Споры о значении Халкидонского собора и разделении на партии имели место и в самом Константинополе. Представителями разных мнений были сочинители церковных песнопений (οι των τροπαρίων ποιηταί) Анфим и Тимокл. Около первого группировались сторонники собора, около второго — противники (εχθροί). Сменивший в 458 г. Анатолия Константинопольского Геннадий принадлежал к антиохийскому направлению и даже прежде писал против анафематизмов Кирилла. К партии Тимокла примыкал заведовавший арсенотрофием пресвитер Акакий. Кандидатом на патриаршество он был выставляем уже наряду с Геннадием и сделался его преемником в 471 г. (σπουδή Ζήνωνος). В Антиохии за некоторое время до этого епископ Мартирий должен был уступить место монофизитски настроенному Петру Гнафею, пресвитеру из Халкидона (покровительствуемому Зиноном); но и сам Петр скоро вынужден был удалиться из Антиохии.
Ненавистью к Халкидонскому собору почти всего египетского населения и далеко не единодушным и искренним принятием его в других частях Империи (как выяснилось это при издании энциклиона, несмотря на предыдущие заявления епископов на запрос Льва), объясняется узурпаторская попытка Василиска утвердить свою власть на прямой отмене собора и дальнейшая примирительная политика Зинона, основанная если не на отмене, то на игнорировании результатов догматической деятельности собора.
Зинон (474–491) сделался императором, будучи сначала соправителем своего сына, внука императора Льва, семилетнего Льва (ό μικρός), очень скоро умершего. Некультурный сириец, носивший прежде другое — варварское — имя, сам Зинон был непопулярен у греков, и ему неоднократно приходилось иметь дело с узурпаторами (Василиск, брат Верины, 475 г.; Маркиан, зять Верины, 479 г.; Леонтий и Илл, 483–488 гг.), а его руководителем в религиозной политике был Акакий.
Когда Василиску удалось завладеть престолом (475 г.), он немедленно вызвал из ссылки Элура, и Тимофей Салофакиол должен был оставить кафедру. Элур поставил на пути из ссылки Павла в Ефес, утвердив за его кафедрой патриаршие права. В Антиохии же снова появился Петр Гнафей. В адресованном на имя Элура энциклионе (Euagr. Ill, 4: «Όπόσους μέν υπέρ της ορθής») Василиск, утверждая постановления соборов Никейского, Константинопольского 381 г. и Ефесского 431 г., повелевал всем епископам анафематствовать и сжигать томос Льва и все сказанное и сделанное в Халкидоне в изменение (εις καινοτομίαν) Символа 318–ти отцев, но анафематствовать также и ереси тех, которые не исповедуют Сына Божья истинно вочеловечившимся, но с неба (принесшим плоть) и призрачно. Все епископы должны были подписать энциклион; несогласные епископы и клирики подвергались низложению, а миряне и монахи — ссылке и другим наказаниям. Подписалось до 500 или даже 700 епископов, в том числе и преемник Ювеналия Анатолий Иерусалимский. Но в самой столице Акакий вместе с константинопольским клиром и народом оказал настолько сильное противодействие энциклиону, облачив царский престол в траур и пригласив для защиты православия Даниила Столпника, что Василиск должен был уступить и поспешить издать άντιεγκύκλιον (Evagr. Ill, 7), где отменял прежние распоряжения εϊτε Έγκύκλια εϊτε και έτερα… άρχεΐν και πεπαΰσθαι προστάττομεν и возвращал Акакию ту власть над митрополиями, какая Константинопольской кафедре была предоставлена Халкидонским собором. Вытеснив из Константинополя Василиска, Зинон в свою очередь издал указ (17 декабря 476 г.) о недействительности всего постановленного в энциклионе с подтверждением прав Акакия. Кафедры снова были переданы принимавшим собор епископам. Тимофея Элура избавила от наказания его старость и затем — скорая смерть (31 июля 477 г.). Александрийцы поспешили, однако, опять противопоставить Салофакиолу своего избранника в лице Петра Монга, бывшего в сане архидиакона деятельным сподвижником Элура.
Попытка Василиска, хотя и неудавшаяся, могла показать, что монофизитство может являться опасной силой в руках узурпаторов. Продолжавшееся религиозное разделение в Империи вообще само по себе было нежелательно и требовало каких — либо мер против себя. Так как руководитель Зинона Акакий к некоторым сторонам в догматической деятельности собора относился без одобрения, то именно он и мог выступить в 482 г. с проектом церковной унии в виде Энотикона[29] (Evagr. Ill, 14: «Αρχήν και σύστασιν»). Обращаясь к жителям Египта с епископами во главе, император ссылается здесь на слезные просьбы «благочестивых архимандритов и пустынников и других досточтимых мужей» о единении Церквей и указывает на печальные следствия разделения как на побудительные причины к изданию этого документа. В основу единения полагаются соборы Никейский, Константинопольский и Ефесский с анафематизмами Кирилла и излагается учение о единстве истинно вочеловечившегося Сына Божья, Единородного Отцу по Божеству и нам по человечеству, причем Единому усвояются и чудеса, и вольные страдания (ενός γαρ είναι φαμέν τά τε θαύματα και τά πάθη, άπερ εκουσίως ύπέμενε σαρκί) и отвергаются вводящие разделение или слияние, или призрачность (в дело домостроительства по плоти), и особенно устраняются предположения, будто воплощением вводится еще иной Сын в Троицу (μεμένηκε γαρ Τριάς ή Τριάς, και σαρκωθέντος του ενός της Τριάδος Θεου Λόγου). «Всякого же, кто мыслил или мыслит иначе что — либо или ныне, или когда — либо прежде, или в Халкидоне, или на каком бы то ни было соборе, анафематствуем, в особенности же вышеназванных Нестория и Евтихия и мыслящих одинаково с ними».