Оказалось несовершенным в системе Оригена и предложенное им решение поднятого монархианами и стоявшего на очереди вопроса, который касался самой сущности христианства: как нужно смотреть на Христа, как Сына Божия, в Его отношении к Богу Отцу, чтобы избежать двоебожия. Нужно ли отвергать для этого или Его божественное достоинство, или Его отличие как Сына от Отца. Ориген устраняет обе формы монархианства, из которых динамизм отвечал утвердительно в первом смысле, модализм — во втором. Он утверждает и божественное достоинство Сына Божия, и действительное ипостасное отличие Его от Бога Отца. Но с мыслью об отличии от Отца он соединяет субординационистическое представление о Сыне, какое высказывалось более или менее ясно и ранее, у апологетов и Тертуллиана. Субординационизм теперь вводится им в более широкое обращение и притом с наклонностью к худшей форме его — не ипостасного лишь, а и существенного субординационизма. Это обстоятельство, при том влиянии, какое должен был приобрести Ориген со своими воззрениями, имело роковое в известном отношении значение для последующего времени, а именно — для эпохи арианских споров.
Нужно различать в учении Оригена об отношении Сына Божия к Отцу две стороны. С одной стороны, он ставит Сына в такие близкие отношения к Отцу, что прямым логическим выводом из этой стороны представляется вывод о единосущии Его с Отцом. В духе неоплатонической философии своего времени Ориген проводит понятие о Боге как не только безусловно простом Существе, но и как превышающем всякие определения и в то же время всесовершенном. Простой и непостижимый Сам в Себе Бог открывается в происходящей от Него, существующей действительно и различающейся от Него многообразной (πολυποίκιλος) Премудрости или Слове. Премудрость или Слово Бога необходимо предполагается всесовершенством Божества и составляет как бы ипостасную проекцию потенциально существующих в Боге в скрытом состоянии Его собственных свойств. С богословской точки зрения наименование Бога Отцом предполагает существование Сына, соответствующего божественному достоинству Отца. Происхождение же от Бога ипостасной Премудрости, т. е. рождение Сына, должно мыслиться как акт, превышающий условия времени; не должно допускать также каких — либо пространственных представлений о Нем. Требование мыслить рождение Сына вневременным само по себе устраняло известное уже учение о λόγος ένδιάθετος и λόγος προφορικός. Сын рожден предвечно и не получает ипостасного бытия лишь при сотворении мира. Но это требование вносило лишь особый элемент в понятие рождения: вне времени рождение есть акт не только предвечный, но и всегда настоящий. Сын не только рожден прежде всех веков, но и всегда рождается от Отца, подобно тому как свет (источник света) всегда распространяет сияние (De inc. Verbi 1,10: est ita namque aeterna ac sempiterna generatio, sicut splendor generatur ex luce). Нельзя, таким образом, сказать, что был момент, когда Сына не было (II, 19: quomodo ergo potest dici, quia fuit aliquando, quando non erat vel fuerat Filius). Но другое требование — удаляться от всяких пространственных представлений о рождении — ведет Оригена к полемике против принятого на Первом Вселенском соборе выражения о рождении Сына из Сущности Отца: έκ της ουσίας. Полемика направляется, однако, лишь против грубо — материалистического эманационного способа представления, который может быть соединен, по мнению Оригена, с этим выражением, а не против той идеи, которую хотели утвердить им никейские отцы. Он признает, что Сын произошел не из не — сущего — έξ ούκ όντων. Говорить же о единосущии Сына с Отцом, с точки зрения философских взглядов Оригена, может быть, было неудобно, так как Отца он склонен считать превышающим самое понятие существа и лишь Сын есть «существо существ» (С. Cels. 6,64).
Но из понятия о Слове или Сыне как проявлении божественных свойств или божественной природы самого Отца Ориген, однако, не делает вывода даже о равенстве Сына с Отцом, не говоря уже о единосущии в точном догматическом смысле этого последнего выражения. Он ясно устанавливает бытие трех божественных Ипостасей (Comm. in Ioann. 2, 10: τρεις υποστάσεις), но термин «υποστάσεις» у него не отличается от «ουσία», и последнее слово вместе с первым единственно употребляется лишь для выражения действительного, не номинального (κατ έπίνοιαν) различия Отца, Сына и Св. Духа; для обозначения единства их Ориген не имеет особого термина. Но мысль о различии ипостасей (ούσίαι) невольно влечет его к выводу и о неравенстве их. Рождаемость Сына делает Его во всех отношениях меньшим