На Востоке решение собора было принято без особых протестов. На Западе с ним согласились далеко не сразу, и оно вызвало там долго остававшееся не устраненным разделение. Находившиеся в Константинополе противники собора, Рустик и Феликс, выступавшие с сочинениями против собора, а затем и Вигилий с некоторыми епископами и клириками подверглись ссылке в разные места. Но уже 8 декабря 553 г. Вигилий в письме к Евтихию признал свой протест против осуждения «глав» неосновательным и 23 февраля 554 г. повторил это признание в Constitutum de damnatione trium capitulorum, предназначенном, скорее всего, для западных епископов (в последнем документе осуждение письма Ивы он хотел оправдать, отвергнув его подлинность). Ему позволено было возвратиться в Рим (летом 554 г.), но дорогой он умер в Сицилии. Преемник его Пелагий (556–561), действовавший вместе с Вигилием в Константинополе, тоже оказался теперь сторонником V Вселенского собора. Но на Западе ему пришлось все время иметь дело с протестами против собора. Фронтипа Салонского в Западном Иллирике константинопольское правительство в 554–555 гг. сослало в Фиваиду и заменило новым епископом (вероятно, за ту записку в защиту «глав», которую опровергал в обширном трактате сам император). Африканские епископы только в 559 г. вступили в общение со своим примасом, Примасием Карфагенским, получившим некогда (550 г.) кафедру за согласие на осуждение «глав» и стоявшим на стороне собора. Некоторые епископы, однако (между ними Виктор Туннунский), предпочли и теперь принятию собора лишение кафедры и ссылку. В Северной Италии центрами особенно упорной и продолжительной оппозиции был Милан, в Истрии — Аквилея. Еретиком считали Пелагия и тосканские епископы; франкские также сомневались в его православии. Разделение продолжалось и после Юстиниана. Милан удалось привлечь к общению с Римом лишь Григорию Великому. В истории схизма существовала до конца VII в.
Монофелитский спор и Шестой Вселенский собор
Завершительной стадией в истории христологических споров был спор о волях и действиях Богочеловека. В борьбе с монофизитством в предыдущее время утвержден и выяснен был факт двойства природ во Христе при единстве Его божественной Ипостаси; было признано, что божественная Ипостась является ипостасью и для не имеющей своей особой ипостаси Его человеческой природы (поэтому эта природа ένυπόστατος с первого момента бытия, но не ανυπόστατος). Далее нужно было поставить вопрос о точнейшем определении того, в каком отношении находятся к ипостаси и к природе различные проявления богочеловеческой жизни Спасителя.
С одной стороны, при этом можно было сосредоточить особое внимание на единстве субъекта личной жизни Богочеловека, каковым является только божественная ипостась Логоса. Так как этот субъект является единым носителем всех и божественных, и человеческих определений, то представляется возможным, имея в виду единство деятеля, характеризовать деятельность Богочеловека и в целом, и в ее отдельных актах как «единую» (θεανδρικη ενέργεια). Предполагая, сверх того, что импульсы ко всем этим актам имеют конечным исходным пунктом божественное самосознание, так как и для проявления человеческой природы требуется соизволение Логоса, можно было прийти к мысли отнести вообще волевые функции на долю лишь божественной Ипостаси и ввести понятие о воле ипостасей, которая должна быть единой, как едина и ипостась в Богочеловеке. В сущности, мнение об единой божественной воле и энергии Богочеловека высказывали и отстаивали уже ранее монофизиты (Севир). Лишить актуальности человеческую природу им необходимо было для того, чтобы оправдать и объяснить свое μία φύσις. Но возможно было и признавая δύο φύσεις согласиться с ними в указанном пункте. Но и монофизиты в данном случае воспроизводили лишь основную тенденцию Аполлинария, устранявшего человеческий ум (νους — дух) в Богочеловеке именно ввиду его «самоподвижности» (αύτοκίνητον).