В результате первого заседания, таким образом, выяснилось, что лишь Диоскор продолжал считать свои действия на Ефесском соборе 449 г. правыми и упорно отклонял δύο φύσεις; с ним согласны были его епископы (кроме четырех). Прочие руководители Ефесского собора и его участники сами признали его действия незакономерными, объясняя свое поведение на нем насилием Диоскора или заблуждением со своей стороны.
Было уже темно, и конец деяний Ефесского собора 449 г. дочитывали при свечах. Представители гражданской власти объявили, что, как видно из прочитанных документов и из признания самих судей, Флавиан и Евсевий были осуждены без вины. Соответственно этому должны теперь подвергнуться наказанию осудившие их — Диоскор, Ювеналий, Евсевий Анкирский, Евстафий и Василий, руководившие собором (936С: τους έξουσίαν είληφότας και έξάρχοντας της τότε συνόδου), а именно должны быть низложены.
Окончательный суд над Диоскором произнесен был уже на третьем заседании 13 октября, в присутствии около 200 членов собора, без участия гражданских представителей; председательствовали легаты. Как обнаружилось из восклицаний в конце второго заседания (10 октября), в то же время, как восточные епископы желали его осуждения, иллирийские и другие примыкавшие сначала к нему епископы просили и его, и других удаленных теперь от заседаний его соучастников возвратить собору. Евсевий Дорилейский выступил с жалобой на имя собора против Диоскора и попросил вызвать своего соперника. Но Диоскор на посланное еще до заседания приглашение ответил, что ему не позволяет прийти на собор стража. Отправленным уже с самого заседания послам он отвечал сначала то же, потом, когда со стороны стражи препятствий не оказалось, настойчиво стал повторять, чтобы присутствовали на заседании и сановники. Второму посольству он сказал, что нездоров, и опять стал требовать присутствия при разборе его дела сановников, спрашивал также, будут ли при этом же и другие обвиняемые с ним епископы. Кроме Евсевия явились между тем еще с письменными обвинениями против него четыре александрийца (пресвитер Афанасий — племянник Кирилла, два диакона и мирянин). После того как и на третье приглашение Диоскор отвечал, что он не может прибавить ничего к тому, что уже сказано им, Пасхазин поставил вопрос: чего заслуживает тот, кто так презрительно относится к приказанию собора? Собор признал его достойным осуждения, согласно с канонами, за непослушание. Легаты, перечислив вины Диоскора (единомыслие с Евтихием, непрочтение послания Льва в 449 г., отлучение Льва, разные проступки, указанные в жалобах на него, неявка на собор), произнесли и приговор: Лев через нас и через настоящий собор, вместе с апостолом Петром, лишает его епископства и всякого священного сана. При бывшем далее голосовании отцы (общим числом 190), соглашаясь с приговором, обычно мотивировали его отказом обвиняемого прийти на собор. В числе собранных уже после подписей (293) можно встречать и имена бывших участников деяний Диоскора. В посланном от собора самому Диоскору уведомлении также говорится, как о главном основании осуждения, о презрении к канонам и неповиновении собору и лишь в общей форме упоминается о «других многих проступках» (προς τοις άλλοις σου πλημμελήμασι). Более подробно говорится о винах Диоскора в послании о его низложении к императорам.