Ввиду такого настроения епископов своего патриархата Иоанн нашел нужным прибегнуть к помощи светской власти. Согласно с его просьбой издана была (при Прокле, преемнике Максимиана — 12 апреля 434 г.) императорская сакра, обязывавшая всех восточных епископов или быть в общении с Антиохийским архиепископом, или же оставить свои кафедры. Но присоединился после этого пока один лишь, да и то — по видимости, Андрей Самосатский. Прочие, и между ними Феодорит, стояли на прежней точке зрения, и евфратисийские епископы обращались даже с жалобой на испытываемые от Иоанна притеснения к Пульхерии. Со стороны двора, однако, скоро последовала лишь вторая сакра против нарушителей мира, и представители гражданской власти на Востоке стали с особой энергией прилагать ее к делу. Следствием был, с одной стороны, ряд присоединений, с другой стороны — ссылка упорствовавших. Присоединились даже державшиеся крайних воззрений епископы Киликии Первой и Второй (с Элладием Тарсийским). Примирился с Иоанном и Феодорит (угрозы ему и подвижникам Симеону Столпнику, Иакову Нисибийскому и Варадату со стороны викария Тита). Но при этом успех дела обусловливался тем, что Иоанн не требовал уже непременно от всех присоединившихся прямой анафемы против Нестория. Александр Иерапольский, несмотря на это, несмотря на все убеждения, между прочим, Феодорита, не вступил с ним в общение и должен был удалиться в ссылку в Египет (15 апреля 435 г.). Той же участи подверглись Мелетий Мопсуэстийский (в Армении), Евфирий Тианский и еще до 12–ти епископов. Около того же времени сослан был и Несторий, проживавший до этого в своем монастыре (св. Евпрепия?) близ Антиохии, сначала в Петру в Аравии, потом в Оазис. Эдиктом от 30 июля 435 г. писания его повелевалось сжигать, а последователям его усвоять название симониан. От присоединившихся вскоре потребовали и анафемы на него (через Аристолая), и многие согласились на это требование. Подписывать новое исповедание веры с более ясным осуждением несторианского учения, как желал этого Кирилл, не нашел, однако, нужным сам Иоанн Антиохийский.
Предметом споров в эпоху Ефесского собора были, как видно из сказанного, учение и имя Нестория. Но Несторий всецело зависел в своих воззрениях от Диодора Тарсийского и Феодора Мопсуэстийского. Естественно было ожидать, что и на них будет обращено внимание в открывшейся борьбе. Действительно, споры из — за Нестория, после осуждения последнего, готовы были перейти в споры из — за Феодора. Осуждение Нестория не вполне устраняло возможность пропаганды его учения с именем лиц, бывших действительными виновниками этого учения, поскольку они продолжали считаться авторитетными церковными учителями. Поэтому в то время как несогласные с осуждением Нестория сторонники его в сходстве его учения с учением неосужденных Церковью Феодора и Диодора видели доказательство его правоты, некоторые из наиболее ревностных противников несторианства не останавливались перед мыслью об осуждении даже уважаемых учителей прежнего времени, чтобы устранить самые корни заблуждения. Но нежелание возбуждать не обещавшие ничего доброго для Церкви распри и волнения побудили тогда стоявших во главе церковного и гражданского управления лиц постараться прекратить начинавшиеся несогласия, и дело вновь возбуждено было только уже спустя более столетия в так называемом споре о «трех главах».
Против Феодора резко полемизировал уже во время собора 431 г. в Константинополе латинянин Марий Меркатор, находя у него пелагианские заблуждения и опровергая изложенную в его Символе христологию. Сам собор, осуждая его Символ, не назвал при этом его имени по «экономии», как объяснял потом Кирилл в письме к Проклу (PG. Т. 72. Col. 345: οικονομικώς ούκ έμνημόνευσε του ανδρός), дабы не оттолкнуть от Церкви его почитателей. Гонение на его сочинения поднял в 432 г. (весной) в Ефесе митрополит Ефесский Раввула, бывший в 431 г. в Ефесе на соборе вместе с Иоанном Антиохийским, но очень скоро перешедший затем на сторону Кирилла. Противодействуя утвердившемуся в Эдесском училище влиянию Феодора, он предавал его сочинения сожжению, а самого «толкователя» и «учителя учителей» анафематствовал. Почитатели Феодора, усердно переводившие его на сирийский язык, оставили тогда школу. Но по смерти