Чтобы обосновать осуждение Флавиана и Евсевия, Диоскор предложил прочитать, что было постановлено относительно веры Ефесским собором 431 г. Когда выслушано было 4–е деяние его (по делу Харисия), с запрещением составлять и предлагать обращающимся к Церкви иную веру кроме Никейской (7–е правило), то Диоскор потребовал письменно ответить на вопрос, можно ли исследовать или вводить что — либо новое вопреки этому (904А: παρά ταύτα ή ζητεΐν ή άνασκευάζειν). Отцы в общей форме выразили согласие с постановлениями собора 431 г. и признали неизменяемость веры 318–ти отцев (при этом Иларий опять напомнил о папских письмах). Тогда Диоскор прочитал поднесенный ему нотариями приговор, что между тем Флавиан и Евсевий, как видит это и сам собор, «все почти выдумали вновь перестроить» (φαίνονται… πάντα σχεδόν άνακινήσαντες και μετασκευάσαντες) и потому подлежат указанному отцами 431 г. наказанию — лишению сана. Флавиан отвечал на этот приговор словами: παραιτούμαι σε (apello a te — отвергаю твой суд). Иларий заявил: contradicitur (возражаю) — κοντραδίκιτουρ, ό έστιν άνπλέγεται. На просьбу митрополитов, которые попытались было, обнимая колени Диоскора (Онисифор Иконийский, Мариниан Синнадский, Епифаний Пергский и Нунехий Лаодикийский), смягчить приговор, Диоскор, поднявшись со своего трона, отвечал, как показывали они потом на Халкидонском соборе, окриком: «Бунт против меня поднимаете? Где комиты?» (832А: στάσιν μοι κινείτε; δός τους κόμητας). По приглашению комитов Елпидия и Евлоия в церковь вошел проконсул и солдаты с оружием и цепями, на отцев толпами наступали монахи Варсумы и параволаны Диоскора (828D). Когда одни из несогласных боялись сказать хоть слово против Диоскора, другие же готовы были уйти, Диоскор объявил: «Смотрите, кто не хочет подписаться, тот против меня» (829В: βλέπετε εΐ τις ού θέλει ύπογράψαι, προς έμέ εχει — показание Василия Селевкийского). Все отцы тогда подали голос против Флавиана и Евсевия, начиная с Ювеналия и Домна. Ураний нашел даже, что они заслуживают усекновения мечом. Хотя деяние не было еще написано набело, но отцев заставили тут же дать свои подписи на белых листочках, не выпуская их из церкви до вечера и приставив к ним солдат и монахов.
Собору поручено было еще рассмотреть дело Ивы. Но было предположено вместе свести счеты и с другими догматическими противниками из восточных, особенно с Феодоритом, а также и с Домном, несмотря на то, что последний с нерекомендующей его нравственный характер легкостью не только уже согласился с оправданием Евтихия и осуждением Флавиана, но готов был и далее жертвовать своими догматическими убеждениями. На заседание 22 августа, где должно было разбираться прежде всего это дело, легаты не явились, указывая на то, что в послании папы говорится лишь об Евтихий и ничего нет о других лицах. Домн не явился, ссылаясь на болезнь, но заранее выражая готовность подписать все, что будет постановлено против несторианствующих. Присутствовали вызванные императором на собор одиннадцать эдесских архимандритов с Иаковом во главе. Бывшие судьи Ивы — Фотий, Евстафий и Ураний, некогда оправдывавшие его, объяснили, что при отдаленности Эдессы они должны были ограничиться в свое время лишь клятвенными показаниями по этому делу эдесских клириков и отсылали к новому расследованию, произведенному на месте комитом Хереем. Три донесения последнего властям, с разными документами против Ивы, и были теперь прочитаны. После заявления одного из прежних обвинителей Ивы, пресвитера Евлогия, Ива был единогласно признан лишенным сана и церковного общения. Та же участь постигла затем племянника Ивы, Даниила, епископа Харранского, обвинявшегося еще ранее в нечистой жизни. Низложенным и чуждым общения, далее, объявлен Ириней Тирский, как несторианин и двоеженец, а совершенные им рукоположения признаны недействительными. На этом, между прочим, основании признан не имеющим чести священства Акилин Библский, поставленный Иринеем. Дело о Софронии Телльском, двоюродном брате Ивы, обвинявшемся в несторианстве и в занятиях магией, предоставлено было разобрать будущему Эдесскому митрополиту.
Перед собором выступал затем с письменной жалобой против Феодорита и Домна антиохийский монах пресвитер Пелагий, который сам считал себя богословом, призванным к диспутам для защиты веры, между тем как в Антиохии ему строго запретили вмешиваться в дело учительства и поднимать споры и взяли даже подписку о том. «Толкуй трактаты Платона и Аристотеля и врачей, а к писаниям и не приближайся», — сказал ему однажды Феодорит. Пелагий просил «разрешить для исповедания истины язык его» и в доказательство неправомыслия Феодорита представил одно из писем последнего и его апологию «героев веры» Диодора и Феодора (прочитаны 15 отрывков). Диоскор объявил, что Феодорит, как виновник гибели бесчисленных душ и возмутитель всех Церквей Востока и как учащий несогласно с блаженнейшим Кириллом, должен быть лишен сана и церковного общения, императоров же нужно просить и предания огню его писаний; о всем, что сделано в настоящем заседании, немедленно довести до сведения Домна, чтобы он открыто высказался о своем отношении к этому. Собор признал такой суд правильным, так как Феодорит продолжал пребывать в ереси Нестория.