Письмо императора в Риме было получено уже Агафоном (678–681). Папа желал, чтобы по возможности вся Западная церковь высказалась по данному вопросу, это и было одной из причин замедления ответа. Вопрос обсуждался, например, на соборах в Милане под председательством Мансьета Миланского, и в Гитфильде в Англии под председательством Феодора Кентерберийского. В самом Риме папа также созвал около 680 г. (27 марта) собор из 125–ти епископов. Назначены были представители (3 епископа, 2 пресвитера, 1 диакон и 1 иподиакон от Римской церкви, 1 пресвитер от Равеннской церкви) и с ними отправлены императору послания от папы и от собора. Папа говорит с императором в весьма почтительном тоне. Он отмечает низкий уровень богословской науки на Западе и своих послов очень выразительно характеризует как людей, не обладающих богословским образованием. «У людей, которые жили среди варваров и трудами своих рук должны добывать себе насущное пропитание, нельзя, — по его словам, — ожидать совершенного знания Св. Писания». Но это не мешает ему поставить в то же время на вид высокий авторитет Римской церкви в вопросах веры, так как она никогда не отступала от апостольского предания, и ее представители поступали всегда согласно данному Петру повелению — утверждать в вере братию. Когда предстоятели Константинопольской церкви начали вводить монофелитское лжеучение, папы, по словам Агафона, тоже не переставали будто бы убеждать их оставить заблуждение или хотя бы не проповедовать его. Очевидно, что это противопоставление папской непогрешимости еретичеству Константинопольских патриархов нельзя назвать соответствующим действительной истории (Гонорий и Виталиан). Изложив затем православное учение о двух волях, подтверждаемое цитатами из св. отцев, папа просит императора дать свободу каждому безбоязненно исповедовать свою веру. В послании, отправленном от имени собора, отцы просили утвердить предлагаемое ими исповедание — о двух волях и действиях.
Император принял послов с почестями и в самый день их прибытия (10 сентября) поручил патриарху Георгию пригласить подчиненных ему митрополитов и епископов на собор в Константинополь и известить Макария Антиохийского (проживавшего в столице), чтобы и он сделал то же. Были на соборе и представители давно уже не замещаемых кафедр Александрийской и Иерусалимской, пресвитеры Петр и Феодор. Вместо той конференции, какую хотел первоначально устроить император, состоялся на деле, таким образом, Вселенский собор (так собор называет себя уже в первом деянии).
Заседания этого VI Вселенского собора, акты которого сохранились в греческом подлиннике и двух латинских переводах, происходили в помещении (basilica, σέκρετον) дворца, называвшемся Trullus (Τροϋλλος). На первом заседании 7 ноября 680 г. было лишь 43 епископа и несколько игуменов; на последнем, 18–м (17 сентября 681 г.), число епископов доходило до 174. Император сам присутствовал и председательствовал на 1–11–м и 18–м заседаниях, на заседаниях 12–17–м его заменили посланные им уполномоченные. Но это руководительство светской власти относилось лишь к внешней стороне деятельности собора. Отцам предоставлена была полная свобода в рассуждениях. Император желал, чтобы со стороны обеих споривших партий исчерпаны были все аргументы, какие только они могут представить. Этим объясняется и продолжительность собора. Император с сановниками с правой стороны занимал место посередине, папские депутаты — пресвитеры Феодор и Георгий и диакон Иоанн, подписавшиеся в качестве представителей папы на первом месте, и затем другие представители Запада, а также иерусалимский апокрисиарий пресвитер Феодор помещались налево от него. Направо сидели прочие восточные епископы: Георгий Константинопольский, Макарий Антиохийский, представитель Александрийский кафедры пресвитер Петр и другие епископы Константинопольского и Антиохийского патриархатов.