Вопросу о «трех главах» посвящены были следующие три заседания(12,17 и 19 мая). На основании указанных в послании императора и прочитанных теперь данных Феодор был признан еретиком, заслуживающим анафемы; цитатами из отцев (блаж. Августин о Цецилиане Каре: «Мы сами анафематствовали бы его уже по смерти, если бы он оказался предателем») и разными примерами (гностики, Евномий, Аполлинарий, антипапа Диоскор) подтверждена была возможность приговора и над неосужденными на соборах при жизни лицами уже после их смерти, в частности, прочитано было донесение поместного собора в Мопсуэстии от 440 г., производившего по повелению Юстиниана особое о том дознание, что имя Феодора давно уже исключено из диптихов Мопсуэстийской церкви и вместо него поставлено в них имя Кирилла Александрийского. Прочитаны были отрывки из «нечестиво написанных» сочинений Феодорита. Послание Ивы подвергнуто тщательному разбору и сличению с догматическими постановлениями III и IV Вселенских соборов и найдено «во всем противным» (per omnia contraria) Халкидонскому οροσ'у и подлежащим анафеме, хотя на Халкидонском соборе и были высказаны один — два голоса в его пользу лицами, которые, однако, тоже, подобно другим, приняли Иву лишь после анафематствования им Нестория (имеются в виду голоса папских легатов и Максима Антиохийского).
Прежде чем собор сделал окончательное постановление, Вигилий отправил к императору 25 мая составленный им Constitutum de tribus capitulis, датированный 14 мая и подписанный кроме Вигилия еще 16 епископами. Ввиду присланных ему от императора выписок из сочинений Феодора он вполне признает еретический их характер и осуждает их, но он не соглашается осудить самого Феодора: прежде он не был осужден и теперь лучше предоставить его, как умершего, суду Божию. Осуждать какие — либо несторианские положения с именем Феодорита теперь излишне, так как Феодорит сам же отверг несторианство на Халкидонском соборе, и это было бы оскорбительно для памяти собора, потому что вело бы к предположению, что некоторые члены его (тот же Феодорит) держались на деле несторианских заблуждений, которые на словах отвергали. Против признания Ивы православными римскими легатами, а также Анатолием Константинопольским и Максимом Антиохийским, и именно — между прочим — на основании его письма, на Халкидонском соборе не возражали и другие епископы, да и на деле Ива одобряет в письме единение между восточными и Кириллом; не должно и в этом пункте отступать от сказанного халкидонскими отцами. Папа запрещает в заключение учить о «трех главах» иначе, чем предписывает он в этом документе, а если кем — либо уже сделано что — либо несогласное с этим, он отменяет это властью Апостольского престола.
Юстиниан даже не принял папского посла, с которым прислан был ему этот документ, и велел передать папе, что он приглашал его к совместному с другими епископами обсуждению вопроса, папа же хочет теперь давать особое письменное его решение; если написанное содержит осуждение «глав», то в таком документе император не имеет нужды, потому что у него уже есть не одно подобное заявление папы от прежнего времени; если же в новом писании папа отказывается от прежних заявлений, он осуждает этим самого себя. На 7–м заседании (26 мая) об этой попытке папы сообщил отцам посланный от императора квестор Константин и передал для прочтения ряд документов, показывающих, как относился папа прежде к вопросу о «главах» (письма к императору и императрице, послание к Рустику и к Севастиану с их низложением за непринятие judicatum'a, послания к епископам Валентиниану и Аврелиану, записка с клятвой Вигилия при возвращении ему judicatum'a и, сверх того, ввиду ссылки на Юстина, документ из времени царствования последнего, свидетельствующий о его несочувствии несторианству). Собор с похвалой отозвался о заботах императора об охранении православной веры. Квестор Константин предъявил еще записку императора об исключении Вигилия из диптихов, как защищающего мудрование Нестория и Феодора, сделавшегося чуждым веры. Собор согласился с этим, заявив о своем желании сохранить, несмотря на это, союз с Римом. На последнем, восьмом заседании (2 июня) прочитано было окончательное постановление собора (του μεγάλου Θεοϋ), с подробным его обоснованием. «Три главы» были анафематствованы; анафема объявлена и тем, кто защищает их нечестие именем св. отцев или Халкидонского собора. Истинное учение и осуждение учения еретиков (несториан и частью монофизитов) изложены при этом еще в виде 14 анафематизмов, сходных большей частью буквально с теми, какие находились уже во втором эдикте Юстиниана о «главах» (551 г.).