиана Константинопольским епископом и отвержением Нестория. После этого он торжественно был принят в церковное общение и по приглашению Кирилла несколько раз говорил в Александрии проповеди (25 декабря и 1 января). Он просил было затем о восстановлении четырех низложенных Максимианом несториан, но Кирилл нашел это невозможным.
Когда после того Аристолай в письме в Антиохию потребовал от восточных осуждения Нестория, состоявшийся там собор предположил было дать отрицательный ответ. Кирилл употребил тогда все зависевшие от него средства, чтобы на Иоанна произведено было со стороны двора более или менее энергичное давление. Аристолай снова отправился в Антиохию с Павлом Эмесским и двумя клириками Кирилла, и Иоанн, наконец, подписал, с незначительными изменениями в тексте, документ об осуждении Нестория и его ереси. С уведомлением об этом им написано было послание на имя Кирилла, римского папы Сикста и Максимиана, а также отправлены два особых письма Кириллу, в одном из которых был приведен и текст посланного ранее с Павлом исповедания. Кирилл с радостью приветствовал установление мира посланием к Иоанну: «Εύφραινέσθωσαν οι ουρανοί», в котором повторял «безукоризненное исповедание» веры восточных и давал подробные разъяснения относительно своих догматических взглядов. Своей пастве он объявил о радостном событии в проповеди 23 апреля 433 г. В энциклике к восточным епископам Иоанн удостоверял православие Кирилла, прилагая свою переписку с ним, и просил не нарушать установленного наконец мира.
В действительности достигнутое указанным способом соглашение в среде восточных встретило далеко не единодушный прием, и требовалось еще немало усилий, чтобы привлечь к нему всех подчиненных Иоанну епископов. Некоторые из них, убедившись более или менее в православии Кирилла из его разъяснений, никак не хотели согласиться на осуждение Нестория, которого они также считали православным, и других четырех его сторонников, объявленных низложенными (Элладия, Евфирия, Имерия и Дорофея). Так относился к делу Феодорит. Другие, крайние, недовольны были уже самим общением с Кириллом, так как не хотели верить «покаянию египтянина», и Кирилл в их глазах оставался по — прежнему еретиком. Особенно непримиримым в ряду их был почтенный и по возрасту, и по жизни митрополит Иерапольский Александр, упорно отвергавший и теперь слово Θεοτόκος как еретическое. Епископы первого направления собрались по инициативе Феодорита на собор в Зевгме (в Евфратисии) и констатировали православие как Кирилла, так и Нестория; Феодорит писал в этом смысле и самому Несторию. Александр Иерапольский, уклонившись от участия в этом соборе, действовал вместе с Элладием и Евфирием, которые обращались с протестом против унии даже к папе Сиксту. В то же время епископы Второй Киликии составили собор в Аназарве, где отвергли унию, признавая Кирилла еретиком. К ним присодинились и епископы Первой Киликии.