Но в то же время он оказывается непримиримым врагом Халкидонского собора ввиду провозглашения им формулы δύο φύσεις вместо έκ δύο φύσεων и μία φύσις Θεού σεσαρκωμένη и ввиду принятия томоса Льва. Допуская различение природ в мысли, он отказывается, однако, говорить о «двух природах» по соединении, так как это значило бы разделять Христа на две природы или ипостаси; понятие природы совпадает для него, как некогда для Нестория, с понятием ипостаси. Он знает, что выражение δύο φύσις было употребляемо отцами; но он полагает, что такое словоупотребление было неточно и что теперь, со времени III Вселенского собора и осуждения Нестория, оно уже не может иметь места. Единственно правильным остается μία φύσις. По своей упорной привязанности к этому термину, по отвращению к счету природ, Севир, во всяком случае, является монофизитом.
Но он не согласен с Халкидонским собором не только лишь из — за одного термина. Он отрицает утверждаемое в принятом собором вероопределении и томосе Льва двойство действий двух различных природ Богочеловека («agit utraque forma» не допускает и того, чтобы каждая природа всегда сохраняла свои свойства — tenet sine defectu proprietatem suam utraque natura) (Leo I. Ep. 28, 3 и 4). Человечество Христа не составляет в Нем особой ипостаси или, что то же, по Севиру, — природы. Но природа, не имеющая самостоятельного ипостасного существования, не может быть и действующей (ούκ ενεργεί φύσις ούκ ύφεστώσα). Плоть Христа, или Его человечество, есть не более как бездейственное само по себе, пассивное орудие вседействующего Логоса, приобщившего ее к Своей славе и действительности (ό Λόγος την σάρκα μετεστοιχείωσεν εις την εαυτού δόξαν τε και ένέργειαν). Со Своей плотью Логос проявил в мире, как говорит Дионисий Ареопагит, некоторую совершенно особую, новую богочеловеческую деятельность (καινήν τινα θεανθρωπικήν ένέργειαν), исходящую от Него и неразделимую на составные элементы, хотя и сложную (μίαν σύνθετον). Пример подобного единого «богомужного» действования Севир указывает в хождении Христа по водам, делая отсюда вывод и о единой природе. Ни к Божеству, ни к человечеству Христа в отдельности нельзя отнести этого хождения, — ибо Божеству не свойственно ходить по — человечески, человеческой природе не свойственно держаться, не погружаясь, на влажной стихии; но это неразделимое действие (αμέριστος ενέργεια) принадлежит единому нераздельному воплотившемуся ради нас Богу Слову, объединяя в одном акте и приличное Богу, и человеческое. Православные полемисты на это отвечали, что хождение вообще (передвижение) свойственно, конечно, не Божеству, но человеческой природе; но если при этом Христос ходит не только по суше, как другие люди, но и по воде, это не указывает на отнятие у человеческой природы Его (тела) принадлежащих ей свойств и действий (в данном случае способности ходить), а предполагает лишь присоединение к ним еще высшего божественного действия, так что Его тело может держаться, не погружаясь, на воде (προσθήκη δυνάμεως έξ ενεργείας θεϊκής). «Богочеловеческое» действие Христа в данном случае вполне допускает, таким образом, анализ на составные части и указывает на двойственность самих проявляющихся в нем природ.
В целом учение Севира, при его готовности признавать в мысли две природы и в то же время при упорном нежелании признать это на словах, при заявлениях о неизменяемости воспринятого во Христе человечества и в то же время при усвоении человеческой природе в Нем значения чисто пассивного орудия, так что она на деле может не проявлять свойственных ей качеств и даже лишаться их, носило характер внутреннего противоречия. И так как Севир, при своих диалектических способностях и обширной начитанности в церковной литературе, мог с легкостью постоянно переходить от одного положения к другому, это чрезвычайно затрудняло борьбу с ним его многочисленных православных полемистов. Двусторонность его взглядов и выражений, при близости к православному учению и одновременном отказе принять его вполне, давало им повод наделять его нелестными эпитетами.
Возбужденный Юлианом Галикарнасским спор с Севиром о нетленности тела Христа имел вообще значение реакции в пользу более строгого евтихианского монофизитства против слишком большого приближения Севира к церковному учению. Но для самого Севира следствием было лишь то, что он с еще большей решительностью утвердился в раз занятой им позиции. О Юлиане известно, что раньше он был в дружественных отношениях к Севиру и вместе с ним действовал в 511 г. в Константинополе против Македония и, подобно ему, должен был оставить в 518 г. кафедру и удалиться в Александрию; там у него и произошел спор с Севиром. Из сочинений его известен в греческом подлиннике комментарий на книгу Иова, напечатанный некогда (1574 г.) в латинском переводе с именем Оригена (Usener, 1894). Затем имеются в печати два его письма к Севиру и кое — что (краткие положения и фрагменты) из догматических сочинений (в полемических произведениях Севира). Для восстановления его учения в подробностях эти остатки оказываются далеко недостаточными. Спор начался тем, что Юлиан отправил Севиру свою книгу по поднятому уже несколько ранее вопросу с письмом об отзыве Севира на нее. Севир, желавший сначала уладить дело мирно, ответил ему, хотя и не сразу, опровержением его учения в особом сочинении. После вторичного обмена письмами Юлиан отлучил Севира от Церкви; последний снова издал обширный трактат с его опровержением. Литературная борьба продолжалась и далее.