Особое значение для последующего времени получило другое утвержденное собором выражение: ομοούσιος. И оно не нравилось и арианам, и оригенистам не только потому, что его не было в Писании, как они указывали на это после, но главным образом потому, что наносило решительный удар и учению ариан о Сыне Божьем как твари, и субординатическим представлениям оригенистов. И это выражение ариане и оригенисты склонны были понимать только в материальном смысле, как понимал его некогда, вероятно, Павел Самосатский. Арий протестует в письме к Александру против μέρος όμοούσιον του Πατρός (ώς ό Μανιχαΐος… εισηγήσατο) (ср.: Epiph. Рапаг. 69, 7) или μέρος όμοούσιον. Но если Антиохийский собор 268–269 гг. и отверг это выражение ввиду неправильного, соединенного с ним у Павла Самосатского смысла, то теперь Никейский собор принял его, устранив лишь неправильное толкование, будто оно может быть применено к материальным предметам. При этом условии термин ομοούσιος в действительности является весьма точным выражением того, что хотел сказать собор против арианской доктрины: им утверждается одновременно столько же действительное различие Отца и Сына, сколько и действительное единство, а не одна лишь близость их и хотя бы самое совершенное сходство и равенство. Первая половина слова — όμο — (όμοϋ, όμός) указывает на множественность субъектов, участвующих в чем — либо одном, имеющих одно общее определение (ср.: όμόνομος, όμόφρων, ομογενής, όμόγλωσσος и т. п.). Но поскольку общим в данном случае оказывается сущность — ουσία, это само собой приводит к выводу о тождестве по сущности субъектов, обладающих одной и той же сущностью, а именно, если точно выдерживать установившуюся в греческом языке философскую терминологию Аристотеля. Аристотель отличает от сущности (ουσία) качество и количество (ποιότης και ποσότης), для которых сущность служит субстратом. Одинаковость качества в разных предметах дает основание называть их подобными (όμοια), одинаковость количества — равными (ϊσα). Но когда одной и той же является сущность, тогда нужно говорить о тождестве (Metaphis. V, 15 [Bekker 1021 а]: ταύτα μέν γαρ ών μία ή ουσία, όμοια δ' ών ή ποιότης μία, ϊσα δ' ών τό ποσόν εν).
Поэтому по меньшей мере неточным является наименование Сына «подобным по существу» (όμοιούσιος) или «подобным по всему» с включением и сущности (όμοιος κατά πάντα); подобие относится собственно только к качеству сравниваемых предметов. Единственно точным выражением может быть, когда речь идет о сущности, термин ομοούσιος. Такое значение слова ομοούσιος разъяснял св. Афанасий против омиусиан.
Все присутствовавшие на соборе епископы подписались под соборным определением, за исключением двух: Феоны Мармарикского и Секунда Птолемаидского, которые остались верными Арию и подверглись вместе с ним ссылке. Евсевий Никомидийский и Феогний Никейский подписались, но осуждение Ария признали несправедливым и продолжали быть в общении с ним. И их через некоторое время постигла та же участь. Отцы собора отправили в Александрию послание с извещением об осуждении учения Ария, о решении мелетианского дела и вопроса о Пасхе; подробные сведения о прочих постановлениях (ει δέ τι άλλο ή έκανονίσθη ή έδογματίσθη) (Ath. De decr. Nic. syn. 36,11; Socr. Η. Ε. 1,9; Theod. Η. Ε. 1,9) должен был привезти епископ Александр. У Геласия приводится список епископов, которые должны были позаботиться о распространении соборных постановлений и во всех других местах; трудно сказать, откуда он взял этот список и насколько он заслуживает доверия. Константин, в свою очередь, также писал послания к александрийцам и к епископам, не бывшим на соборе. В том и другом он отмечает собственное участие в исследовании спорных вопросов на соборе и указывает на высокий авторитет собора. «Что угодно было (постановить) тремстам епископам, есть не что иное, как решение (самого) Бога, ибо Дух Святой соприсутствует умам такого множества этих мужей, открывая им волю Божию» (Ad Alexandr. I, 9). «Все, что совершается на священных собраниях епископов, должно быть относимо к воле Божией» (Ad episc. ар. Theod. Η. Ε. I, 90). После того как торжественно было отпраздновано двадцатилетие царствования императора, епископы отпущены были к своим паствам (25 августа).